SAXSdb — 5y30

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich glioma-inactivated protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 37–223	片段：LGI1 LRR domain (UNP RESIDUES 37-223)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；20% PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M tri-sodium citrate (pH 5.5)	分辨率 1.78 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5Y30	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5Y2Z Crystal structure of human LGI1 EPTP-ADAM22 complex 提交 2017-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 224–557（334 aa）片段：UNP RESIDUES 224-557	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
5Y2Z Crystal structure of human LGI1 EPTP-ADAM22 complex 提交 2017-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 224–557（334 aa）片段：UNP RESIDUES 224-557	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
5Y2Z Crystal structure of human LGI1 EPTP-ADAM22 complex 提交 2017-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 224–557（334 aa）片段：UNP RESIDUES 224-557	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
5Y2Z Crystal structure of human LGI1 EPTP-ADAM22 complex 提交 2017-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 224–557（334 aa）片段：UNP RESIDUES 224-557	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
5Y2Z Crystal structure of human LGI1 EPTP-ADAM22 complex 提交 2017-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 224–557（334 aa）片段：UNP RESIDUES 224-557	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
5Y2Z Crystal structure of human LGI1 EPTP-ADAM22 complex 提交 2017-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 224–557（334 aa）片段：UNP RESIDUES 224-557	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
5Y31 Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2017-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 37–557（521 aa）片段：UNP RESIDUES 37-557	突变：R470A	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)	分辨率 7.12 Å R-free 0.316
5Y31 Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2017-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 37–557（521 aa）片段：UNP RESIDUES 37-557	突变：R470A	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0)	分辨率 7.12 Å R-free 0.316
8HPY Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2022-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 39–557（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.5M sodium chloride, 0.1M HEPES pH=7.5, 2% (w/v) Benzamidine	分辨率 5.87 Å R-free 0.343
8HPY Crystal structure of human LGI1-ADAM22 complex 提交 2022-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 39–557（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.5M sodium chloride, 0.1M HEPES pH=7.5, 2% (w/v) Benzamidine	分辨率 5.87 Å R-free 0.343
8HQ1 Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 提交 2022-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 39–557（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2	分辨率 4.17 Å R-free 0.314
8HQ1 Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 提交 2022-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 39–557（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2	分辨率 4.17 Å R-free 0.314
8HQ1 Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 提交 2022-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 39–557（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2	分辨率 4.17 Å R-free 0.314
8HQ2 Crystal structure of human ADAM22 in complex with human LGI1 mutant 提交 2022-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 39–557（519 aa）	突变：L88N/F89A/R474Q	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；7.5% PEG 4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH=7.5	分辨率 2.93 Å R-free 0.291
8HQ2 Crystal structure of human ADAM22 in complex with human LGI1 mutant 提交 2022-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 39–557（519 aa）	突变：L88N/F89A/R474Q	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；7.5% PEG 4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH=7.5	分辨率 2.93 Å R-free 0.291
8Y6B Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 提交 2024-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 39–557（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate.	分辨率 3.49 Å R-free 0.277
8Y6B Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 提交 2024-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 39–557（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate.	分辨率 3.49 Å R-free 0.277
8Y6B Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 提交 2024-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 39–557（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate.	分辨率 3.49 Å R-free 0.277
9KZC Cryo-EM structure of the LGI1 LRR-LGI1 EPTP-ADAM22 ECD complex 提交 2024-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 37–557（521 aa）片段：UNP RESIDUES 37-557 链 D 37–557（521 aa）片段：UNP RESIDUES 37-557	突变：R470A 突变：R470A	CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
9KZT Cryo-EM structure of the 3:3 LGI1-ADAM22 complex 提交 2024-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 37–557（521 aa）片段：UNP RESIDUES 37-557 链 D 37–557（521 aa）片段：UNP RESIDUES 37-557 链 F 37–557（521 aa）片段：UNP RESIDUES 37-557	突变：R470A 突变：R470A 突变：R470A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

共 8 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LGI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–203； UniProt 37–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5y30
沉积日期 deposition_date	2017-07-27
结构标题 title	Crystal structure of LGI1 LRR domain
关键词 keywords	epilepsy, synapse, ADAM, EPTP, WD40, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.08 Å
零角强度 I(0) i0	7623300.00
分子量 molecular_weight	20419.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25660 Å³
包络体积 envelope_volume	29611 Å³
水化壳体积 shell_volume	15113 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.8 Å
壳层 Rg shell_rg	22.57 Å
包络 Rg envelope_rg	17.45 Å
形状 Rg shape_rg	17.01 Å
总 Rg total_rg	18.23 Å
总原子数 total_atoms	1436
残基数 n_residues	182
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.6 Å
Rg (实空间) rg_real	18.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6230e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7623000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7831
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.104
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	877000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5y30a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamily	c.10.2 — L domain-like
家族 Family family	c.10.2.0 — automated matches

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.252 Å
晶胞边长 b length_b	65.252 Å
晶胞边长 c length_c	109.741 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.781 Å
最低分辨率 resolution_low	39.366 Å
R 因子 r_factor	0.1667
R_work r_work	0.1655
R_free r_free	0.1911

描述 description	Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
分子量 formula_weight	23808.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1560

Crystal structure of LGI1 LRR domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich glioma-inactivated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

fit	/app/data/saxs_computation/y3/5y30/5y30.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y3/5y30/5y30.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y3/5y30/5y30.dat