5xn2

HIV-1 reverse transcriptase Q151M:DNA:dGTP ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 154.2 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pol protein

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 1 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）计数不一致，待复核	链 A； UniProt 100–654 链 B； UniProt 100–527	片段：UNP RESIDUES 100-654 突变：Q151M, C162S, C280S 片段：UNP RESIDUES 100-527 突变：C162S, C280S	38-MER DNA aptamer × 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM bis-Tris-HCl pH 6.0, 60 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 1.5-3% PEG 6000, 2-4% sucrose, 4-8% glycerol	分辨率 2.38 Å R-free 0.223
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 100–654 链 D； UniProt 100–527	片段：UNP RESIDUES 100-654 突变：Q151M, C162S, C280S 片段：UNP RESIDUES 100-527 突变：C162S, C280S	38-MER DNA aptamer × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM bis-Tris-HCl pH 6.0, 60 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 1.5-3% PEG 6000, 2-4% sucrose, 4-8% glycerol	分辨率 2.38 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XN2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5XN0 HIV-1 reverse transcriptase Q151M:DNA binary complex 提交 2017-05-17	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 100–654（555 aa）片段：UNP RESIDUES 100-654 链 B 100–527（428 aa）片段：UNP RESIDUES 100-527	突变：Q151M, C162S, C280S 突变：C162S, C280S	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM bis-Tris-HCl pH 6.0, 60 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 1.5-3% PEG 6000, 2-4% sucrose, 4-8% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.226
5XN0 HIV-1 reverse transcriptase Q151M:DNA binary complex 提交 2017-05-17	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 100–654（555 aa）片段：UNP RESIDUES 100-654 链 D 100–527（428 aa）片段：UNP RESIDUES 100-527	突变：Q151M, C162S, C280S 突变：C162S, C280S	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM bis-Tris-HCl pH 6.0, 60 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 1.5-3% PEG 6000, 2-4% sucrose, 4-8% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.226
5XN1 HIV-1 reverse transcriptase Q151M:DNA:entecavir-triphosphate ternary complex 提交 2017-05-17	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 100–654（555 aa）片段：p66 subunit (UNP RESIDUES 100-654) 链 B 100–527（428 aa）片段：p51 subunit (UNP RESIDUES 100-527)	突变：Q151M, C162S, C280S 突变：C162S, C280S	ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM bis-Tris-HCl pH 6.0, 60 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 1.5-3% PEG 6000, 2-4% sucrose, 4-8% glycerol	分辨率 2.45 Å R-free 0.227
5XN1 HIV-1 reverse transcriptase Q151M:DNA:entecavir-triphosphate ternary complex 提交 2017-05-17	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 100–654（555 aa）片段：p66 subunit (UNP RESIDUES 100-654) 链 D 100–527（428 aa）片段：p51 subunit (UNP RESIDUES 100-527)	突变：Q151M, C162S, C280S 突变：C162S, C280S	ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM bis-Tris-HCl pH 6.0, 60 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 1.5-3% PEG 6000, 2-4% sucrose, 4-8% glycerol	分辨率 2.45 Å R-free 0.227
6IK9 HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/G112S/D113A/Y115F/F116Y/F160L/I159L:DNA:dGTP ternary complex 提交 2018-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 100–654（555 aa）	突变：G211S, D212A, Y214F, F215Y, Q250M, I258L, F259L, C261S, C379S	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM Bis-Tris-HCl PH 6.0, 30-40 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 3.5-4% PEG 6000, 2.4% sucrose, 4.8% glycerol	分辨率 2.44 Å R-free 0.225
6IK9 HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/G112S/D113A/Y115F/F116Y/F160L/I159L:DNA:dGTP ternary complex 提交 2018-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 100–654（555 aa）	突变：G211S, D212A, Y214F, F215Y, Q250M, I258L, F259L, C261S, C379S	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM Bis-Tris-HCl PH 6.0, 30-40 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 3.5-4% PEG 6000, 2.4% sucrose, 4.8% glycerol	分辨率 2.44 Å R-free 0.225
6IKA HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/G112S/D113A/Y115F/F116Y/F160L/I159L:DNA:entecavir-triphosphate ternary complex 提交 2018-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 100–654（555 aa）	突变：G211S, D212A, Y214F, F215Y, Q250M, I258L, F259L, C261S, C379S	ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM Bis-Tris-HCl PH 6.0, 30-40 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 3.5-4% PEG 6000, 2.4% sucrose, 4.8% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.232
6IKA HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/G112S/D113A/Y115F/F116Y/F160L/I159L:DNA:entecavir-triphosphate ternary complex 提交 2018-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 100–654（555 aa）	突变：G211S, D212A, Y214F, F215Y, Q250M, I258L, F259L, C261S, C379S	ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM Bis-Tris-HCl PH 6.0, 30-40 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 3.5-4% PEG 6000, 2.4% sucrose, 4.8% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.232

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3XFN7_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–557； UniProt 100–654 作者链 C； PDB构建体 3–557； UniProt 100–654 作者链 B； PDB构建体 17–444； UniProt 100–527 作者链 D； PDB构建体 17–444； UniProt 100–527

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xn2
沉积日期 deposition_date	2017-05-17
结构标题 title	HIV-1 reverse transcriptase Q151M:DNA:dGTP ternary complex
关键词 keywords	HIV-1, HBV, reverse transcriptase, drug resistance, drug sensitivity, entecavir, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.55 Å
零角强度 I(0) i0	912276000.00
分子量 molecular_weight	245840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	305650 Å³
包络体积 envelope_volume	424240 Å³
水化壳体积 shell_volume	75746 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.8 Å
壳层 Rg shell_rg	50.67 Å
包络 Rg envelope_rg	46.03 Å
形状 Rg shape_rg	46.57 Å
总 Rg total_rg	46.65 Å
总原子数 total_atoms	17280
残基数 n_residues	1985
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.2 Å
Rg (实空间) rg_real	46.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	912200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6612
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.327
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.435
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	151500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.021; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.868

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pol protein
分子量 formula_weight	64033.4 kDa
突变 mutation	Q151M, C162S, C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17606

MVPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKQKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPMGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVRQLSKLLRGTKALTEVVPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMKGAHTNDVKQLTEAVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIIGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVPLTDTTNQKTELQAIHLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAG

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pol protein
分子量 formula_weight	51861.5 kDa
突变 mutation	C162S, C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAHHHHHHALEVLFQGPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKQKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVRQLSKLLRGTKALTEVVPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMKGAHTNDVKQLTEAVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQ

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	38-MER DNA aptamer
分子量 formula_weight	11724.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	E,F

TAATCGCCCCCCTTCGGTGCTTTGCACCGAAGGGGGGC

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	321

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	5xn2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	5xn2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2A05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5xn2B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	5xn2B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2B04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	5xn2C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2C04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2C05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5xn2D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	5xn2D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2D03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5xn2D04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	285.694 Å
晶胞边长 b length_b	285.694 Å
晶胞边长 c length_c	96.325 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.381 Å
最低分辨率 resolution_low	48.903 Å
R 因子 r_factor	0.1903
R_work r_work	0.1885
R_free r_free	0.2234

fit	/app/data/saxs_computation/xn/5xn2/5xn2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xn/5xn2/5xn2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xn/5xn2/5xn2.dat

HIV-1 reverse transcriptase Q151M:DNA:dGTP ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pol protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)