SAXSdb — 5x31

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pseudoazurin

Alcaligenes faecalis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–146	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 32.5-37.5% Polyethylene glycol 8000, 1.5 micro L of protein solution and 1.5 micro L reservoir	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–146	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 32.5-37.5% Polyethylene glycol 8000, 1.5 micro L of protein solution and 1.5 micro L reservoir	分辨率 2.60 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5X31	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PAZ REFINEMENT OF THE STRUCTURE OF PSEUDOAZURIN FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 AT 1.55 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1988-06-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å
1PY0 Crystal structure of E51C/E54C Psaz from A.faecalis with CLaNP probe 提交 2003-07-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	突变：E51C, E54C	ZN ZINC ION × 1 Y1 YTTRIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 YMA 7,10,13-TRI(CARBOXYMETHYL)-5,15-DIOXO-4,7,10,13,16-PENTAAZA-1,19-DITHIANONADECANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；2.4M ammonium sulfate, 50mM sodium phosphate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
1PZA THE CRYSTAL STRUCTURES OF REDUCED PSEUDOAZURIN FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 AT TWO PH VALUES 提交 1994-09-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1PZB THE CRYSTAL STRUCTURES OF REDUCED PSEUDOAZURIN FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 AT TWO PH VALUES 提交 1994-08-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1PZC APO-PSEUDOAZURIN (METAL FREE PROTEIN) 提交 1995-02-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
2P80 Solution structure of the complex between nitrite reductase and pseudoazurin from A. faecalis 提交 2007-03-21	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 24–146（123 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 7 GD GADOLINIUM ATOM × 9	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1 NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound GdCLaNP at position 221/223 (0.38 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O \| H2O, 6% (v/v) D2O NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound YCLaNP at position 221/223 (0.38 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O \| H2O, 6% (v/v) D2O NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound GdCLaNP at position 234/236 (0.32 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O \| H2O, 6% (v/v) D2O NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound YCLaNP at position 234/236 (0.32 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O \| H2O, 6% (v/v) D2O NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound GdCLaNP at position 333/336 (0.53 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O \| H2O, 6% (v/v) D2O NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound YCLaNP at position 333/336 (0.53 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O \| H2O, 6% (v/v) D2O	分辨率未提供
3NYK The structure of cobalt-substituted pseudoazurin from Alcaligenes faecalis 提交 2010-07-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；Protein at 5 mg/ml concentration. 50mM Na-citrate pH 5.7, 20 mM CoCl2, 2.8 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.86 Å R-free 0.178
3PAZ REDUCED NATIVE PSEUDOAZURIN FROM A. FAECALIS 提交 1997-02-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；50MM SODIUM PHOSPHATE WITH 75% SATURATED AMMONIUM SULFATE, pH 7.0	分辨率 1.73 Å
4PAZ OXIDIZED MUTANT P80A PSEUDOAZURIN FROM A. FAECALIS 提交 1997-02-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	突变：P80A	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；50MM SODIUM PHOSPHATE WITH 75% SATURATED AMMONIUM SULFATE, pH 7.0	分辨率 1.76 Å
4RH4 Zinc-substituted pseudoazurin solved by S/Zn-SAD phasing 提交 2014-10-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；292 K；PROTEIN AT 15 MG/ML, 50MM NA-CITRATE, PH 5.8, 20 MM ZNCL2, 2.8 M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
5PAZ REDUCED MUTANT P80A PSEUDOAZURIN FROM A. FAECALIS 提交 1997-02-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	突变：P80A	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；50MM SODIUM PHOSPHATE WITH 75% SATURATED AMMONIUM SULFATE, pH 7.0	分辨率 1.76 Å
6PAZ OXIDIZED MUTANT P80I PSEUDOAZURIN FROM A. FAECALIS 提交 1997-02-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	突变：P80I	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；50MM SODIUM PHOSPHATE WITH 75%, pH 7.0	分辨率 1.91 Å
7PAZ REDUCED MUTANT P80I PSEUDOAZURIN FROM A. FAECALIS 提交 1997-02-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	突变：P80I	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；50MM SODIUM PHOSPHATE WITH 75%, pH 7.0	分辨率 2.00 Å
8K9N Subatomic resolution structure of Pseudoazurin from Alcaligenes faecalis 提交 2023-08-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.8 M ammonium sulfate	分辨率 0.86 Å R-free 0.163
8K9P Neutron X-ray joint structure of pseudoazurin from Alcaligenes faecalis 提交 2023-08-01	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	实验方法未声明 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.8 M deuterated ammonium sulfate	分辨率未提供
8PAZ OXIDIZED NATIVE PSEUDOAZURIN FROM A. FAECALIS 提交 1997-02-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–146（123 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；50MM SODIUM PHOSPHATE WITH 75% SATURATED AMMONIUM SULFATE., pH 6.5	分辨率 1.60 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AZUP_ALCFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–126； UniProt 24–146 作者链 B； PDB构建体 4–126； UniProt 24–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5x31
沉积日期 deposition_date	2017-02-03
结构标题 title	Pseudoazurin from Alcaligenes faecalis (space group P65)
关键词 keywords	cupredoxin, pseudoazurin, copper, electron transfer, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.58 Å
零角强度 I(0) i0	12674700.00
分子量 molecular_weight	27175.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34299 Å³
包络体积 envelope_volume	41138 Å³
水化壳体积 shell_volume	17545 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.69 Å
包络 Rg envelope_rg	20.73 Å
形状 Rg shape_rg	20.52 Å
总 Rg total_rg	21.53 Å
总原子数 total_atoms	1898
残基数 n_residues	249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7920
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.423
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2041000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.912; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pseudoazurin
分子量 formula_weight	13672.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1930

MASENIEVHMLNKGAEGAMVFEPAYIKANPGDTVTFIPVDKGHNVESIKDMIPEGAEKFKSKINENYVLTVTQPGAYLVKCTPHYAMGMIALIAVGDSPANLDQIVSAKKPKIVQERLEKVIASAK

来源 Source

来源生物 organism	Alcaligenes faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5x31a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d5x31a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5x31b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d5x31b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5x31A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5x31B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.686 Å
晶胞边长 b length_b	68.686 Å
晶胞边长 c length_c	94.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	36.920 Å
R 因子 r_factor	0.1964
R_work r_work	0.1942
R_free r_free	0.2389

fit	/app/data/saxs_computation/x3/5x31/5x31.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x3/5x31/5x31.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x3/5x31/5x31.dat

Pseudoazurin from Alcaligenes faecalis (space group P65)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pseudoazurin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction