SAXSdb — 5wjc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore protein Mis16

Schizosaccharomyces pombe 972h-

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eic1 protein × 1 （O42995） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HAT2_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–430； UniProt 1–430

Eic1 protein

Schizosaccharomyces pombe 972h-

UniProt O42995

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Kinetochore protein Mis16 × 1 （O94244） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YBC2_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5wjc
沉积日期 deposition_date	2017-07-21
结构标题 title	Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe Mis16 in complex with Eic1
关键词 keywords	Fission yeast chaperone for histone H4, Subcomponent of Mis18 complex, Eic1 binding, WD-40 repeats domain, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5wjc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5wjc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5wjc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.19 Å
Rg（电子密度）	21.10 Å
总 Rg	22.10 Å
原子数	3172
残基数	398
排除体积	55852 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5wjc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore protein Mis16
分子量 formula_weight	48481.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3340

MSEEVVQDAPLENNELNAEIDLQKTIQEEYKLWKQNVPFLYDLVITHALEWPSLTIQWLPDKKTIPGTDYSIQRLILGTHTSGNDQNYLQIASVQLPNFDEDTTEFTPSTIRRAQATGSYTIEISQKIPHDGDVNRARYMPQKPEIIATMGEGGNAYIFDTTCHDALTTGEALPQAVLKGHTAEGFGLCWNPNLPGNLATGAEDQVICLWDVQTQSFTSSETKVISPIAKYHRHTDIVNDVQFHPQHEALLASVSDDCTLQIHDTRLNPEEEAPKVIQAHSKAINAVAINPFNDYLLATASADKTVALWDLRNPYQRLHTLEGHEDEVYGLEWSPHDEPILASSSTDRRVCIWDLEKIGEEQTPEDAEDGSPELLFMHGGHTNRISEFSWCPNERWVVGSLADDNILQIWSPSRVIWGRDHVQVSPRDLE

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe 972h-
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Eic1 protein
分子量 formula_weight	13453.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDLMPLEKARAIEIAFDNVFHNTKIPDNLQQFDAILKRLERRRFIPTENQKPRVYETELLVLRFREFGVKDNHNHPINLHSLRSKSLIRAQGKKLDLHNRVFLRRNVRAVKM

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe 972h-
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	168

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5wjca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family family	b.69.4.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5wjcA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	154.591 Å
晶胞边长 b length_b	154.591 Å
晶胞边长 c length_c	52.744 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.298 Å
最低分辨率 resolution_low	48.886 Å
R 因子 r_factor	0.1758
R_work r_work	0.1723
R_free r_free	0.2198

Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe Mis16 in complex with Eic1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore protein Mis16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Eic1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5wjc__assembly_1__model_1

5wjc__assembly_1__model_1 | I(q)

5wjc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe Mis16 in complex with Eic1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore protein Mis16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eic1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5wjc__assembly_1__model_1

5wjc__assembly_1__model_1 | I(q)

5wjc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)