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5y2z

Crystal structure of human LGI1 EPTP-ADAM22 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 256.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22

Homo sapiens

UniProt Q9P0K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 233–729 片段：UNP RESIDUES 233-729 Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 × 1 （O95970） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 233–729 片段：UNP RESIDUES 233-729 Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 × 1 （O95970） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 233–729 片段：UNP RESIDUES 233-729 Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 × 1 （O95970） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
4 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 233–729 片段：UNP RESIDUES 233-729 Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 × 1 （O95970） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
5 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 233–729 片段：UNP RESIDUES 233-729 Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 × 1 （O95970） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
6 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 K； UniProt 233–729 片段：UNP RESIDUES 233-729 Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 × 1 （O95970） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5Y2Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3G5C Structural and biochemical studies on the ectodomain of human ADAM22 提交 2009-02-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 233–736（504 aa） 片段：M, D, C and E domains
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.36 Å R-free 0.273
3G5C Structural and biochemical studies on the ectodomain of human ADAM22 提交 2009-02-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 233–736（504 aa） 片段：M, D, C and E domains
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.36 Å R-free 0.273
5Y31 Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2017-07-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 233–729（497 aa） 片段：UNP RESIDUES 233-729
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)
分辨率 7.12 Å R-free 0.316
5Y31 Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2017-07-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 233–729（497 aa） 片段：UNP RESIDUES 233-729
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)
分辨率 7.12 Å R-free 0.316
7CQF Crystal structure of PSD-95 PDZ3 fused with ADAM22 C-terminal peptide 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 892–906（15 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CHT CHOLINE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M choline chloride, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5), 14 % (w/v) PEG 2000 MME
分辨率 1.80 Å R-free 0.205
8HPY Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 233–718（486 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.5M sodium chloride, 0.1M HEPES pH=7.5, 2% (w/v) Benzamidine
分辨率 5.87 Å R-free 0.343
8HPY Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 233–718（486 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.5M sodium chloride, 0.1M HEPES pH=7.5, 2% (w/v) Benzamidine
分辨率 5.87 Å R-free 0.343
8HQ1 Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 233–718（486 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2
分辨率 4.17 Å R-free 0.314
8HQ1 Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 233–718（486 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2
分辨率 4.17 Å R-free 0.314
8HQ1 Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 233–718（486 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2
分辨率 4.17 Å R-free 0.314
8HQ2 Crystal structure of human ADAM22 in complex with human LGI1 mutant 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 233–718（486 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；7.5% PEG 4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH=7.5
分辨率 2.93 Å R-free 0.291
8HQ2 Crystal structure of human ADAM22 in complex with human LGI1 mutant 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 233–718（486 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；7.5% PEG 4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH=7.5
分辨率 2.93 Å R-free 0.291
8Y6B Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 提交 2024-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 233–718（486 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate.
分辨率 3.49 Å R-free 0.277
8Y6B Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 提交 2024-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 233–718（486 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate.
分辨率 3.49 Å R-free 0.277
8Y6B Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 提交 2024-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 233–718（486 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate.
分辨率 3.49 Å R-free 0.277
9KZC Cryo-EM structure of the LGI1 LRR-LGI1 EPTP-ADAM22 ECD complex 提交 2024-12-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 233–718（486 aa） 片段：UNP RESIDUES 233-729
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
9KZT Cryo-EM structure of the 3:3 LGI1-ADAM22 complex 提交 2024-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 233–729（497 aa） 片段：UNP RESIDUES 233-729
链 C 233–729（497 aa） 片段：UNP RESIDUES 233-729
链 E 233–729（497 aa） 片段：UNP RESIDUES 233-729
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å

共 9 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADA22_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–497； UniProt 233–729 作者链 C； PDB构建体 1–497； UniProt 233–729 作者链 E； PDB构建体 1–497； UniProt 233–729 作者链 G； PDB构建体 1–497； UniProt 233–729 作者链 I； PDB构建体 1–497； UniProt 233–729 作者链 K； PDB构建体 1–497； UniProt 233–729

