SAXSdb — 5y6o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Death domain-associated protein 6,Transcriptional regulator ATRX

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1265–1288 链 B； UniProt 1265–1288 链 C； UniProt 1265–1288	片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 3.10 Å R-free 0.297
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1265–1288 链 E； UniProt 1265–1288 链 F； UniProt 1265–1288	片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 3.10 Å R-free 0.297
3	信息不足同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1265–1288 链 H； UniProt 1265–1288 链 I； UniProt 1265–1288	片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 3.10 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5Y6O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JM1 Structures and chemical shift assignments for the ADD domain of the ATRX protein 提交 2006-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 159–296（138 aa）片段：ADD domain, residues 159-296	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.5；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [U-15N] ADD domain 156-296, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 93% H2O, 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.35 mM [U-13C; U-15N] ADD domain 156-296, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 93% H2O, 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2LBM Solution structure of the ADD domain of ATRX complexed with histone tail H3 1-15 K9me3 提交 2011-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 159–296（138 aa）片段：UNP residues 159-296	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient NMR样品组成 200 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] ATRX ADD domain-1, 200 uM H3 tail 1-15 K9me3-2, 50 mM [U-99% 2H] TRIS-3, 200 mM sodium chloride-4, 150 uM zinc sulfate-5, 1 mM [U-99% 2H] DTT-6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 200 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] ATRX ADD domain-7, 200 uM H3 tail 1-15 K9me3-8, 50 mM [U-99% 2H] TRIS-9, 200 mM sodium chloride-10, 150 uM zinc sulfate-11, 1 mM [U-99% 2H] DTT-12, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LD1 Structures and chemical shift assignments for the ADD domain of the ATRX protein 提交 2011-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 159–296（138 aa）片段：ADD DOMAIN, RESIDUES 159-296	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.5；压力 ambient NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-15N] ADD_domain_163-296, 20 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.3-0.4 mM [U-13C; U-15N] ADD_domain_163-296, 20 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3QL9 Monoclinic complex structure of ATRX ADD bound to histone H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2 M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 0.93 Å R-free 0.131
3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3QLN Crystal structure of ATRX ADD domain in free state 提交 2011-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25% (v/v) PEG 4000, 100mM HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.158
3QLN Crystal structure of ATRX ADD domain in free state 提交 2011-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25% (v/v) PEG 4000, 100mM HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.158
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 167–289（123 aa）片段：UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 167–289（123 aa）片段：UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 167–289（123 aa）片段：UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5GRQ Crystal Structure of DHB domain of Daxx in complex with an ATRX peptide 提交 2016-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1256–1285（30 aa）片段：DID domain, UNP residues 1256-1285 链 D 1256–1285（30 aa）片段：DID domain, UNP residues 1256-1285	未记录	ACT ACETATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；100mM MES 6.0, 100mM zinc acetate, 13% ethanol	分辨率 1.58 Å R-free 0.179
5Y18 Crystal structure of DAXX helical bundle domain in complex with ATRX 提交 2017-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1268–1289（22 aa）片段：UNP residues 1268-1289	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M sodium citrate, pH6.5, 0.2M ammonium acetate, 30% PEG4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
6G0O Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated ATRX peptide (K1030ac/K1033ac) 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1027–1037（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20.0 % PEG 6K 10.0 % EtGly 0.1 M HEPES pH 7.0 0.2 M LiCl	分辨率 1.40 Å R-free 0.166

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATRX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 96–119； UniProt 1265–1288 作者链 B； PDB构建体 96–119； UniProt 1265–1288 作者链 C； PDB构建体 96–119； UniProt 1265–1288 作者链 D； PDB构建体 96–119； UniProt 1265–1288 作者链 E； PDB构建体 96–119； UniProt 1265–1288 作者链 F； PDB构建体 96–119； UniProt 1265–1288 作者链 G； PDB构建体 96–119； UniProt 1265–1288 作者链 H； PDB构建体 96–119； UniProt 1265–1288 作者链 I； PDB构建体 96–119； UniProt 1265–1288

