5vyg

Crystal structure of hFA9 EGF repeat with O-glucose trisaccharide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.2 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor IX

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 92–130	未记录	alpha-D-xylopyranose-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% Glycerol, 1.6 M (NH4)2SO4, 5% 2,2,2-Trifluoroethanol	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 92–130	未记录	alpha-D-xylopyranose-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% Glycerol, 1.6 M (NH4)2SO4, 5% 2,2,2-Trifluoroethanol	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
3	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 92–130	未记录	alpha-D-xylopyranose-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% Glycerol, 1.6 M (NH4)2SO4, 5% 2,2,2-Trifluoroethanol	分辨率 2.20 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VYG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CFH STRUCTURE OF THE METAL-FREE GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID-RICH MEMBRANE BINDING REGION OF FACTOR IX BY TWO-DIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY 提交 1995-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–93（47 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 12	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CFI NMR STRUCTURE OF CALCIUM ION-BOUND GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID-RICH DOMAIN OF FACTOR IX 提交 1995-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–93（47 aa）片段：THE GLA AND AROMATIC AMINO ACID STACK DOMAINS, RESIDUES 1 - 47	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.35	分辨率未提供
1EDM EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN FROM HUMAN FACTOR IX 提交 1996-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 92–130（39 aa）片段：EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN 链 C 92–130（39 aa）片段：EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.3	分辨率 1.50 Å
1IXA THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE FIRST EGF-LIKE MODULE OF HUMAN FACTOR IX: COMPARISON WITH EGF AND TGF-A 提交 1991-11-14	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–130（39 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1MGX COAGULATION FACTOR, MG(II), NMR, 7 STRUCTURES (BACKBONE ATOMS ONLY) 提交 1995-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–93（47 aa）片段：THE GLA AND AROMATIC AMINO ACID STACK DOMAINS FROM RESIDUES 1 - 47	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1NL0 Crystal structure of human factor IX Gla domain in complex of an inhibitory antibody, 10C12 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 47–91（45 aa）片段：Gla domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
1NL0 Crystal structure of human factor IX Gla domain in complex of an inhibitory antibody, 10C12 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 47–91（45 aa）片段：Gla domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
1RFN HUMAN COAGULATION FACTOR IXA IN COMPLEX WITH P-AMINO BENZAMIDINE 提交 1999-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：FRAGMENT EGF2-CATALYTIC DOMAIN 链 B 128–183（56 aa）片段：FRAGMENT EGF2-CATALYTIC DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 1 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
2WPH factor IXa superactive triple mutant 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22 % PEG 3000, 100 MM BIS/TRIS, PH 6.85	分辨率 1.50 Å R-free 0.267
2WPI factor IXa superactive double mutant 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；24 % PEG 6000 100 MM MES PH 7.1	分辨率 1.99 Å R-free 0.252
2WPJ factor IXa superactive triple mutant, NaCl-soaked 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22 % PEG 3000 100 MM BIS/TRIS PH 6.85	分辨率 1.60 Å R-free 0.256
2WPK factor IXa superactive triple mutant, ethylene glycol-soaked 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22 % PEG 3000 100 MM BIS/TRIS PH 6.85	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
2WPL factor IXa superactive triple mutant, EDTA-soaked 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22 % PEG 3000 100 MM BIS/TRIS PH 6.85	分辨率 1.82 Å R-free 0.289
2WPM factor IXa superactive mutant, EGR-CMK inhibited 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.85；22 % PEG 3000 100 MM BIS/TRIS PH 6.85	分辨率 2.00 Å R-free 0.318
3KCG Crystal structure of the antithrombin-factor IXa-pentasaccharide complex 提交 2009-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 227–461（235 aa）链 L 131–188（58 aa）片段：EGF2	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；0.25M Ammonium sulfate, 19.5% PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.230
3LC3 Benzothiophene Inhibitors of Factor IXa 提交 2010-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：residues 227-461 链 B 133–188（56 aa）片段：residues 133-188	未记录	IYX 1-[5-(3,4-dimethoxyphenyl)-1-benzothiophen-2-yl]methanediamine × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.260
3LC3 Benzothiophene Inhibitors of Factor IXa 提交 2010-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 227–461（235 aa）片段：residues 227-461 链 D 133–188（56 aa）片段：residues 133-188	未记录	IYX 1-[5-(3,4-dimethoxyphenyl)-1-benzothiophen-2-yl]methanediamine × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.260
3LC5 Selective Benzothiophine Inhibitors of Factor IXa 提交 2010-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：residues 227-461 链 B 133–188（56 aa）片段：residues 133-188	未记录	CA CALCIUM ION × 1 IZX 1-{4-[(R)-phenyl(3-phenyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)methoxy]-1-benzothiophen-2-yl}methanediamine × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.62 Å R-free 0.277
