5w61

Crystal structure of BAXP168G monomer co-crystallized with glycerol

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 48.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apoptosis regulator BAX

Homo sapiens

UniProt Q07812

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–192 突变:C62S C126S P168G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Ammonium sulfate, bis-TRIS, glycerol 分辨率 2.30 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAX_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–192; UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5w61

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5w61
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5w61
沉积日期 deposition_date2017-06-16
结构标题 titleCrystal structure of BAXP168G monomer co-crystallized with glycerol
关键词 keywordsBAX, inactive monomer, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.28
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.66
零角强度 I(0) i05680030.00
分子量 molecular_weight17838.0 kDa
排除体积 excluded_volume22623 ų
包络体积 envelope_volume25087 ų
水化壳体积 shell_volume14236 ų
包络直径 envelope_diameter46.7
壳层 Rg shell_rg20.84
包络 Rg envelope_rg14.89
形状 Rg shape_rg14.63
总 Rg total_rg15.97
总原子数 total_atoms1260
残基数 n_residues163
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.5
Rg (实空间) rg_real16.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real5.6800e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2630e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5680000.0000
解质量估计 total_estimate0.8882
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.0
偏度 Skewness skewness-0.011
峰度 Kurtosis kurtosis-0.436
角度范围 angular_range— – 0.4900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1391000.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.963

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5w61a_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5w61A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)