SAXSdb — 5xve

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 258–605	片段：UNP residues 258-605 突变：C276S	Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a × 1 （P62992） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；21% PEG3350, 8% Tacsimate (pH8.0)	分辨率 1.24 Å R-free 0.164

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XVE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HD5 USP2 in complex with ubiquitin 提交 2006-06-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 258–605（348 aa）片段：residues 258-605	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 6.5；295 K；200 mM MgCl2, 25% PEG 3550, 100 mM Bis-Tris, Protein at 11.8 mg/ml, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.229
2IBI Covalent Ubiquitin-USP2 Complex 提交 2006-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 250–605（356 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 251-605	突变：E472A, K473A	ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；298 K；22% PEG1500, 0.1 M Bicine, 0.2 M NaCl, 1 mM DTT, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 9.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
3NHE High Resolution Structure (1.26A) of USP2a in Complex with Ubiquitin 提交 2010-06-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 258–605（348 aa）片段：UNP residues 258-605	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；5% PEG4000, 0.1M Hepes, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.26 Å R-free 0.189
3V6C Crystal Structure of USP2 in complex with mutated ubiquitin 提交 2011-12-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 258–605（348 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；21% PEG 3350,0.2 M CaCl, 0.1 Bis-Tris pH 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.220
3V6E Crystal Structure of USP2 and a mutant form of Ubiquitin 提交 2011-12-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 258–605（348 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；21% PEG3350, 0.2 M Calcium Chloride,0.1 Bis-Tris pH 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
5XU8 Crystal structure of human USP2 in complex with ubiquitin and 6-thioguanine 提交 2017-06-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 258–605（348 aa）片段：UNP residues 258-605	未记录	DX4 2-amino-1,9-dihydro-6H-purine-6-thione × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；24.5% PEG3350, 0.2 M MgC12, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 1.81 Å R-free 0.238
6DGF Ubiquitin Variant bound to USP2 提交 2018-05-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 250–605（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES buffer pH 6, 12% (w/v) PEG3350, 0.2M sodium sulfate	分辨率 2.34 Å R-free 0.224

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–348； UniProt 258–605

Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

物种未注明

UniProt P62992

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–76	片段：UNP residues 1-76	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 × 1 （O75604） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；21% PEG3350, 8% Tacsimate (pH8.0)	分辨率 1.24 Å R-free 0.164

