SAXSdb — 5xfc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 92–250	片段：UNP residues 92-250 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MBE 4-nitrophenyl beta-D-mannopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：BATCH MODE；pH 7；293 K；HEPES-NaOH, PEG4000	分辨率 1.40 Å R-free 0.207
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 92–250	片段：UNP residues 92-250 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MBE 4-nitrophenyl beta-D-mannopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：BATCH MODE；pH 7；293 K；HEPES-NaOH, PEG4000	分辨率 1.40 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XFC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5GGF Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase form II 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–660（569 aa）片段：UNP residues 92-660	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.4-1.6M Na malonate	分辨率 2.49 Å R-free 0.253
5GGF Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase form II 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 92–660（569 aa）片段：UNP residues 92-660	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.4-1.6M Na malonate	分辨率 2.49 Å R-free 0.253
5GGF Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase form II 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 92–660（569 aa）片段：UNP residues 92-660	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.4-1.6M Na malonate	分辨率 2.49 Å R-free 0.253
5GGG Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase form I 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–660（569 aa）片段：UNP residues 92-660	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；Na malonate	分辨率 3.00 Å R-free 0.241
5GGI Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with Mn, UDP and Mannosyl-peptide 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–660（569 aa）片段：UNP residues 92-660	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；NaKPO4	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
5GGI Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with Mn, UDP and Mannosyl-peptide 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 92–660（569 aa）片段：UNP residues 92-660	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；NaKPO4	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
5GGJ Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with Man-alpha-pNP 提交 2016-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	PNA 4-nitrophenyl alpha-D-mannopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；Tris-HCl, PEG-6000	分辨率 1.42 Å R-free 0.209
5GGJ Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with Man-alpha-pNP 提交 2016-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	PNA 4-nitrophenyl alpha-D-mannopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；Tris-HCl, PEG-6000	分辨率 1.42 Å R-free 0.209
5GGK Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with Man-beta-pNP 提交 2016-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	MBE 4-nitrophenyl beta-D-mannopyranoside × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；Tris-HCl, PEG-10000	分辨率 1.30 Å R-free 0.175
5GGK Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with Man-beta-pNP 提交 2016-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	MBE 4-nitrophenyl beta-D-mannopyranoside × 1 GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；Tris-HCl, PEG-10000	分辨率 1.30 Å R-free 0.175
5GGL Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GlcNAc-alpha-pNP 提交 2016-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	6ZC 4-nitrophenyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；Tris-HCl, PEG-8000	分辨率 1.27 Å R-free 0.161
5GGL Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GlcNAc-alpha-pNP 提交 2016-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	6ZC 4-nitrophenyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；Tris-HCl, PEG-8000	分辨率 1.27 Å R-free 0.161
5GGN Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GlcNAc-beta-pNP 提交 2016-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	LEC 4-nitrophenyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；Tris-HCl, PEG-6000	分辨率 1.21 Å R-free 0.166
5GGN Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GlcNAc-beta-pNP 提交 2016-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	LEC 4-nitrophenyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；Tris-HCl, PEG-6000	分辨率 1.21 Å R-free 0.166
5GGO Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GalNac-beta1,3-GlcNAc-beta-pNP 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–250（159 aa）片段：UNP residues 97-250	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；Tris-HCl, PEG-6000	分辨率 1.50 Å R-free 0.208
5GGO Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GalNac-beta1,3-GlcNAc-beta-pNP 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 92–250（159 aa）片段：UNP residues 97-250	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；Tris-HCl, PEG-6000	分辨率 1.50 Å R-free 0.208
5GGP Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GlcNAc-beta1,2-Man-peptide 提交 2016-06-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；MES-NaOH, LiCl2, Na acetate, PEG-6000	分辨率 1.60 Å R-free 0.246
5GGP Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GlcNAc-beta1,2-Man-peptide 提交 2016-06-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 92–250（159 aa）片段：UNP residues 92-250	未记录	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；MES-NaOH, LiCl2, Na acetate, PEG-6000	分辨率 1.60 Å R-free 0.246

共 9 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PMGT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–164； UniProt 92–250 作者链 B； PDB构建体 6–164； UniProt 92–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xfc
沉积日期 deposition_date	2017-04-10
结构标题 title	Serial femtosecond X-ray structure of a stem domain of human O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase solved by Se-SAD using XFEL (refined against 13,000 patterns)
关键词 keywords	glycosyltransferase, carbohydrate-binding domain, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.71 Å
零角强度 I(0) i0	20695100.00
分子量 molecular_weight	34064.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42414 Å³
包络体积 envelope_volume	50535 Å³
水化壳体积 shell_volume	20188 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.3 Å
壳层 Rg shell_rg	27.56 Å
包络 Rg envelope_rg	21.83 Å
形状 Rg shape_rg	21.69 Å
总 Rg total_rg	22.56 Å
总原子数 total_atoms	2380
残基数 n_residues	300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8962
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.975

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1
分子量 formula_weight	17763.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2559

GPLGSGSGPRRVLDVEVYSSRSKVYVAVDGTTVLEDEAREQGRGIHVIVLNQATGHVMAKRVFDTYSPHEDEAMVLFLNMVAPGRVLICTVKDEGSFHLKDTAKALLRSLGSQAGPALGWRDTWAFVGRKGGPVFGEKHSKSPALSSWGDPVLLKTDVPLSSAE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-nitrophenyl beta-D-mannopyranoside
分子量 formula_weight	301.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	171

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.210 Å
晶胞边长 b length_b	91.050 Å
晶胞边长 c length_c	53.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	23.143 Å
R 因子 r_factor	0.1717
R_work r_work	0.1704
R_free r_free	0.2067

fit	/app/data/saxs_computation/xf/5xfc/5xfc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xf/5xfc/5xfc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xf/5xfc/5xfc.dat

Serial femtosecond X-ray structure of a stem domain of human O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase solved by Se-SAD using XFEL (refined against 13,000 patterns)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction