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5x8q

Crystal Structure of the mutant Human ROR gamma Ligand Binding Domain With rockogenin.

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor ROR-gamma

Homo sapiens

UniProt P51449

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Nuclear receptor corepressor 2 × 1 （Q9Y618） ;(1R,2S,4S,5'R,6R,7S,8R,9S,10R,12S,13S,16S,18S)-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-10,16-diol ; × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Nuclear receptor corepressor 2 × 1 （Q9Y618） ;(1R,2S,4S,5'R,6R,7S,8R,9S,10R,12S,13S,16S,18S)-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-10,16-diol ; × 1 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Nuclear receptor corepressor 2 × 1 （Q9Y618） ;(1R,2S,4S,5'R,6R,7S,8R,9S,10R,12S,13S,16S,18S)-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-10,16-diol ; × 1 water × 2 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Nuclear receptor corepressor 2 × 1 （Q9Y618） ;(1R,2S,4S,5'R,6R,7S,8R,9S,10R,12S,13S,16S,18S)-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-10,16-diol ; × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3b0w 3b0w 4nb6 4nb6 4qm0 4qm0 4wqp 4wqp 4ymq 4ypq 4zjr 4zjr

共 149 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
4qm0 5k6e 5w4r 5w4v 5w4v 5w4v 5x8s 6br3 7xqe 7xqe

共 10 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
5apk

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物
3kyt 3l0j 3l0l 3l0l 4nie 4nie 4s14 4s14 4wlb 4wlb 4wlb 4wlb

共 108 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RORG_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–258； UniProt 261–518 作者链 C； PDB构建体 1–258； UniProt 261–518 作者链 E； PDB构建体 1–258； UniProt 261–518 作者链 G； PDB构建体 1–258； UniProt 261–518

Nuclear receptor corepressor 2

Homo sapiens

UniProt Q9Y618

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Nuclear receptor ROR-gamma × 1 （P51449） ;(1R,2S,4S,5'R,6R,7S,8R,9S,10R,12S,13S,16S,18S)-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-10,16-diol ; × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Nuclear receptor ROR-gamma × 1 （P51449） ;(1R,2S,4S,5'R,6R,7S,8R,9S,10R,12S,13S,16S,18S)-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-10,16-diol ; × 1 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Nuclear receptor ROR-gamma × 1 （P51449） ;(1R,2S,4S,5'R,6R,7S,8R,9S,10R,12S,13S,16S,18S)-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-10,16-diol ; × 1 water × 2 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Nuclear receptor ROR-gamma × 1 （P51449） ;(1R,2S,4S,5'R,6R,7S,8R,9S,10R,12S,13S,16S,18S)-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-10,16-diol ; × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1xc5 2ltp

共 2 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1kkq 1kkq 1kkq 1kkq 1r2b 2gpv 2gpv 2rt5 3r29 3r2a 4a69 4a69

共 70 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOR2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–22； UniProt 2346–2367 作者链 D； PDB构建体 1–22； UniProt 2346–2367 作者链 F； PDB构建体 1–22； UniProt 2346–2367 作者链 H； PDB构建体 1–22； UniProt 2346–2367

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5x8q
沉积日期 deposition_date2017-03-03
结构标题 titleCrystal Structure of the mutant Human ROR gamma Ligand Binding Domain With rockogenin.
关键词 keywordsInhibitor, Ternary Complex, Nuclear Receptor, TRANSFERASE-IHIBITOR complex; TRANSFERASE/IHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5x8q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5x8q__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5x8q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）20.01 Å
Rg（电子密度）18.70 Å
总 Rg19.62 Å
原子数1995
残基数243
排除体积35739 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5x8q__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5x8q__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 5x8q__assembly_3__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 5x8q__assembly_4__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5x8qa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5x8qc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5x8qe_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5x8qg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5x8qA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id5x8qC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id5x8qE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id5x8qG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
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7. 引用文献 (1)