SAXSdb — 5wsd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein tm1459

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–114 链 B； UniProt 1–114	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% Jeffamine ED-2001, 0.1M MES	分辨率 1.20 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5WSD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1VJ2 Crystal structure of a novel family of manganese-containing cupin (tm1459) from thermotoga maritima at 1.65 A resolution 提交 2003-12-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP；pH 5.2；293 K；50% (v/v) PEG-200, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2 0.2M NaCl, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.249
5WSE Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in osmium (Os) substituted form I 提交 2016-12-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 D 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OS OSMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% w/v polyethylene glycol 1500, 0.1M MES	分辨率 1.12 Å R-free 0.180
5WSE Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in osmium (Os) substituted form I 提交 2016-12-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–114（114 aa）链 C 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OS OSMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% w/v polyethylene glycol 1500, 0.1M MES	分辨率 1.12 Å R-free 0.180
5WSF Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in osmium (Os)-substituted form II 提交 2016-12-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 D 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OS OSMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% w/v polyethylene glycol 1500, 0.1M MES	分辨率 1.11 Å R-free 0.183
5WSF Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in osmium (Os)-substituted form II 提交 2016-12-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–114（114 aa）链 C 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OS OSMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% w/v polyethylene glycol 1500, 0.1M MES	分辨率 1.11 Å R-free 0.183
6L2D Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in copper (Cu) substituted form 提交 2019-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25%(w/v) Jeffamine ED-2001, 0.1M MES	分辨率 1.20 Å R-free 0.186
6L2E Crystal structure of a cupin protein (tm1459, H52A mutant) in copper (Cu) substituted form 提交 2019-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES	分辨率 1.20 Å R-free 0.179
6L2F Crystal structure of a cupin protein (tm1459, H54AH58A mutant) in copper (Cu) substituted form 提交 2019-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25%(w/v) Jeffamine ED-2001, 0.1M MES	分辨率 1.23 Å R-free 0.188
8AWN Crystal structure of a manganese-containing cupin (tm1459) from Thermotoga maritima, variant C106Q 提交 2022-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）	突变：C106Q	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；289 K；1 M LiCl 0.1 M citrate pH 4.0 20 % PEG6000 16 mg/ml protein concentration	分辨率 1.45 Å R-free 0.173
8AWO Crystal structure of a manganese-containing cupin (tm1459) from Thermotoga maritima, variant AIFQ (Y7A/M38I/Y83F/C106Q) 提交 2022-08-30	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：Y7A, M38I, Y83F, C106Q 突变：Y7A, M38I, Y83F, C106Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；8 mg/ml protein concentration 0.1 M Tris pH 8.5 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.70 Å R-free 0.242
8AWP Crystal structure of a manganese-containing cupin (tm1459) from Thermotoga maritima, variant 208 (V19I/R23H/M38I/I60F/C106Q) 提交 2022-08-30	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：V19I, R23H, M38I, I60F, C106Q 突变：V19I, R23H, M38I, I60F, C106Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；14.2 mg/ml protein concentration 1.6M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.208
8HJX Crystal structure of a cupin protein (tm1459, H52A/H58E mutant) in copper (Cu) substituted form 提交 2022-11-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：H52A/H58E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H52A/H58E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES pH6.0	分辨率 1.15 Å R-free 0.183
8HJY Crystal structure of a cupin protein (tm1459, H52A/H58E/F104W mutant) in copper (Cu) substituted form 提交 2022-11-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：H52A/H58E/F104W 突变：H52A/H58E/F104W	CU COPPER (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES pH 6.0	分辨率 1.18 Å R-free 0.191
8HJZ Crystal structure of a cupin protein (tm1459, H52A/H58Q mutant) in copper (Cu) substituted form 提交 2022-11-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：H52A/H58Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H52A/H58Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES pH 6.0	分辨率 1.22 Å R-free 0.188
8ZYG Crystal structure of a cupin protein (tm1459, I49C-4py/H52A/C106D mutant) in copper (Cu) substituted form 提交 2024-06-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：I49C/H52A/C106D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I49C/H52A/C106D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 CU COPPER (II) ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；26-28% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES pH6.0	分辨率 1.08 Å R-free 0.171
8ZYH Crystal structure of a cupin protein (tm1459, I49C-4py/H52A/H54A/C106D mutant) in copper (Cu) substituted form 提交 2024-06-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：I49C/H52A/H54A/C106D 突变：I49C/H52A/H54A/C106D	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 CU COPPER (II) ION × 3 KN6 4-THIOPYRIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；26-28% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES pH6.0	分辨率 1.07 Å R-free 0.163
9JET Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in manganese (Mn) substituted form 提交 2024-09-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25%(w/v) Jeffamine ED-2001, 0.1M MES	分辨率 1.19 Å R-free 0.201
9JEU Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in iron (Fe) substituted form 提交 2024-09-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FE FE (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25%(w/v) Jeffamine ED-2001, 0.1 M MES	分辨率 1.19 Å R-free 0.186
9JEV Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in zinc (Zn) substituted form 提交 2024-09-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25%(w/v) Jeffamine ED-2001, 0.1 M MES	分辨率 1.12 Å R-free 0.177
9JEW Crystal structure of a cupin protein (tm1459, C106V mutant) in iron (Fe) substituted form 提交 2024-09-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：C106V 突变：C106V	FE FE (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25%(w/v) Jeffamine ED-2001, 0.1 M MES	分辨率 1.08 Å R-free 0.168
9XS8 Crystal structure of a cupin protein (tm1459, H52A/H54A/H92A/C106E mutant) in ruthenium(p-cymene) bound form 提交 2025-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：H52A/H54A/H92A/C106E 突变：H52A/H54A/H92A/C106E	MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 1 RU RUTHENIUM ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES	分辨率 1.26 Å R-free 0.198
9XS9 Crystal structure of a cupin protein (tm1459, R39K/H52A/H54A/H92A/C106E mutant) in ruthenium(p-cymene) bound form 提交 2025-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：R39K/H52A/H54A/H92A/C106E 突变：R39K/H52A/H54A/H92A/C106E	MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 2 RU RUTHENIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES	分辨率 1.09 Å R-free 0.161
9XSA Crystal structure of a cupin protein (tm1459, R39M/H52A/H54A/H92A/C106E mutant) in ruthenium(p-cymene) bound form 提交 2025-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–114（114 aa）链 B 1–114（114 aa）	突变：R39M/H52A/H54A/H92A/C106E 突变：R39M/H52A/H54A/H92A/C106E	MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 2 RU RUTHENIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES	分辨率 1.42 Å R-free 0.251

