5w0l

CREBBP Bromodomain in complex with Cpd10 (1-(3-(7-(difluoromethyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl)-1-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-5-yl)ethan-1-one)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CREB-binding protein

Homo sapiens

UniProt Q92793

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1082–1197 片段:Bromodomain, UNP residues 1082-1197 9UD 1-{3-[7-(difluoromethyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]-1-(oxan-4-yl)-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-5-yl}ethan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;277 K;100 mM Bis-Tris pH 5.5, 200-300 mM KSCN, 21-25% PEG 3350 分辨率 1.55 Å R-free 0.229
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1082–1197 片段:Bromodomain, UNP residues 1082-1197 9UD 1-{3-[7-(difluoromethyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]-1-(oxan-4-yl)-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-5-yl}ethan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;277 K;100 mM Bis-Tris pH 5.5, 200-300 mM KSCN, 21-25% PEG 3350 分辨率 1.55 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 135 个其他 PDB 条目、223 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBP_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 33–148; UniProt 1082–1197 作者链 B; PDB构建体 33–148; UniProt 1082–1197

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5w0l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5w0l
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5w0l
沉积日期 deposition_date2017-05-31
结构标题 titleCREBBP Bromodomain in complex with Cpd10 (1-(3-(7-(difluoromethyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl)-1-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-5-yl)ethan-1-one)
关键词 keywordsCREBBP, Bromodomain, small molecule inhibitor, TRANSCRIPTION REGULATOR-INHIBITOR complex; TRANSCRIPTION REGULATOR/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.28
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.13
零角强度 I(0) i012676400.00
分子量 molecular_weight28036.0 kDa
排除体积 excluded_volume35495 ų
包络体积 envelope_volume43477 ų
水化壳体积 shell_volume16553 ų
包络直径 envelope_diameter86.4
壳层 Rg shell_rg28.57
包络 Rg envelope_rg24.14
形状 Rg shape_rg24.14
总 Rg total_rg24.71
总原子数 total_atoms1982
残基数 n_residues228
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.6
Rg (实空间) rg_real24.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real1.2680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12680000.0000
解质量估计 total_estimate0.7801
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.0
偏度 Skewness skewness0.525
峰度 Kurtosis kurtosis-0.389
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4967000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.636; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.380; Smooth: 0.848

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5w0la_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.1 — Bromodomain
结构域编号 domain_idd5w0lb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.1 — Bromodomain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5w0lA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
结构域编号 domain_id5w0lB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)