5w42

Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 141.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

Influenza A virus (A/swine/Minnesota/A01134337/2010(H3N2))

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 18 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 17–345 链 B； UniProt 346–519	片段：UNP residues 17-345 片段：UNP residues 346-519	Fab H3v-47 heavy chain × 3 （Q6N089） Fab H3v-47 light chain × 3 （Q8TCD0） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M MES (pH 5.0)	分辨率 3.57 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5W42	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5XRS Crystal structure of A/Minnesota/11/2010 (H3N2) influenza virus hemagglutinin in complex with LSTc 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 17–345（329 aa）片段：UNP residues 17-345 链 B 346–519（174 aa）片段：UNP residues 346-519 链 C 17–345（329 aa）片段：UNP residues 17-345 链 D 346–519（174 aa）片段：UNP residues 346-519 链 E 17–345（329 aa）片段：UNP residues 17-345 链 F 346–519（174 aa）片段：UNP residues 346-519	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M calcium acetate, 18% (w/v) polyethylene glycol PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5)	分辨率 2.91 Å R-free 0.225
5XRS Crystal structure of A/Minnesota/11/2010 (H3N2) influenza virus hemagglutinin in complex with LSTc 提交 2017-06-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 17–345（329 aa）片段：UNP residues 17-345 链 H 346–519（174 aa）片段：UNP residues 346-519	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M calcium acetate, 18% (w/v) polyethylene glycol PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5)	分辨率 2.91 Å R-free 0.225
5XRT Crystal structure of A/Minnesota/11/2010 (H3N2) influenza virus hemagglutinin 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 17–345（329 aa）片段：UNP residues 17-345 链 C 17–345（329 aa）片段：UNP residues 17-345 链 E 17–345（329 aa）片段：UNP residues 17-345	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M calcium acetate, 18% (w/v) polyethylene glycol PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5)	分辨率 3.15 Å R-free 0.246
5XRT Crystal structure of A/Minnesota/11/2010 (H3N2) influenza virus hemagglutinin 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 17–345（329 aa）片段：UNP residues 17-345	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M calcium acetate, 18% (w/v) polyethylene glycol PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5)	分辨率 3.15 Å R-free 0.246

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I0AXC3_9INFA
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–329； UniProt 17–345 作者链 B； PDB构建体 1–174； UniProt 346–519

Fab H3v-47 heavy chain

Homo sapiens

UniProt Q6N089

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 18 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 138–245	未记录	Hemagglutinin × 3 （I0AXC3） Hemagglutinin × 3 （I0AXC3） Fab H3v-47 light chain × 3 （Q8TCD0） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M MES (pH 5.0)	分辨率 3.57 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5W42	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U6A Crystal Structure of the Broadly Neutralizing Anti-HIV Fab F105 提交 2004-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 21–243（223 aa）片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, NACL, NA-CITRATE, PEPTIDE 44 (RLTPEPDD-NH2), pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.81 Å R-free 0.251
2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 20–243（224 aa）链 E 20–243（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 20–243（224 aa）链 K 20–243（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 20–243（224 aa）链 E 20–243（224 aa）链 H 20–243（224 aa）链 K 20–243（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–243（101 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 143–243（101 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3QCT Crystal structure of the humanized apo LT3015 anti-lysophosphatidic acid antibody Fab fragment 提交 2011-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 139–243（105 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% PEG 400 (v/v), and 1.75 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.15 Å R-free 0.287
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 139–243（105 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.98 Å R-free 0.252
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 139–243（105 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.98 Å R-free 0.252
3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 139–243（105 aa）	未记录	18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.51 Å R-free 0.266
3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 139–243（105 aa）	未记录	18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.51 Å R-free 0.266
4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 151–245（95 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.232
4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 151–245（95 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.232
4NM8 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 bound to H3 influenza hemagglutinin 提交 2013-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 151–245（95 aa）链 I 151–245（95 aa）链 J 151–245（95 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 3% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 4.00 Å R-free 0.292
4NUJ Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT152 提交 2013-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 128–247（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 600, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K	分辨率 1.83 Å R-free 0.210
5EWI Crystal Structure of the Human Fab VRC38.01, an HIV-1 V1V2-Directed Neutralizing Antibody Isolated from Donor N90 提交 2015-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 135–247（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG400, 13% PEG8000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M MgCl, No Cryo	分辨率 1.60 Å R-free 0.202
5UG0 Human antibody H2897 in complex with influenza hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 提交 2017-01-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 143–247（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；10% w/v PEG8000, 100 mM HEPES	分辨率 3.40 Å R-free 0.278
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 132–245（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–245（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 143–245（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 143–245（103 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 143–245（103 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 143–245（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 135–244（110 aa）链 E 135–244（110 aa）链 I 135–244（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 4.0	分辨率 3.49 Å R-free 0.268
5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 135–244（110 aa）链 G 135–244（110 aa）链 K 135–244（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 4.0	分辨率 3.49 Å R-free 0.268
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 138–245（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 138–245（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
6DC3 RSV prefusion F bound to RSD5 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 132–245（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0	分辨率 3.50 Å R-free 0.205
6V8Z VRC03 and 10-1074 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure 提交 2019-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 D 138–245（108 aa）链 J 138–245（108 aa）链 P 138–245（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