4WM0 Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with acceptor ligand 提交 2014-10-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350	分辨率 2.37 Å R-free 0.233
4WMA Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Glucose 提交 2014-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350	分辨率 1.62 Å R-free 0.243
4WMB crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, acceptor ligand and UDP 提交 2014-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.235
4WMI Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, product ligand and UDP (Product complex I) 提交 2014-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350	分辨率 1.87 Å R-free 0.226
4WMK Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, product ligand and UDP (Product complex II) 提交 2014-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350	分辨率 2.08 Å R-free 0.246
4WN2 Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, product ligand and UDP (Product complex III) 提交 2014-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
4WNH Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Xylose 提交 2014-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDX URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.224
4YZU Rapid development of two Factor IXa inhibitors from Hit to Lead 提交 2015-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：Peptidase S1 domain (UNP residue 227-461) 链 B 131–191（61 aa）片段：EGF-like 2 domain (UNP residues 131-191)	突变：R150A	4K6 N-[2-(5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]-4-(4H-1,2,4-triazol-4-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；295 K；0.05 M Tris, pH 7.2, 1.2 M ammonium sulfate, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.41 Å R-free 0.161
4Z0K Rapid development of two Factor IXa inhibitors from Hit to Lead 提交 2015-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：Peptidase S1 domain (UNP residue 227-461) 链 B 131–191（61 aa）片段：EGF-like 2 domain (UNP residues 131-191)	未记录	4LN N-[(2R)-10-hydroxy-2,7-dimethyl-1,2,3,4-tetrahydropyrido[1,2-b]indazol-2-yl]-4-(4H-1,2,4-triazol-4-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；50 mM Tris, pH 7.2, 1.2 M ammonium sulfate, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.41 Å R-free 0.165
4ZAE Development of a novel class of potent and selective FIXa inhibitors 提交 2015-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：Peptidase S1 domain (UNP residues 227-461) 链 B 131–191（61 aa）片段：EG-like 2 domain (UNP residues 131-191)	突变：R150A	4M1 2,6-dichloro-N-[(2R)-2-(5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-phenylethyl]-4-(4H-1,2,4-triazol-4-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；50 mM CHES, pH 9.0, 1.3 M tri-sodium citrate and 3 mM compound (cross seeded with crystals grown from 50 mM Tris, pH 7.2, 1.45 M ammonium sulfate, 2.0 M sodium chloride and 3 mM compound)	分辨率 1.86 Å R-free 0.174
5EGM Development of a novel tricyclic class of potent and selective FIXa inhibitors 提交 2015-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）链 B 131–191（61 aa）片段：UNP residues 131-191	突变：A150R	NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 5NY 2-chloranyl-~{N}-[(7~{S})-2-methyl-7-phenyl-10-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)-8,9-dihydro-6~{H}-pyrido[1,2-a]indol-7-yl]-4-(1,2,4-triazol-4-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；50 MM CHES, PH 9.0, 1.3 M TRI-SODIUM REMARK 280 CITRATE AND 3 MM COMPOUND (CROSS SEEDED WITH CRYSTALS GROWN FROM REMARK 280 50 MM TRIS, PH 7.2, 1.45 M AMMONIUM SULFATE, 2.0 M SODIUM REMARK 280 CHLORIDE AND 3 MM COMPOUND)	分辨率 1.84 Å R-free 0.171
5F84 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its glycoprotein product (glucosylated EGF repeat) and UDP 提交 2015-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 92–130（39 aa）片段：UNP residues 92-130	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.239
5F85 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its substrate protein (EGF repeat) and UDP 提交 2015-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 92–130（39 aa）片段：UNP residues 92-130	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
5F86 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its substrate protein (EGF repeat) 提交 2015-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 92–130（39 aa）片段：UNP residues 92-130	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
5JB8 Crystal structure of factor IXa variant K98T in complex with EGR-chloromethylketone 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：K98T	CA CALCIUM ION × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein-inhibitor complex, 0.1M MES pH 6.5, 18-20% PEG6000	分辨率 1.45 Å R-free 0.185
5JB9 Crystal structure of factor IXa K98T variant in complex with PPACK 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：K98T	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein/inhibitor complex 0.1 M MES pH 6.5 18% PEG6000	分辨率 1.30 Å R-free 0.176
5JBA Crystal structure of factor IXa variant V16I K98T Y177T I212V in complex with PPACK 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：V16I K98T Y177T I212V	CA CALCIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein-inhibitor complex, 0.1M MES pH 6.5, 18% PEG6000	分辨率 1.40 Å R-free 0.179
5JBB Crystal structure of factor IXa variant V16I K98T Y177T I213V in complex with EGR-chloromethylketone 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：V16I K98T Y177T I213V	CA CALCIUM ION × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein-inhibitor complex, 0.1M MES pH 6.5, 20% PEG6000	分辨率 1.56 Å R-free 0.190
