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5wyl

Crystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal domain in complex with Utp17 C-terminal helices

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative uncharacterized protein

Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495

UniProt G0S5L1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–471 片段：N-terminal domain, UNP residues 1-471 Putative uncharacterized protein × 1 （G0SCS8） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-Na, 20% w/v PEG 8000 分辨率 2.64 Å R-free 0.267
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–471 片段：N-terminal domain, UNP residues 1-471 Putative uncharacterized protein × 1 （G0SCS8） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-Na, 20% w/v PEG 8000 分辨率 2.64 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5WYL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5JPQ Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome 提交 2016-05-04 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric
链 G 1–1802（1802 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
5OQL Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Chaetomium thermophilum 提交 2017-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric
链 G 1–1802（1802 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
5WY3 Crystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 middle domain 提交 2017-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 472–872（401 aa） 片段：UNP residues 472-872
链 B 472–872（401 aa） 片段：UNP residues 472-872
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Hepes-Na, 2.0 M ammonium sulfate
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
5WY4 Crystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal domain 提交 2017-01-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–471（471 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 1-471
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium citrate, 1.0 M ammonium dihydrogen phosphate
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
6RXT Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state A 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric
链 UJ 1–1802（1802 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6RXU Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B1 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric
链 UJ 1–1802（1802 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6RXV Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B2 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 UJ 1–1802（1802 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6RXX Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state C, Poly-Ala 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 UJ 1–1802（1802 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
6RXY Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state a 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：59-meric
链 UJ 1–1802（1802 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
6RXZ Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state b 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 UJ 1–1802（1802 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0S5L1_CHATD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 C； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471

Putative uncharacterized protein

Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495

UniProt G0SCS8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 907–960 片段：C-terminal domain, UNP residues 907-960 Putative uncharacterized protein × 1 （G0S5L1） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-Na, 20% w/v PEG 8000 分辨率 2.64 Å R-free 0.267
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 907–960 片段：C-terminal domain, UNP residues 907-960 Putative uncharacterized protein × 1 （G0S5L1） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-Na, 20% w/v PEG 8000 分辨率 2.64 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5WYL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5OQL Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Chaetomium thermophilum 提交 2017-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric
链 M 1–960（960 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6RXT Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state A 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric
链 UQ 1–960（960 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6RXU Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B1 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric
链 UQ 1–960（960 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6RXV Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B2 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 UQ 1–960（960 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6RXX Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state C, Poly-Ala 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 UQ 1–960（960 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
6RXY Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state a 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：59-meric
链 UQ 1–960（960 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
6RXZ Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state b 提交 2019-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 UQ 1–960（960 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0SCS8_CHATD
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–54； UniProt 907–960 作者链 D； PDB构建体 1–54； UniProt 907–960

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5wyl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5wyl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5wyl
沉积日期 deposition_date2017-01-13
结构标题 titleCrystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal domain in complex with Utp17 C-terminal helices
关键词 keywordsnucleolar protein, protein complex, components of 90S preribosome, RIBOSOMAL PROTEIN-NUCLEAR PROTEIN complex; RIBOSOMAL PROTEIN/NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.04 Å
零角强度 I(0) i0144835000.00
分子量 molecular_weight99849.0 kDa
排除体积 excluded_volume126780 ų
包络体积 envelope_volume162770 ų
水化壳体积 shell_volume40880 ų
包络直径 envelope_diameter108.1 Å
壳层 Rg shell_rg39.87 Å
包络 Rg envelope_rg32.67 Å
形状 Rg shape_rg33.07 Å
总 Rg total_rg33.52 Å
总原子数 total_atoms7031
残基数 n_residues909
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.2 Å
Rg (实空间) rg_real33.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal144800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9056
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.4 Å
偏度 Skewness skewness0.102
峰度 Kurtosis kurtosis-0.653
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha45850000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.979; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.844
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)