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UniProt名称	Q6N089_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 123–230； UniProt 138–245

Fab H3v-47 light chain

Homo sapiens

UniProt Q8TCD0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 18 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 131–239	未记录	Hemagglutinin × 3 （I0AXC3） Hemagglutinin × 3 （I0AXC3） Fab H3v-47 heavy chain × 3 （Q6N089） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M MES (pH 5.0)	分辨率 3.57 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5W42	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HZH CRYSTAL STRUCTURE OF THE INTACT HUMAN IGG B12 WITH BROAD AND POTENT ACTIVITY AGAINST PRIMARY HIV-1 ISOLATES: A TEMPLATE FOR HIV VACCINE DESIGN 提交 2001-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 132–239（108 aa）链 M 132–239（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295.5 K；NH4SO4, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1N0X Crystal Structure of a Broadly Neutralizing Anti-HIV-1 Antibody in Complex with a Peptide Mimotope 提交 2002-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 132–239（108 aa）片段：UNP residues 132-239 链 M 132–239（108 aa）片段：UNP residues 132-239	未记录	GOL GLYCEROL × 8 SO4 SULFATE ION × 4 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295.5 K；ammonium sulfate, lithium sulfate, CAPS buffer, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K	分辨率 1.80 Å R-free 0.252
3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–239（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 131–239（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–239（107 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 133–239（107 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 126–239（114 aa）片段：mouse Fv,human Fc	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.253
3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 126–239（114 aa）片段：mouse Fv,human Fc	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.253
3MNZ Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide bearing Ala substitutions in a helical conformation 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 126–239（114 aa）片段：mouse Fv,human Fc	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II, condition with 0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350. Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
3PGF Crystal structure of maltose bound MBP with a conformationally specific synthetic antigen binder (sAB) 提交 2010-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 132–239（108 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；19% PEG 3400, 8% Tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
4D9Q Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 130–238（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.28 Å R-free 0.230
4D9Q Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 130–238（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 7 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.28 Å R-free 0.230
4D9Q Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 130–238（109 aa）链 L 130–238（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 10 ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.28 Å R-free 0.230
4NUG Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT151 提交 2013-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 132–239（108 aa）	未记录	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 3350, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K	分辨率 1.86 Å R-free 0.207
4NUJ Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT152 提交 2013-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–239（108 aa）	突变：N107K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 600, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K	分辨率 1.83 Å R-free 0.210
4NWT Crystal structure of the anti-human NGF Fab APE1531 提交 2013-12-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 ACT ACETATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；12% PEG 20000, 0.1M NaCl, 0.1M MES pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.181
4NWU Crystal structure of APE1551, an anti-human NGF Fab with a nine amino acid insertion in CDR H1 提交 2013-12-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；16% PEG 6000, 0.1 M Citric acid pH6.0-7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.198
5VIY BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195 提交 2017-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 L 132–239（108 aa）链 N 132–239（108 aa）链 P 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.20 Å
5VJ6 BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies PG9 and 8ANC195 提交 2017-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 N 132–239（108 aa）链 P 132–239（108 aa）链 R 132–239（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 11.50 Å
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 126–239（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 L 123–239（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500 0.1 M MES pH 6.2 0.00001 M phenol	分辨率 5.90 Å R-free 0.299
5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 L 123–239（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500 0.1 M MES pH 6.2 0.00001 M phenol	分辨率 5.90 Å R-free 0.299
5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 1 M NaCl 11% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.292
5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 1 M NaCl 11% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.292
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
6APD Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425 提交 2017-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 E 132–239（108 aa）链 G 132–239（108 aa）链 I 132–239（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000 10% 2-propanol 0.1 M sodium citrate pH 5.5	分辨率 4.10 Å R-free 0.256
6ARP Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment 提交 2017-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 132–239（108 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate, 1.6 M ammonium sulfate, 5% glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6ARP Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment 提交 2017-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–239（108 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate, 1.6 M ammonium sulfate, 5% glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6ARU Structure of Cetuximab Fab mutant in complex with EGFR extracellular domain 提交 2017-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；150 mM ammonium sulfate, 16.5% PEG3350, 10 mM cadmium chloride, 100 mM imidazole, 5% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.267
6BFT Structure of Bevacizumab Fab mutant in complex with VEGF 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 130–239（110 aa）链 L 130–239（110 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM MES, 6.0, 225 mM ammonium sulfate, 13% PEG4000, 10% isopropanol	分辨率 2.55 Å R-free 0.220
6BKC Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody AR3B 提交 2017-11-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；293 K；20% (w/v) PEG 3500, 0.2M Li-chloride	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
6DC4 RSV-neutralizing human antibody AM22 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 132–239（108 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2-Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DCQ Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab 提交 2018-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 L 132–239（108 aa）链 N 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent removed with Biobeads prior to grid freezing cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 0 Blot time 5 sec	分辨率 3.10 Å
6E4X Human antibody S5V2-29 in complex with influenza hemagglutinin A/Texas/50/2012 (H3N2) 提交 2018-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 122–239（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；100 mM magnesium sulfate, 100 mM PIPES, pH 6.0, 30% PEG400	分辨率 2.25 Å R-free 0.225
6NZ7 Crystal structure of broadly neutralizing Influenza A antibody 429 B01 in complex with Hemagglutinin Hong Kong 1968 提交 2019-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；10 % PEG8000 (w/v), 100 mM Tris/Cl, pH 8.5 and 7.5 % 1,6-hexanediol (w/v)	分辨率 2.95 Å R-free 0.267
6NZ7 Crystal structure of broadly neutralizing Influenza A antibody 429 B01 in complex with Hemagglutinin Hong Kong 1968 提交 2019-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；10 % PEG8000 (w/v), 100 mM Tris/Cl, pH 8.5 and 7.5 % 1,6-hexanediol (w/v)	分辨率 2.95 Å R-free 0.267
6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate	分辨率 3.20 Å R-free 0.299
6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate	分辨率 3.20 Å R-free 0.299
6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate	分辨率 3.20 Å R-free 0.299
6UC5 Fab397 in complex with NPNA peptide 提交 2019-09-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 122–238（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M HEPES, pH 6.62, 22% w/v PEG4000	分辨率 1.75 Å R-free 0.225
7CZQ S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P2B-1A10 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 122–239（118 aa）链 N 122–239（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7CZR S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_2B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 130–239（110 aa）链 N 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7CZS S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_3B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 K 130–239（110 aa）链 M 130–239（110 aa）链 N 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7CZU S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_2B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 122–239（118 aa）链 N 122–239（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7CZV S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_3B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 K 122–239（118 aa）链 M 122–239（118 aa）链 N 122–239（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7CZX S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B9 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 K 130–239（110 aa）链 M 130–239（110 aa）链 N 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7D00 S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with FabP5A-1B8 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 130–239（110 aa）链 N 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