5JBC Crystal structure of factor IXa variant V16I K98T Y177T I213V in complex with PPACK 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：V16I K98T Y177T I213V	CA CALCIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein-inhibitor complex, 0.1M MES pH 6.5, 20% PEG6000	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
5TNO Discovery of novel aminobenzisoxazole derivatives as orally available factor IXa inhibitors 提交 2016-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：UNP residues 227-461 链 B 131–191（61 aa）片段：UNP residues 131-191	未记录	UNL UNKNOWN LIGAND × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；50 MM CHES, PH 9.0, 1.3 M TRI-SODIUM CITRATE AND 3 MM COMPOUND (CROSS SEEDED WITH CRYSTALS GROWN FROM REMARK 280 50 MM TRIS, PH 7.2, 1.45 M AMMONIUM SULFATE, 2.0 M SODIUM REMARK 280 CHLORIDE AND 3 MM COMPOUND)	分辨率 1.54 Å R-free 0.158
5TNT Discovery of novel aminobenzisoxazole derivatives as orally available factor IXa inhibitors 提交 2016-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：UNP residues 227-461 链 B 131–191（61 aa）片段：UNP residues 131-191	突变：R150A	7GQ N-[(1S,4S,7R)-2-(3-amino-4-chloro[1,2]oxazolo[5,4-c]pyridin-7-yl)-2-azabicyclo[2.2.1]heptan-7-yl]-2-chloro-4-(3-methyl-1H-1,2,4-triazol-1-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；50 MM CHES, PH 9.0, 1.3 M TRI-SODIUM CITRATE AND 3 MM COMPOUND (CROSS SEEDED WITH CRYSTALS GROWN FROM REMARK 280 50 MM TRIS, PH 7.2, 1.45 M AMMONIUM SULFATE, 2.0 M SODIUM CHLORIDE AND 3 MM COMPOUND)	分辨率 1.40 Å R-free 0.161
6MV4 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR IXa 提交 2018-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 227–461（235 aa）链 L 133–185（53 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 24 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 FMT FORMIC ACID × 4 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% PEG4000, 1 M NaCl, 0.2 M Ammonium Sulfate, 5 mM Calcium Chloride	分辨率 1.37 Å R-free 0.210
6RFK Crystal structure of EGRCK-inhibited Gla-domainless fIXa (K148Q, R150Q variant) 提交 2019-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 130–191（62 aa）链 S 227–461（235 aa）	未记录	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 8.5, 24% PEG 3350, 0.275M Na Malonate	分辨率 1.60 Å R-free 0.163
6X5J Discovery of Hydroxy Pyrimidine Factor IXa Inhibitors 提交 2020-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）链 B 131–191（61 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 6NH 2-(4-HYDROXY-5-PHENYL-1H-PYRAZOL-3-YL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M CITRIC ACID, 20% PEG 6000	分辨率 2.51 Å R-free 0.225
6X5L Discovery of Hydroxy Pyrimidine Factor IXa Inhibitors 提交 2020-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–460（234 aa）链 B 131–191（61 aa）	未记录	UQG 4-{[5-hydroxy-6-(4-methylphenyl)pyrimidin-4-yl]amino}benzene-1-carboximidamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M CITRIC ACID, 20% PEG 6000	分辨率 2.25 Å R-free 0.233
6X5P Discovery of Hydroxy Pyrimidine Factor IXa Inhibitors 提交 2020-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）链 B 131–191（61 aa）	突变：A138R	UQD 3-chloro-4-{[5-hydroxy-6-(4-methylphenyl)pyrimidin-4-yl]amino}benzene-1-carboximidamide × 1 CIT CITRIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1 M CITRIC ACID, 20% PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
7AHV Anti-FIXa Fab of mim8 in complex with human FIXa 提交 2020-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 227–461（235 aa）链 L 131–188（58 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 17 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；2 M ammonium sulphate, 0.1 M Hepes, pH 7.5	分辨率 3.11 Å R-free 0.283
8EPC Crystal structure of human coagulation factor IXa (S195A), apo-form 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 130–190（61 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 B 227–461（235 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% Glycerol Ethoxylate	分辨率 2.51 Å R-free 0.281
8EPH Crystal structure of human coagulation factor IXa (S195A), apo-form, DES-GLA 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 93–190（98 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 B 227–461（235 aa）	突变：S195A	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Na Citrate pH 5.0; 30% Jeffamine ED-2001 pH 7.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.211
8EPH Crystal structure of human coagulation factor IXa (S195A), apo-form, DES-GLA 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 93–190（98 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 D 227–461（235 aa）	突变：S195A	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Na Citrate pH 5.0; 30% Jeffamine ED-2001 pH 7.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.211
8EPK Complex of anticoagulant RNA aptamer and human coagulation factor IXa (S195A) 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 130–190（61 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 B 227–461（235 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；60 mM Na Citrate pH 5.0; 4% Tacsimate pH 7.0; 23% PEG 8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.261
8EPK Complex of anticoagulant RNA aptamer and human coagulation factor IXa (S195A) 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 130–190（61 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 D 227–461（235 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；60 mM Na Citrate pH 5.0; 4% Tacsimate pH 7.0; 23% PEG 8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.261
8OL9 Anti-FIXa Fab in complex with human des-(Gla-EGF1) FIXa 提交 2023-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 227–461（235 aa）链 L 131–188（58 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, !.0 M lithium sulphate	分辨率 2.60 Å R-free 0.323