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XVE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4M0W Crystal Structure of SARS-CoV papain-like protease C112S mutant in complex with ubiquitin 提交 2013-08-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295 K；18% PEG 3000, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.180
4Y1H Crystal structure of K33 linked tri-Ubiquitin 提交 2015-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Bis Tris propane (pH 7.5), 20mM sodium/potassium phosphate, 20% PEG3350	分辨率 1.40 Å R-free 0.194
4Z9S Non-covalent assembly of monoubiquitin that mimics K11 poly-ubiquitin 提交 2015-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–76（76 aa）片段：UNP RESIDUES 1-76 链 B 1–76（76 aa）片段：UNP RESIDUES 1-76 链 C 1–76（76 aa）片段：UNP RESIDUES 1-76 链 D 1–76（76 aa）片段：UNP RESIDUES 1-76	未记录	MLA MALONIC ACID × 6 SCN THIOCYANATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4；292 K；3.4M SODIUM MALONATE, 0.1 M SODIUM THIOSUCCINATE PH4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.223
5BZ0 Crystal structure of IBV papain-like protease PLpro C101S mutant in complex with ubiquitin 提交 2015-06-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 10,000.	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
5FER Complex of TRIM25 RING with UbcH5-Ub 提交 2015-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–76（76 aa）链 F 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；10% PEG 20000 and 100 mM Tris pH 8.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.273
5JQS Crystal structure of deubiquitinase MINDY-1 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–76（76 aa）	未记录	AYE prop-2-en-1-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；100mM MES, 10% Dioxane and 1.6 M ammonium sulphate	分辨率 2.65 Å R-free 0.231
5MN9 Crystal structure of MINDY-1 tMIU in complex with K48-diUb 提交 2016-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293.15 K；100 mM sodium acetate pH 5.4 and 18.5 % PEG3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.223
5XU8 Crystal structure of human USP2 in complex with ubiquitin and 6-thioguanine 提交 2017-06-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：UNP residues 1-76	未记录	DX4 2-amino-1,9-dihydro-6H-purine-6-thione × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；24.5% PEG3350, 0.2 M MgC12, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 1.81 Å R-free 0.238
6DJW Crystal Structure of pParkin (REP and RING2 deleted)-pUb-UbcH7 complex 提交 2018-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–74（74 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 15% w/v PEG2000 MME, 0.1 M potasssium chloride	分辨率 3.80 Å R-free 0.297
6DJX Crystal Structure of pParkin-pUb-UbcH7 complex 提交 2018-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–76（76 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M HEPES, pH 6.5, 6% isopropanol, 50 mM magnesium chloride, 5% w/v PEG4000	分辨率 4.80 Å R-free 0.290
6E2B Ubiquitin in complex with Pt(2-phenilpyridine)(PPh3) 提交 2018-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–76（76 aa）链 C 1–76（76 aa）链 E 1–76（76 aa）链 G 1–76（76 aa）链 I 1–76（76 aa）链 P 1–76（76 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 8 PT7 chloro[2-(pyridin-2-yl-kappaN)phenyl-kappaC~1~](triphenyl-lambda~5~-phosphanyl)platinum(2+) × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；3M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate buffer, pH 5.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.207
6Q01 TDP2 UBA Domain Bound to Ubiquitin at 0.85 Angstroms Resolution, Crystal Form 2 提交 2019-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 2 BEZ BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM TRIS pH 7.5, 100 mM NaCl, 150 mM Magnesium Formate, 200 mM Potassium Formate, 18% (w/v) PEG 3350	分辨率 0.85 Å R-free 0.114
6Q01 TDP2 UBA Domain Bound to Ubiquitin at 0.85 Angstroms Resolution, Crystal Form 2 提交 2019-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM TRIS pH 7.5, 100 mM NaCl, 150 mM Magnesium Formate, 200 mM Potassium Formate, 18% (w/v) PEG 3350	分辨率 0.85 Å R-free 0.114
7F0U porcine epidemic diarrhea virus papain-like protease 2 C44S mutant in complex with mono ubiquitin 提交 2021-06-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；19% PEG-3350, 50 mM HEPES pH 8.0 and 1% w/v tryptone	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
7F0U porcine epidemic diarrhea virus papain-like protease 2 C44S mutant in complex with mono ubiquitin 提交 2021-06-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；19% PEG-3350, 50 mM HEPES pH 8.0 and 1% w/v tryptone	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
7NWH Mammalian pre-termination 80S ribosome with eRF1 and eRF3 bound by Blasticidin S. 提交 2021-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric	链 ff 83–150（68 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 281 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 BLS BLASTICIDIN S × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES pH 7.4 100 mM KOAc 5 mM Mg(Oac)2 1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s sample incubation on grid followed by 1.1s blotting time.	分辨率 4.10 Å

共 14 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS27A_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xve
沉积日期 deposition_date	2017-06-27
结构标题 title	Crystal structure of human USP2 C276S mutant in complex with ubiquitin
关键词 keywords	ubiquitin specific protease for anticancer target, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.90 Å
零角强度 I(0) i0	38124100.00
分子量 molecular_weight	46800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58156 Å³
包络体积 envelope_volume	66423 Å³
水化壳体积 shell_volume	25832 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.28 Å
包络 Rg envelope_rg	21.10 Å
形状 Rg shape_rg	20.83 Å
总 Rg total_rg	21.95 Å
总原子数 total_atoms	3285
残基数 n_residues	407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8855
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.193
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.332
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	7232000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2
分子量 formula_weight	41193.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
突变 mutation	C276S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3761

MNSKSAQGLAGLRNLGNTSFMNSILQCLSNTRELRDYCLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLIQTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLRPKSNPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPIAKRGYPEVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASENTNHAVYNLYAVSNHSGTTMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRMLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	356

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5xvea_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.9 — Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, UCH

结构域编号 domain_id	d5xveb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5xveA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	102.473 Å
晶胞边长 b length_b	54.011 Å
晶胞边长 c length_c	74.753 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.240 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1478
R_work r_work	0.1469
R_free r_free	0.1640

fit	/app/data/saxs_computation/xv/5xve/5xve.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xv/5xve/5xve.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xv/5xve/5xve.dat

Crystal structure of human USP2 C276S mutant in complex with ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)