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UniProt名称	Q8TCD0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 106–214； UniProt 131–239

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P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5w42
沉积日期 deposition_date	2017-06-08
结构标题 title	Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2)
关键词 keywords	Hemagglutinin, antibody, complex, immune system, VIRAL PROTEIN; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.20 Å
零角强度 I(0) i0	186963000.00
分子量 molecular_weight	107840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133530 Å³
包络体积 envelope_volume	193900 Å³
水化壳体积 shell_volume	40245 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.48 Å
包络 Rg envelope_rg	42.34 Å
形状 Rg shape_rg	42.16 Å
总 Rg total_rg	42.47 Å
总原子数 total_atoms	7573
残基数 n_residues	917
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.4 Å
Rg (实空间) rg_real	42.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	186900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8335
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.361
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.745
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.753; Smooth: 0.709

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	36788.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7573

QKLPGSDNSMATLCLGHHAVPNGTLVKTITDDQIEVTNATELVQSSSTGRICNSPHQILDGKNCTLIDALLGDPHCDDFQNKEWDLFVERSTAYSNCYPYYVPDYATLRSLVASSGNLEFTQESFNWTGVAQDGSSYACRRGSVNSFFSRLNWLYNLNYKYPEQNVTMPNNDKFDKLYIWGVHHPGTDKDQTNLYVQASGRVIVSTKRSQQTVIPNIGSRPWVRGVSSIISIYWTIVKPGDILLINSTGNLIAPRGYFKIQSGKSSIMRSDAHIDECNSECITPNGSIPNDKPFQNVNKITYGACPRYVKQNTLKLATGMRNVPEKQTR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/swine/Minnesota/A01134337/2010(H3N2))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1159784
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	20055.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GIFGAIAGFIENGWEGMVDGWYGFRHQNSEGTGQAADLKSTQAAINQITGKLNRVIKKTNEKFHQIEKEFSEVEGRIQDLEKYVEDTKIDLWSYNAELLVALENQHTIDLTDSEMSKLFERTRRQLRENAEDMGNGCFKIYHKCDNACIGSIRNGTYDHDIYRNEALNNRFQIK

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1159784
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab H3v-47 heavy chain
分子量 formula_weight	25227.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVQSGAEVKKPGSSVRVSCKASGDTFSSYSITWVRQAPGHGLQWMGGIFPIFGSTNYAQKFDDRLTITTDDSSRTVYMELTSLRLEDTAVYYCARGASKVEPAAPAYSDAFDMWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab H3v-47 light chain
分子量 formula_weight	23256.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVMTQSPGTLSLSPGERATLSCRTSQGVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLISGSSSRATGIPDRFSGSGSGRDFTLTISRLEPEDSAVYYCQQYATSPTFGQGTRVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5w42A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain

结构域编号 domain_id	5w42B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5w42H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w42L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w42L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	194.622 Å
晶胞边长 b length_b	194.622 Å
晶胞边长 c length_c	194.622 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.569 Å
最低分辨率 resolution_low	38.924 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1958
R_free r_free	0.2276

fit	/app/data/saxs_computation/w4/5w42/5w42.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w4/5w42/5w42.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w4/5w42/5w42.dat

Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fab H3v-47 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fab H3v-47 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)