SAXSdb — 5w3l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

viral protein 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	C5 antibody variable heavy domain × 60 C5 antibody variable light domain × 60 water × 360	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	C5 antibody variable heavy domain × 1 C5 antibody variable light domain × 1 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	C5 antibody variable heavy domain × 5 C5 antibody variable light domain × 5 water × 30	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	C5 antibody variable heavy domain × 6 C5 antibody variable light domain × 6 water × 36	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	C5 antibody variable heavy domain × 1 C5 antibody variable light domain × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_HRV14
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–289； UniProt 568–856 作者链 B； PDB构建体 1–236； UniProt 332–567 作者链 C； PDB构建体 1–262； UniProt 70–331 作者链 D； PDB构建体 1–68； UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5w3l
沉积日期 deposition_date	2017-06-08
结构标题 title	CryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (4 degrees Celsius, molar ratio 1:3, full particle)
关键词 keywords	virus, antibody, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5w3l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5w3l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5w3l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	137.90 Å
总 Rg	137.90 Å
原子数	473460
残基数	61680
排除体积	8413700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5w3l__assembly_1__model_1`	360-meric （360）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5w3l__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5w3l__assembly_3__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5w3l__assembly_4__model_1`	36-meric （36）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5w3l__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	viral protein 1
分子量 formula_weight	32560.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8057

GLGDELEEVIVEKTKQTVASISSGPKHTQKVPILTANETGATMPVLPSDSIETRTTYMHFNGSETDVECFLGRAACVHVTEIQNKDATGIDNHREAKLFNDWKINLSSLVQLRKKLELFTYVRFDSEYTILATASQPDSANYSSNLVVQAMYVPPGAPNPKEWDDYTWQSASNPSVFFKVGDTSRFSVPYVGLASAYNCFYDGYSHDDAETQYGITVLNHMGSMAFRIVNEHDEHKTLVKIRVYHRAKHVEAWIPRAPRALPYTSIGRTNYPKNTEPVIKKRKGDIKSY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	viral protein 3
分子量 formula_weight	26236.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLPTTTLPGSGQFLTTDDRQSPSALPNYEPTPRIHIPGKVHNLLEIIQVDTLIPMNNTHTKDEVNSYLIPLNANRQNEQVFGTNLFIGDGVFKTTLLGEIVQYYTHWSGSLRFSLMYTGPALSSAKLILAYTPPGARGPQDRREAMLGTHVVWDIGLQSTIVMTIPWTSGVQFRYTDPDTYTSAGFLSCWYQTSLILPPETTGQVYLLSFISACPDFKLRLMKDTQTISQTVALTE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	viral protein 2
分子量 formula_weight	28501.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SPNVEACGYSDRVQQITLGNSTITTQEAANAVVCYAEWPEYLPDVDASDVNKTSKPDTSVCRFYTLDSKTWTTGSKGWCWKLPDALKDMGVFGQNMFFHSLGRSGYTVHVQCNATKFHSGCLLVVVIPEHQLASHEGGNVSVKYTFTHPGERGIDLSSANEVGGPVKDVIYNMNGTLLGNLLIFPHQFINLRTNNTATIVIPYINSVPIDSMTRHNNVSLMVIPIAPLTVPTGATPSLPITVTIAPMCTEFSGIRSKSIVPQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	viral protein 4
分子量 formula_weight	7183.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GAQVSTQKSGSHENQNILTNGSNQTFTVINYYKDAASTSSAGQSLSMDPSKFTEPVKDLMLKGAPALN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	C5 antibody variable heavy domain
分子量 formula_weight	11989.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

AVQLAESGPALVAPSQALSITCTVAGFSLTAYGVAWVRQPPGAGLEWLGAIWAAGATDYNAALKSRASIAKDNSKSQVFLAMASLATADTAAYYCAREWDAYGDYWGQGTTVTVSA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	C5 antibody variable light domain
分子量 formula_weight	10897.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

DIVLTQSPAALSAAAGATVAATCRASGNIHNALAWYQQKAGKSPQLLVYAAAALAAGVPSRFSGSGSGTAYALAINSLAADDFGAYYCQHFWSTPYTFGGGTKLEIK

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	166

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5w3la_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d5w3lb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d5w3le_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5w3lg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5w3lA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5w3lB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5w3lC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5w3lD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Picornavirus coat protein VP4

结构域编号 domain_id	5w3lG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.71 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16100

CryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (4 degrees Celsius, molar ratio 1:3, full particle)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

viral protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5w3l__assembly_1__model_1

5w3l__assembly_1__model_1 | I(q)

5w3l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (4 degrees Celsius, molar ratio 1:3, full particle)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

viral protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5w3l__assembly_1__model_1

5w3l__assembly_1__model_1 | I(q)

5w3l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)