SAXSdb — 5xfq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	;DNA (5'-D(GPGPGPCPGPGPCPCPGPCPCPCP*T)-3') ; × 2 Peptide from Histone H3 × 2 （Q5TEC6） ZINC ION × 8 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHF1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–336； UniProt 25–360 作者链 B； PDB构建体 1–336； UniProt 25–360

Peptide from Histone H3

物种未注明

UniProt Q5TEC6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	PHD finger protein 1 × 2 （Q9Z1B8） ;DNA (5'-D(GPGPGPCPGPGPCPCPGPCPCPCP*T)-3') ; × 2 ZINC ION × 8 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5TEC6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–13； UniProt 30–42 作者链 F； PDB构建体 1–13； UniProt 30–42

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xfq
沉积日期 deposition_date	2017-04-11
结构标题 title	Ternary complex of PHF1, a DNA duplex and a histone peptide
关键词 keywords	PHF1, PCL1, DNA, histone, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5xfq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5xfq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5xfq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.15 Å
Rg（电子密度）	33.83 Å
总 Rg	34.11 Å
原子数	5545
残基数	649
排除体积	97269 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5xfq__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHD finger protein 1
分子量 formula_weight	37627.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5601

SGPRPRLWEGQDVLARWTDGLLYLGTIKKVDSAREVCLVQFEDDSQFLVLWKDISPAALPGEELLCCVCRSETVVPGNRLVSCEKCRHAYHQDCHVPRAPAPGEGEGASWVCRQCVFAIATKRGGALKKGPYARAMLGMKLSLPYGLKGLDWDAGHLSNRQQSYCYCGGPGEWNLKMLQCRSCLQWFHEACTQCLSKPLLYGDRFYEFECCVCRGGPEKVRRLQLRWVDVAHLVLYHLSVCCKKKYFDFDREILPFTSENWDSLLLGELSDTPKGERSSQLLSALNSHKDRFISGREIKKRKCLFGLHARTPPPVELLTGDGAPTSFPSGQGPGGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPGPCPGPGPCPCPGPCPCPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	3969.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

GGGCGGCCGCCCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Peptide from Histone H3
分子量 formula_weight	1427.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

APATGGVKKPHRY

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5xfqA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	5xfqB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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晶胞边长 a length_a	141.243 Å
晶胞边长 b length_b	62.550 Å
晶胞边长 c length_c	97.338 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	47.414 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2221
R_free r_free	0.2580

Ternary complex of PHF1, a DNA duplex and a histone peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide from Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5xfq__assembly_1__model_1

5xfq__assembly_1__model_1 | I(q)

5xfq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Ternary complex of PHF1, a DNA duplex and a histone peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptide from Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5xfq__assembly_1__model_1

5xfq__assembly_1__model_1 | I(q)

5xfq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)