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9X1H0_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–118； UniProt 1–114 作者链 B； PDB构建体 5–118； UniProt 1–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5wsd
沉积日期 deposition_date	2016-12-06
结构标题 title	Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in apo form
关键词 keywords	cupin fold, artificial metalloenzyme, metal binding, 4 histidine motif, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.21 Å
零角强度 I(0) i0	11942100.00
分子量 molecular_weight	26162.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32918 Å³
包络体积 envelope_volume	36681 Å³
水化壳体积 shell_volume	17770 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.2 Å
壳层 Rg shell_rg	23.47 Å
包络 Rg envelope_rg	17.44 Å
形状 Rg shape_rg	17.20 Å
总 Rg total_rg	18.23 Å
总原子数 total_atoms	1847
残基数 n_residues	230
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.9 Å
Rg (实空间) rg_real	18.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7268
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.211
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2708000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.313; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5wsda1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.10 — TM1459-like

结构域编号 domain_id	d5wsda2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5wsdb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.10 — TM1459-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5wsdA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	5wsdB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.587 Å
晶胞边长 b length_b	57.591 Å
晶胞边长 c length_c	74.643 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1578
R_work r_work	0.1575
R_free r_free	0.2010

描述 description	Uncharacterized protein tm1459
分子量 formula_weight	13459.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2280

Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in apo form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein tm1459

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	256

fit	/app/data/saxs_computation/ws/5wsd/5wsd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ws/5wsd/5wsd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ws/5wsd/5wsd.dat