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5xw4

Crystal structure of budding yeast Cdc14p (wild type) in the apo state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 99.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase CDC14

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q00684

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–374 链 B； UniProt 1–374 片段：UNP residues 1-374 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Bis-Tris, ammonium sulfate, PEG4000 分辨率 1.85 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5XW4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4ZJ7 Crystal structure of the karyopherin Kap121p bound to the extreme C-terminus of the protein phosphatase Cdc14p 提交 2015-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 517–551（35 aa） 片段：UNP residues 517-551
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 20000, 2-propanol
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
5XW5 Crystal structure of budding yeast Cdc14p (C283S) bound to a Swi6p phosphopeptide 提交 2017-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–374（374 aa） 片段：UNP residues 1-374
突变：C283S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Bis-Tris, ammonium sulfate, PEG 4000
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
5XW5 Crystal structure of budding yeast Cdc14p (C283S) bound to a Swi6p phosphopeptide 提交 2017-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–374（374 aa） 片段：UNP residues 1-374
突变：C283S SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Bis-Tris, ammonium sulfate, PEG 4000
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
6G84 Structure of Cdc14 bound to CBK1 PxL motif 提交 2018-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；11% PEG3350, 0.2M Calcium Acetate
分辨率 2.47 Å R-free 0.270
6G85 Structure of Cdc14 bound to CBK1 PxL motif 提交 2018-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1.5% PEG 6000 and 0.1 M MES pH 6.0
分辨率 1.53 Å R-free 0.209
6G86 Structure of Cdc14 bound to SIC1 PxL motif 提交 2018-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH6, 18% PEG200, 5% PEG 3000
分辨率 1.74 Å R-free 0.199

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDC14_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 42–415； UniProt 1–374 作者链 B； PDB构建体 42–415； UniProt 1–374

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5xw4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5xw4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5xw4
沉积日期 deposition_date2017-06-29
结构标题 titleCrystal structure of budding yeast Cdc14p (wild type) in the apo state
关键词 keywordsphosphatase, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.20 Å
零角强度 I(0) i0107334000.00
分子量 molecular_weight84114.0 kDa
排除体积 excluded_volume106010 ų
包络体积 envelope_volume126820 ų
水化壳体积 shell_volume37051 ų
包络直径 envelope_diameter108.3 Å
壳层 Rg shell_rg35.96 Å
包络 Rg envelope_rg28.68 Å
形状 Rg shape_rg28.21 Å
总 Rg total_rg28.93 Å
总原子数 total_atoms5955
残基数 n_residues737
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.4 Å
Rg (实空间) rg_real29.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal107300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8804
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.1 Å
偏度 Skewness skewness0.218
峰度 Kurtosis kurtosis-0.450
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36090000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.949
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)