9BVK Vitamin K-dependent gamma-carboxylase with factor IX propeptide and glutamate-rich region and with vitamin K hydroquinone 提交 2024-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 29–92（64 aa）片段：residues 29-92	未记录	A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9BVR Vitamin K-dependent gamma-carboxylase with factor IX propeptide and partially carboxylated glutamate-rich region and with vitamin K hydroquinone and calcium 提交 2024-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 29–92（64 aa）片段：residues 29-92	未记录	A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9L21 cryo-EM structure of Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX 提交 2024-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–56（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 CO2 CARBON DIOXIDE × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
9L25 cryo-EM structure of Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla) 提交 2024-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–56（28 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 CO2 CARBON DIOXIDE × 1 BCT BICARBONATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.41 Å
9L6Q Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coagulation factor IX and vitamin K 提交 2024-12-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–461（461 aa）	未记录	6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 1L3 Menaquinone-4 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
9L6R double-mutant (K217A & K218A) Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coagulation factor IX and vitamin K 提交 2024-12-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–461（461 aa）	未记录	A1EMC 2-methyl-3-[(2~{E},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]naphthalene-1,4-diol × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å
9WF3 Cryo-EM structure of GGCX-FIX complex 提交 2025-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–56（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 MX7 (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl (9Z,9'Z)bis-octadec-9-enoate × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 A1AT1 (1aR,7aS)-1a-methyl-7a-[(2E,6E,10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraen-1-yl]-1a,7a-dihydronaphtho[2,3-b]oxirene-2,7-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9WFN Cryo-EM structure of GGCX-proP2 提交 2025-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–44（16 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 MX7 (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl (9Z,9'Z)bis-octadec-9-enoate × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 A1AT1 (1aR,7aS)-1a-methyl-7a-[(2E,6E,10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraen-1-yl]-1a,7a-dihydronaphtho[2,3-b]oxirene-2,7-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

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UniProt名称	FA9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–42； UniProt 92–130 作者链 B； PDB构建体 4–42； UniProt 92–130 作者链 C； PDB构建体 4–42； UniProt 92–130

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vyg
沉积日期 deposition_date	2017-05-25
结构标题 title	Crystal structure of hFA9 EGF repeat with O-glucose trisaccharide
关键词 keywords	Notch regulation, EGF repeat, glycosylation, Transferase-Hydrolase complex, transferase, hydrolase; transferase, hydrolase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.14 Å
零角强度 I(0) i0	5478930.00
分子量 molecular_weight	15263.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18218 Å³
包络体积 envelope_volume	23377 Å³
水化壳体积 shell_volume	11959 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.6 Å
壳层 Rg shell_rg	22.16 Å
包络 Rg envelope_rg	17.42 Å
形状 Rg shape_rg	17.17 Å
总 Rg total_rg	17.89 Å
总原子数 total_atoms	1048
残基数 n_residues	128
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4790e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3750e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5479000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8123
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.139
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.667
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	937200.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.898; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coagulation factor IX
分子量 formula_weight	5710.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C
原子数 atom_count	1085

MDIVDGDQCESNPCLNGGSCKDDINSYECWCPFGFEGKNCELLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-xylopyranose-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	444.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d5vyga1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d5vyga2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5vyga3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5vygb1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d5vygb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5vygb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5vygc1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d5vygc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5vygc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5vygA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	5vygB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	5vygC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.417 Å
晶胞边长 b length_b	46.840 Å
晶胞边长 c length_c	37.259 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	46.160 Å
R 因子 r_factor	0.2145
R_work r_work	0.2123
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/vy/5vyg/5vyg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vy/5vyg/5vyg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vy/5vyg/5vyg.dat