Death domain-associated protein 6,Transcriptional regulator ATRX

Homo sapiens

UniProt Q9UER7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 50–144 链 B； UniProt 50–144 链 C； UniProt 50–144	片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 3.10 Å R-free 0.297
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 50–144 链 E； UniProt 50–144 链 F； UniProt 50–144	片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 3.10 Å R-free 0.297
3	信息不足同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 50–144 链 H； UniProt 50–144 链 I； UniProt 50–144	片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 3.10 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5Y6O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KQS Phosphorylation of SUMO-interacting motif by CK2 enhances Daxx SUMO binding activity 提交 2009-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 721–740（20 aa）片段：UNP residues 721-741	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.27-0.5mM [U-100% 15N] SUMO1-1, 0-1.7mM DAXX20-2, 10mM potassium phosphate-3, 100mM potassium chloride-4, 2mM DTT-5, 0.1mM EDTA-6, 0.001% sodium azide-7, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SUMO1-8, 2mM DAXX20-9, 10mM potassium phosphate-10, 100mM potassium chloride-11, 2mM DTT-12, 0.1mM EDTA-13, 0.001% sodium azide-14, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM SUMO1-15, 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DAXX20-16, 10mM potassium phosphate-17, 100mM potassium chloride-18, 2mM DTT-19, 0.1mM EDTA-20, 0.001% sodium azide-21, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SUMO1-22, 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DAXX20-23, 10mM potassium phosphate-24, 100mM potassium chloride-25, 2mM DTT-26, 0.1mM EDTA-27, 0.001% sodium azide-28, 0.0066 w/v Pf1 phage-29, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4H9N Complex structure 1 of DAXX/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 178–389（212 aa）片段：UNP residues 178-389	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4H9O Complex structure 2 of DAXX/H3.3(sub5,G90M)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 178–389（212 aa）片段：UNP residues 178-389	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.225
4H9P Complex structure 3 of DAXX/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 178–389（212 aa）片段：UNP residues 178-389	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
4H9P Complex structure 3 of DAXX/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 178–389（212 aa）片段：UNP residues 178-389	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
4H9Q Complex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 178–389（212 aa）片段：UNP residues 178-389	突变：E48C	PO4 PHOSPHATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
4H9Q Complex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 178–389（212 aa）片段：UNP residues 178-389	突变：E48C	PO4 PHOSPHATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
4H9R Complex structure 5 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 178–389（212 aa）片段：UNP residues 178-389	突变：E48A	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.6 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
4H9R Complex structure 5 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 178–389（212 aa）片段：UNP residues 178-389	突变：E48A	PO4 PHOSPHATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.6 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 183–398（216 aa）片段：UNP residues 178-389	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 183–398（216 aa）片段：UNP residues 178-389	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 183–398（216 aa）片段：UNP residues 178-389 链 F 183–398（216 aa）片段：UNP residues 178-389	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
4HGA Structure of the variant histone H3.3-H4 heterodimer in complex with its chaperone DAXX 提交 2012-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 184–390（207 aa）片段：HISTONE BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 184-390	未记录	PC4 TETRACHLOROPLATINATE(II) × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；298 K；0.1M HEPES-Na, pH 7.6, 23% (v/v) PEG 3350, 0.25M Ammonium acetate, 1% Tacsimate pH 7.0, 6% ethanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
5GRQ Crystal Structure of DHB domain of Daxx in complex with an ATRX peptide 提交 2016-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 55–144（90 aa）片段：DHB domain, UNP residues 55-144 链 B 55–144（90 aa）片段：DHB domain, UNP residues 55-144	未记录	ACT ACETATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；100mM MES 6.0, 100mM zinc acetate, 13% ethanol	分辨率 1.58 Å R-free 0.179
5KDM Crystal structure of EBV tegument protein BNRF1 in complex with histone chaperone DAXX and histones H3.3-H4 提交 2016-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 178–389（212 aa）片段：residues 178-389	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.1M MES pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
5Y18 Crystal structure of DAXX helical bundle domain in complex with ATRX 提交 2017-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 55–144（90 aa）片段：UNP residues 55-144	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M sodium citrate, pH6.5, 0.2M ammonium acetate, 30% PEG4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.219

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DAXX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–95； UniProt 50–144 作者链 B； PDB构建体 1–95； UniProt 50–144 作者链 C； PDB构建体 1–95； UniProt 50–144 作者链 D； PDB构建体 1–95； UniProt 50–144 作者链 E； PDB构建体 1–95； UniProt 50–144 作者链 F； PDB构建体 1–95； UniProt 50–144 作者链 G； PDB构建体 1–95； UniProt 50–144 作者链 H； PDB构建体 1–95； UniProt 50–144 作者链 I； PDB构建体 1–95； UniProt 50–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5y6o
沉积日期 deposition_date	2017-08-13
结构标题 title	Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX
关键词 keywords	Histone chaperone, Gene repressor, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.04 Å
零角强度 I(0) i0	171107000.00
分子量 molecular_weight	106320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133910 Å³
包络体积 envelope_volume	193820 Å³
水化壳体积 shell_volume	46090 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.8 Å
壳层 Rg shell_rg	41.44 Å
包络 Rg envelope_rg	35.02 Å
形状 Rg shape_rg	36.04 Å
总 Rg total_rg	36.50 Å
总原子数 total_atoms	7467
残基数 n_residues	947
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	171100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8929
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.900

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.666 Å
晶胞边长 b length_b	78.666 Å
晶胞边长 c length_c	503.215 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	54

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	83.869 Å
R 因子 r_factor	0.2274
R_work r_work	0.2238
R_free r_free	0.2972

描述 description	Death domain-associated protein 6,Transcriptional regulator ATRX
分子量 formula_weight	13686.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	7467

Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Death domain-associated protein 6,Transcriptional regulator ATRX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Death domain-associated protein 6,Transcriptional regulator ATRX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/y6/5y6o/5y6o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y6/5y6o/5y6o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y6/5y6o/5y6o.dat