Leucine-rich glioma-inactivated protein 1

Homo sapiens

UniProt O95970

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 224–557 片段：UNP RESIDUES 224-557 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22 × 1 （Q9P0K1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 224–557 片段：UNP RESIDUES 224-557 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22 × 1 （Q9P0K1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 224–557 片段：UNP RESIDUES 224-557 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22 × 1 （Q9P0K1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
4 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 224–557 片段：UNP RESIDUES 224-557 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22 × 1 （Q9P0K1） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
5 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 J； UniProt 224–557 片段：UNP RESIDUES 224-557 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22 × 1 （Q9P0K1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279
6 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 L； UniProt 224–557 片段：UNP RESIDUES 224-557 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22 × 1 （Q9P0K1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) 分辨率 2.67 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5Y2Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5Y30 Crystal structure of LGI1 LRR domain 提交 2017-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 37–223（187 aa） 片段：LGI1 LRR domain (UNP RESIDUES 37-223)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；20% PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M tri-sodium citrate (pH 5.5)
分辨率 1.78 Å R-free 0.191
5Y31 Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2017-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 37–557（521 aa） 片段：UNP RESIDUES 37-557
突变：R470A CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)
分辨率 7.12 Å R-free 0.316
5Y31 Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2017-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 37–557（521 aa） 片段：UNP RESIDUES 37-557
突变：R470A CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)
分辨率 7.12 Å R-free 0.316
8HPY Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 39–557（519 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.5M sodium chloride, 0.1M HEPES pH=7.5, 2% (w/v) Benzamidine
分辨率 5.87 Å R-free 0.343
8HPY Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 39–557（519 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.5M sodium chloride, 0.1M HEPES pH=7.5, 2% (w/v) Benzamidine
分辨率 5.87 Å R-free 0.343
8HQ1 Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 39–557（519 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2
分辨率 4.17 Å R-free 0.314
8HQ1 Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 39–557（519 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2
分辨率 4.17 Å R-free 0.314
8HQ1 Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 39–557（519 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2
分辨率 4.17 Å R-free 0.314
8HQ2 Crystal structure of human ADAM22 in complex with human LGI1 mutant 提交 2022-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 39–557（519 aa）
突变：L88N/F89A/R474Q CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；7.5% PEG 4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH=7.5
分辨率 2.93 Å R-free 0.291
8HQ2 Crystal structure of human ADAM22 in complex with human LGI1 mutant 提交 2022-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 39–557（519 aa）
突变：L88N/F89A/R474Q CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；7.5% PEG 4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH=7.5
分辨率 2.93 Å R-free 0.291
8Y6B Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 提交 2024-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 39–557（519 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate.
分辨率 3.49 Å R-free 0.277
8Y6B Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 提交 2024-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 39–557（519 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate.
分辨率 3.49 Å R-free 0.277
8Y6B Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 提交 2024-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 39–557（519 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate.
分辨率 3.49 Å R-free 0.277
9KZC Cryo-EM structure of the LGI1 LRR-LGI1 EPTP-ADAM22 ECD complex 提交 2024-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 37–557（521 aa） 片段：UNP RESIDUES 37-557
链 D 37–557（521 aa） 片段：UNP RESIDUES 37-557
突变：R470A 突变：R470A CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
9KZT Cryo-EM structure of the 3:3 LGI1-ADAM22 complex 提交 2024-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 37–557（521 aa） 片段：UNP RESIDUES 37-557
链 D 37–557（521 aa） 片段：UNP RESIDUES 37-557
链 F 37–557（521 aa） 片段：UNP RESIDUES 37-557
突变：R470A 突变：R470A 突变：R470A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LGI1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 7–340； UniProt 224–557 作者链 D； PDB构建体 7–340； UniProt 224–557 作者链 F； PDB构建体 7–340； UniProt 224–557 作者链 H； PDB构建体 7–340； UniProt 224–557 作者链 J； PDB构建体 7–340； UniProt 224–557 作者链 L； PDB构建体 7–340； UniProt 224–557

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5y2z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5y2z
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5y2z
沉积日期 deposition_date2017-07-27
结构标题 titleCrystal structure of human LGI1 EPTP-ADAM22 complex
关键词 keywordsepilepsy, synapse, ADAM, EPTP, WD40, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier92.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron94.32 Å
零角强度 I(0) i04377910000.00
分子量 molecular_weight550370.0 kDa
排除体积 excluded_volume683750 ų
包络体积 envelope_volume1218200 ų
水化壳体积 shell_volume121190 ų
包络直径 envelope_diameter319.8 Å
壳层 Rg shell_rg68.28 Å
包络 Rg envelope_rg91.01 Å
形状 Rg shape_rg94.34 Å
总 Rg total_rg93.92 Å
总原子数 total_atoms38503
残基数 n_residues4820
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax256.5 Å
Rg (实空间) rg_real88.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.15 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2090e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.2180e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal86.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4294000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8920
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.4 Å
偏度 Skewness skewness0.378
峰度 Kurtosis kurtosis-0.782
角度范围 angular_range— – 0.0850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.0920
最高正则化参数 α highest_alpha115200000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 0.972; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.926; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id5y2zA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id5y2zA02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology70 — Echistatin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Disintegrin domain
结构域编号 domain_id5y2zC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id5y2zC02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology70 — Echistatin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Disintegrin domain
结构域编号 domain_id5y2zE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id5y2zE02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology70 — Echistatin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Disintegrin domain
结构域编号 domain_id5y2zG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id5y2zG02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology70 — Echistatin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Disintegrin domain
结构域编号 domain_id5y2zI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id5y2zI02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology70 — Echistatin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Disintegrin domain
结构域编号 domain_id5y2zK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id5y2zK02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology70 — Echistatin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Disintegrin domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)