5w42

Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

Influenza A virus (A/swine/Minnesota/A01134337/2010(H3N2))

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 18	Fab H3v-47 heavy chain × 3 （Q6N089） Fab H3v-47 light chain × 3 （Q8TCD0） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I0AXC3_9INFA
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–329； UniProt 17–345 作者链 B； PDB构建体 1–174； UniProt 346–519

Fab H3v-47 heavy chain

Homo sapiens

UniProt Q6N089

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 18	Hemagglutinin × 3 （I0AXC3） Hemagglutinin × 3 （I0AXC3） Fab H3v-47 light chain × 3 （Q8TCD0） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6N089_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 123–230； UniProt 138–245

Fab H3v-47 light chain

Homo sapiens

UniProt Q8TCD0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 18	Hemagglutinin × 3 （I0AXC3） Hemagglutinin × 3 （I0AXC3） Fab H3v-47 heavy chain × 3 （Q6N089） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8TCD0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 106–214； UniProt 131–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5w42
沉积日期 deposition_date	2017-06-08
结构标题 title	Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2)
关键词 keywords	Hemagglutinin, antibody, complex, immune system, VIRAL PROTEIN; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5w42__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5w42__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5w42__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.01 Å
Rg（电子密度）	55.71 Å
总 Rg	55.84 Å
原子数	22719
残基数	2796
排除体积	400590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5w42__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	36788.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7573

QKLPGSDNSMATLCLGHHAVPNGTLVKTITDDQIEVTNATELVQSSSTGRICNSPHQILDGKNCTLIDALLGDPHCDDFQNKEWDLFVERSTAYSNCYPYYVPDYATLRSLVASSGNLEFTQESFNWTGVAQDGSSYACRRGSVNSFFSRLNWLYNLNYKYPEQNVTMPNNDKFDKLYIWGVHHPGTDKDQTNLYVQASGRVIVSTKRSQQTVIPNIGSRPWVRGVSSIISIYWTIVKPGDILLINSTGNLIAPRGYFKIQSGKSSIMRSDAHIDECNSECITPNGSIPNDKPFQNVNKITYGACPRYVKQNTLKLATGMRNVPEKQTR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/swine/Minnesota/A01134337/2010(H3N2))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1159784
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	20055.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GIFGAIAGFIENGWEGMVDGWYGFRHQNSEGTGQAADLKSTQAAINQITGKLNRVIKKTNEKFHQIEKEFSEVEGRIQDLEKYVEDTKIDLWSYNAELLVALENQHTIDLTDSEMSKLFERTRRQLRENAEDMGNGCFKIYHKCDNACIGSIRNGTYDHDIYRNEALNNRFQIK

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1159784
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab H3v-47 heavy chain
分子量 formula_weight	25227.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVQSGAEVKKPGSSVRVSCKASGDTFSSYSITWVRQAPGHGLQWMGGIFPIFGSTNYAQKFDDRLTITTDDSSRTVYMELTSLRLEDTAVYYCARGASKVEPAAPAYSDAFDMWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab H3v-47 light chain
分子量 formula_weight	23256.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVMTQSPGTLSLSPGERATLSCRTSQGVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLISGSSSRATGIPDRFSGSGSGRDFTLTISRLEPEDSAVYYCQQYATSPTFGQGTRVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5w42A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain

结构域编号 domain_id	5w42B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5w42H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w42L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w42L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	194.622 Å
晶胞边长 b length_b	194.622 Å
晶胞边长 c length_c	194.622 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.569 Å
最低分辨率 resolution_low	38.924 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1958
R_free r_free	0.2276

Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fab H3v-47 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fab H3v-47 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5w42__assembly_1__model_1

5w42__assembly_1__model_1 | I(q)

5w42__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)