SAXSdb — 5wrd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–125	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–125	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–125	未记录	Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 × 1 （Q8VDC1） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–125	未记录	Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 × 1 （Q8VDC1） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5WRD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5YIQ Crystal structure of AnkG LIR/LC3B complex 提交 2017-10-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；289 K；10% v/v 2-propanol, 0.2 M zinc acetate, 0.1 M MES buffer (pH 6.5)	分辨率 2.60 Å R-free 0.259
5YIS Crystal Structure of AnkB LIR/LC3B complex 提交 2017-10-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Tris buffer (pH 8.5)	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
5YIS Crystal Structure of AnkB LIR/LC3B complex 提交 2017-10-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Tris buffer (pH 8.5)	分辨率 2.20 Å R-free 0.250

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLP3B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 B； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1

物种未注明

UniProt Q8VDC1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1235–1253	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1235–1253	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1235–1253	未记录	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B × 1 （Q9CQV6） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1235–1253	未记录	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B × 1 （Q9CQV6） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FYCO1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–19； UniProt 1235–1253 作者链 D； PDB构建体 1–19； UniProt 1235–1253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5wrd
沉积日期 deposition_date	2016-12-01
结构标题 title	Crystal structure of LC3B in complex with FYCO1 LIR
关键词 keywords	Autophagy, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.21 Å
零角强度 I(0) i0	17953900.00
分子量 molecular_weight	32161.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40330 Å³
包络体积 envelope_volume	47782 Å³
水化壳体积 shell_volume	19609 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.85 Å
包络 Rg envelope_rg	21.31 Å
形状 Rg shape_rg	21.20 Å
总 Rg total_rg	22.01 Å
总原子数 total_atoms	2264
残基数 n_residues	272
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8968
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.382
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.434
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4438000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
分子量 formula_weight	14637.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2314

MPSEKTFKQRRSFEQRVEDVRLIREQHPTKIPVIIERYKGEKQLPVLDKTKFLVPDHVNMSELIKIIRRRLQLNANQAFFLLVNGHSMVSVSTPISEVYESERDEDGFLYMVYASQETFGTAMAV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	2183.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

DDAVFDIITDEELCQIQES

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	50

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5wrdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5wrdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.412 Å
晶胞边长 b length_b	44.613 Å
晶胞边长 c length_c	63.582 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1909
R_work r_work	0.1881
R_free r_free	0.2442

fit	/app/data/saxs_computation/wr/5wrd/5wrd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wr/5wrd/5wrd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wr/5wrd/5wrd.dat

Crystal structure of LC3B in complex with FYCO1 LIR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)