SAXSdb — 5xln

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 45–234	片段：UNP residues 45-234	Threonine--tRNA ligase, cytoplasmic × 1 （P26639）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295 K；20% PEG 8000, 0.1 M CHES (pH 9.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XLN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JGB Structure of human eIF4E homologous protein 4EHP with m7GTP 提交 2007-02-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–234（190 aa）片段：RESIDUES 45-234	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；20% PEG-3000, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.5 WITH 1MM M7GTP IN THE DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.242
2JGC Structure of the human eIF4E homologous protein, 4EHP without ligand bound 提交 2007-02-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–234（190 aa）片段：RESIDUES 45-234	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；20% PEG-3000, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.249
5NVK Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF1 complex 提交 2017-05-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–234（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20% PEG 3350 0.2 M KCl	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
5NVK Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF1 complex 提交 2017-05-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 52–234（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20% PEG 3350 0.2 M KCl	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
5NVK Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF1 complex 提交 2017-05-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 52–234（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20% PEG 3350 0.2 M KCl	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
5NVK Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF1 complex 提交 2017-05-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 52–234（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20% PEG 3350 0.2 M KCl	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
5NVL Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF2 complex 提交 2017-05-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–234（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0 0.1 M magnesium chloride 12% PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
5NVL Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF2 complex 提交 2017-05-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 52–234（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0 0.1 M magnesium chloride 12% PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
5NVM Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF2 complex lacking the auxiliary sequences 提交 2017-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–234（183 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6 0.6 M diammonium phosphate	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
5NVM Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF2 complex lacking the auxiliary sequences 提交 2017-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 52–234（183 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6 0.6 M diammonium phosphate	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
5NVN Crystal structure of the human 4EHP-4E-BP1 complex 提交 2017-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–234（183 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6 1.7 M sodium formate	分辨率 1.90 Å R-free 0.251
5NVN Crystal structure of the human 4EHP-4E-BP1 complex 提交 2017-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 52–234（183 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6 1.7 M sodium formate	分辨率 1.90 Å R-free 0.251

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4E2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–190； UniProt 45–234

Threonine--tRNA ligase, cytoplasmic

Homo sapiens

UniProt P26639

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 30–74	片段：UNP residues 30-74	Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 × 1 （O60573）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295 K；20% PEG 8000, 0.1 M CHES (pH 9.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XLN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WWT Solution structure of the TGS domain from human threonyl-tRNA synthetase 提交 2005-01-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–141（75 aa）片段：TGS domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.20mM TGS domain U-15N,13C; 20mM d-tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4HWT Crystal structure of human Threonyl-tRNA synthetase bound to a novel inhibitor 提交 2012-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 321–723（403 aa）片段：UNP residues 321-723 链 B 321–723（403 aa）片段：UNP residues 321-723	未记录	ZN ZINC ION × 2 1B2 N-{[3-(2H-indazol-5-yl)phenyl]sulfonyl}-L-threoninamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；PEG 3350, sodium citrate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
4P3N Structural Basis for Full-Spectrum Inhibition of Threonyl-tRNA Synthetase by Borrelidin 1 提交 2014-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 322–723（402 aa）片段：UNP residues 322-723 链 B 322–723（402 aa）片段：UNP residues 322-723	未记录	2CR (1R,2R)-2-[(2S,4E,6E,8R,9S,11R,13S,15S,16S)-7-cyano-8,16-dihydroxy-9,11,13,15-tetramethyl-18-oxooxacyclooctadeca-4,6-dien-2-yl]cyclopentanecarboxylic acid × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Calcium Acetate, PEG4000, Sodium Acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
4P3N Structural Basis for Full-Spectrum Inhibition of Threonyl-tRNA Synthetase by Borrelidin 1 提交 2014-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 322–723（402 aa）片段：UNP residues 322-723 链 D 322–723（402 aa）片段：UNP residues 322-723	未记录	2CR (1R,2R)-2-[(2S,4E,6E,8R,9S,11R,13S,15S,16S)-7-cyano-8,16-dihydroxy-9,11,13,15-tetramethyl-18-oxooxacyclooctadeca-4,6-dien-2-yl]cyclopentanecarboxylic acid × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Calcium Acetate, PEG4000, Sodium Acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
4TTV Crystal structure of human ThrRS complexing with a bioengineered macrolide BC194 提交 2014-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 322–723（402 aa）片段：UNP residues 322-723 链 B 322–723（402 aa）片段：UNP residues 322-723	未记录	BC9 (1R,2R)-2-[(2S,6E,8R,9S,11R,13S,15S,16S)-7-cyano-8,16-dihydroxy-9,11,13,15-tetramethyl-18-oxooxacyclooctadec-6-en-2-yl]cyclobutanecarboxylic acid × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；Tris, PEG8000	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
4TTV Crystal structure of human ThrRS complexing with a bioengineered macrolide BC194 提交 2014-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 322–723（402 aa）片段：UNP residues 322-723 链 D 322–723（402 aa）片段：UNP residues 322-723	未记录	BC9 (1R,2R)-2-[(2S,6E,8R,9S,11R,13S,15S,16S)-7-cyano-8,16-dihydroxy-9,11,13,15-tetramethyl-18-oxooxacyclooctadec-6-en-2-yl]cyclobutanecarboxylic acid × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；Tris, PEG8000	分辨率 2.80 Å R-free 0.288

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYTC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–45； UniProt 30–74

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xln
沉积日期 deposition_date	2017-05-11
结构标题 title	Crystal structure of the TRS_UNE-T and 4EHP complex
关键词 keywords	TRS, 4EHP, Complex, RNA BINDING PROTEIN-LIGASE complex; RNA BINDING PROTEIN/LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.44 Å
零角强度 I(0) i0	9121530.00
分子量 molecular_weight	22338.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28003 Å³
包络体积 envelope_volume	32912 Å³
水化壳体积 shell_volume	16566 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.3 Å
壳层 Rg shell_rg	22.73 Å
包络 Rg envelope_rg	17.07 Å
形状 Rg shape_rg	16.42 Å
总 Rg total_rg	17.56 Å
总原子数 total_atoms	1577
残基数 n_residues	191
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1220e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9122000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7348
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.263
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2539000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.537; Stabil: 0.990; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
分子量 formula_weight	21963.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1754

KAVVPGPAEHPLQYNYTFWYSRRTPGRPTSSQSYEQNIKQIGTFASVEQFWRFYSHMVRPGDLTGHSDFHLFKEGIKPMWEDDANKNGGKWIIRLRKGLASRCWENLILAMLGEQFMVGEEICGAVVSVRFQEDIISIWNKTASDQATTARIRDTLRRVLNLPPNTIMEYKTHTDSIKMPGRLGPQRLLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Threonine--tRNA ligase, cytoplasmic
分子量 formula_weight	5087.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GGKKKNKEGSGDGGRAELNPWPEYIYTRLEMYNILKAEHDSILAE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	177

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5xlna_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.86 — eIF4e-like
超家族 Superfamily superfamily	d.86.1 — eIF4e-like
家族 Family family	d.86.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5xlnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	760 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.369 Å
晶胞边长 b length_b	60.569 Å
晶胞边长 c length_c	85.237 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	25.815 Å
R 因子 r_factor	0.1628
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.1964

fit	/app/data/saxs_computation/xl/5xln/5xln.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xl/5xln/5xln.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xl/5xln/5xln.dat

Crystal structure of the TRS_UNE-T and 4EHP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Threonine--tRNA ligase, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)