5wfe

Cas1-Cas2-IHF-DNA holo-complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas1

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 4	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 2 （P45956） DNA (28-MER) × 1 DNA (45-MER) × 1 DNA (76-MER) × 1 DNA (61-MER) × 1 Integration host factor subunit alpha × 1 （B7MAS3） Integration host factor subunit beta × 1 （B7MHM1）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–305； UniProt 1–305 作者链 B； PDB构建体 1–305； UniProt 1–305 作者链 C； PDB构建体 1–305； UniProt 1–305 作者链 D； PDB构建体 1–305； UniProt 1–305

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

Escherichia coli K-12

UniProt P45956

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 4	CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 4 （Q46896） DNA (28-MER) × 1 DNA (45-MER) × 1 DNA (76-MER) × 1 DNA (61-MER) × 1 Integration host factor subunit alpha × 1 （B7MAS3） Integration host factor subunit beta × 1 （B7MHM1）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS2_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 F； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

Integration host factor subunit alpha

Escherichia coli S88

UniProt B7MAS3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 4	CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 4 （Q46896） CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 2 （P45956） DNA (28-MER) × 1 DNA (45-MER) × 1 DNA (76-MER) × 1 DNA (61-MER) × 1 Integration host factor subunit beta × 1 （B7MHM1）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IHFA_ECO45
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

Integration host factor subunit beta

Escherichia coli S88

UniProt B7MHM1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 4	CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 4 （Q46896） CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 2 （P45956） DNA (28-MER) × 1 DNA (45-MER) × 1 DNA (76-MER) × 1 DNA (61-MER) × 1 Integration host factor subunit alpha × 1 （B7MAS3）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IHFB_ECO45
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5wfe
沉积日期 deposition_date	2017-07-11
结构标题 title	Cas1-Cas2-IHF-DNA holo-complex
关键词 keywords	CRISPR integration complex, DNA, Cas1-Cas2, IHF, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5wfe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5wfe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5wfe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.22 Å
Rg（电子密度）	51.68 Å
总 Rg	51.79 Å
原子数	15523
残基数	1657
排除体积	264420 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5wfe__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas1
分子量 formula_weight	33235.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15523

MTWLPLNPIPLKDRVSMIFLQYGQIDVIDGAFVLIDKTGIRTHIPVGSVACIMLEPGTRVSHAAVRLAAQVGTLLVWVGEAGVRVYASGQPGGARSDKLLYQAKLALDEDLRLKVVRKMFELRFGEPAPARRSVEQLRGIEGSRVRATYALLAKQYGVTWNGRRYDPKDWEKGDTINQCISAATSCLYGVTEAAILAAGYAPAIGFVHTGKPLSFVYDIADIIKFDTVVPKAFEIARRNPGEPDREVRLACRDIFRSSKTLAKLIPLIEDVLAAGEIQPPAPPEDAQPVAIPLPVSLGDAGHRSS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
分子量 formula_weight	11553.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MSMLVVVTENVPPRLRGRLAIWLLEVRAGVYVGDVSAKIREMIWEQIAGLAEEGNVVMAWATNTETGFEFQTFGLNRRTPVDLDGLRLVSFLPVGSSENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (28-MER)
分子量 formula_weight	8680.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

AAACACCAGAACGAGTAGTAAATTGGGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (45-MER)
分子量 formula_weight	18746.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

ATTTACTACTCGTTCTGGTGTTTCTCGTGTGTTCCCCGCGCCAGCGGGGATAAACCGAGCA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (76-MER)
分子量 formula_weight	29101.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TGCTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTAT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (61-MER)
分子量 formula_weight	19286.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATAAAGTTGGTAGATTGTGACTGGCTTAAAAAATCATTAATTAATAATAGGTTATGTTTAGA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Integration host factor subunit alpha
分子量 formula_weight	11374.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MALTKAEMSEYLFDKLGLSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKLSGFGNFDLRDKNQRPGRNPKTGEDIPITARRVVTFRPGQKLKSRVENASPKDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli S88
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	585035
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Integration host factor subunit beta
分子量 formula_weight	10671.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MTKSELIERLATQQSHIPAKTVEDAVKEMLEHMASTLAQGERIEIRGFGSFSLHYRAPRTGRNPKTGDKVELEGKYVPHFKPGKELRDRANIYG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli S88
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	585035
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	5wfeA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5wfeA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5wfeB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5wfeB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5wfeC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5wfeC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5wfeD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5wfeD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5wfeK00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	520 — HU Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — IHF-like DNA-binding proteins

结构域编号 domain_id	5wfeL00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	520 — HU Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — IHF-like DNA-binding proteins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	86000

Cas1-Cas2-IHF-DNA holo-complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integration host factor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integration host factor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5wfe__assembly_1__model_1

5wfe__assembly_1__model_1 | I(q)

5wfe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)