5x30

Crystal structure of Pseudomonas putida methionine gamma-lyase C116H mutant with L-homocysteine intermediates.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-methionine gamma-lyase

Pseudomonas putida

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID × 2 (2E)-2-{[(1E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}but-2-enoic acid × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 (2~{S})-2-[[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylamino]-4-sulfanyl-butanoic acid × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEGL_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–398； UniProt 1–398 作者链 C； PDB构建体 1–398； UniProt 1–398 作者链 B； PDB构建体 1–398； UniProt 1–398 作者链 D； PDB构建体 1–398； UniProt 1–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5x30
沉积日期 deposition_date	2017-02-02
结构标题 title	Crystal structure of Pseudomonas putida methionine gamma-lyase C116H mutant with L-homocysteine intermediates.
关键词 keywords	;Pyridoxal 5'-phosphate, LYASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5x30__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5x30__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5x30__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.98 Å
Rg（电子密度）	33.21 Å
总 Rg	33.79 Å
原子数	11962
残基数	1573
排除体积	212110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5x30__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-methionine gamma-lyase
分子量 formula_weight	42936.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.11,4.4.1.2
突变 mutation	C116H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	13001

MHGSNKLPGFATRAIHHGYDPQDHGGALVPPVYQTATFTFPTVEYGAACFAGEQAGHFYSRISNPTLNLLEARMASLEGGEAGLALASGMGAITSTLWTLLRPGDEVLLGNTLYGHTFAFLHHGIGEFGVKLRHVDMADLQALEAAMTPATRVIYFESPANPNMHMADIAGVAKIARKHGATVVVDNTYCTPYLQRPLELGADLVVHSATKYLSGHGDITAGIVVGSQALVDRIRLQGLKDMTGAVLSPHDAALLMRGIKTLNLRMDRHCANAQVLAEFLARQPQVELIHYPGLASFPQYTLARQQMSQPGGMIAFELKGGIGAGRRFMNALQLFSRAVSLGDAESLAQHPASMTHSSYTPEERAHYGISEGLVRLSVGLEDIDDLLADVQQALKASA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	L-methionine gamma-lyase
分子量 formula_weight	42708.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.11,4.4.1.2
突变 mutation	C116H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID
分子量 formula_weight	135.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2E)-2-{[(1E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}but-2-enoic acid
分子量 formula_weight	330.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	HYDROSULFURIC ACID
分子量 formula_weight	34.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2~{S})-2-[[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylamino]-4-sulfanyl-butanoic acid
分子量 formula_weight	366.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1021

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5x30a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

结构域编号 domain_id	d5x30b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

结构域编号 domain_id	d5x30c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

结构域编号 domain_id	d5x30d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5x30A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	5x30A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	5x30B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	5x30B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	5x30C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	5x30C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	5x30D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	5x30D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

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晶胞边长 a length_a	153.753 Å
晶胞边长 b length_b	152.971 Å
晶胞边长 c length_c	80.586 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1709
R_work r_work	0.1697
R_free r_free	0.1951

Crystal structure of Pseudomonas putida methionine gamma-lyase C116H mutant with L-homocysteine intermediates.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-methionine gamma-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5x30__assembly_1__model_1

5x30__assembly_1__model_1 | I(q)

5x30__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Pseudomonas putida methionine gamma-lyase C116H mutant with L-homocysteine intermediates.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-methionine gamma-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5x30__assembly_1__model_1

5x30__assembly_1__model_1 | I(q)

5x30__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)