5w1o

Crystal Structure of HPV16 L1 Pentamer Bound to Heparin Oligosaccharides

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein L1

Human papillomavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 5 其他聚合物 11	2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose × 10 ;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose ; × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q81007_9PAPI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–384； UniProt 12–394 作者链 A； PDB构建体 391–427； UniProt 429–465 作者链 B； PDB构建体 2–384； UniProt 12–394 作者链 B； PDB构建体 391–427； UniProt 429–465 作者链 C； PDB构建体 2–384； UniProt 12–394 作者链 C； PDB构建体 391–427； UniProt 429–465 作者链 D； PDB构建体 2–384； UniProt 12–394 作者链 D； PDB构建体 391–427； UniProt 429–465 作者链 E； PDB构建体 2–384； UniProt 12–394 作者链 E； PDB构建体 391–427； UniProt 429–465

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5w1o
沉积日期 deposition_date	2017-06-04
结构标题 title	Crystal Structure of HPV16 L1 Pentamer Bound to Heparin Oligosaccharides
关键词 keywords	human papillomavirus, jelly roll, capsid protein, receptor HSPG, virus capsid, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5w1o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5w1o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5w1o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.81 Å
Rg（电子密度）	38.72 Å
总 Rg	39.28 Å
原子数	17077
残基数	2131
排除体积	302190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5w1o__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein L1
分子量 formula_weight	47549.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	17224

AVVSTDEYVARTNIYYHAGTSRLLAVGHPYFPIKKPNNNKILVPKVSGLQYRVFRIHLPDPNKFGFPDTSFYNPDTQRLVWACVGVEVGRGQPLGVGISGHPLLNKLDDTENASAYAANAGVDNRECISMDYKQTQLCLIGCKPPIGEHWGKGSPCTNVAVNPGDCPPLELINTVIQDGDMVDTGFGAMDFTTLQANKSEVPLDICTSICKYPDYIKMVSEPYGDSLFFYLRREQMFVRHLFNRAGTVGENVPDDLYIKGSGSTANLASSNYFPTPSGSMVTSDAQIFNKPYWLQRAQGHNNGICWGNQLFVTVVDTTRSTNMSLCAAISTSETTYKNTNFKEYLRHGEEYDLQFIFQLCKITLTADVMTYIHSMNSTILEDWNGGGSGAEDPLKKYTFWEVNLKEKFSADLDQFPLGRKFLLQAGL

来源 Source

来源生物 organism	Human papillomavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10566
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	500.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1465.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	147

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d5w1oa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d5w1oa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5w1ob1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d5w1ob2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5w1oc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d5w1oc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5w1od1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d5w1od2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5w1oe1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d5w1oe2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5w1oA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

结构域编号 domain_id	5w1oB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

结构域编号 domain_id	5w1oC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

结构域编号 domain_id	5w1oD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

结构域编号 domain_id	5w1oE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

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晶胞边长 a length_a	96.620 Å
晶胞边长 b length_b	101.252 Å
晶胞边长 c length_c	128.182 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	47.430 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2700

Crystal Structure of HPV16 L1 Pentamer Bound to Heparin Oligosaccharides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5w1o__assembly_1__model_1

5w1o__assembly_1__model_1 | I(q)

5w1o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of HPV16 L1 Pentamer Bound to Heparin Oligosaccharides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5w1o__assembly_1__model_1

5w1o__assembly_1__model_1 | I(q)

5w1o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)