SAXSdb — 5y91

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

Ctenopharyngodon idella

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Beta-2-microglobulin × 1 （Q65XZ7） PEPTIDE PHE-ALA-ASN-PHE-CYS-LEU-MET-MET-ILE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q65XY8_CTEID
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 17–291

Beta-2-microglobulin

Ctenopharyngodon idella

UniProt Q65XZ7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC class I antigen × 1 （Q65XY8） PEPTIDE PHE-ALA-ASN-PHE-CYS-LEU-MET-MET-ILE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q65XZ7_CTEID
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5y91
沉积日期 deposition_date	2017-08-22
结构标题 title	The structure of the MHC class I molecule of bony fishes provides insights into the conserved nature of the antigen-presenting system
关键词 keywords	Fish, MHC class I, Evolution, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5y91__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5y91__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5y91__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.39 Å
Rg（电子密度）	23.48 Å
总 Rg	24.32 Å
原子数	3053
残基数	379
排除体积	53866 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5y91__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I antigen
分子量 formula_weight	31449.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3401

GTHSLKYVYTGVSRGIDFPEFTAVGMVDDGQFMYFDSNSMKAVPKTEWIRQNEGADYWDRQTQVLIGAHQVFKDSIQIVMERFNQSKGVHTWQNMYGCELNDDGTTQGFYQYAYDGEDFVSLDKNTLTWTAANPQAVITKHKWEALAVAEQNKGYLENTCIEWLKKYVAYGKDTLERKVSPQVSLLQKDPSSPVTCHATGFYPSGVTITWQKNGQDHDEDVDLGELLPNEDGSFQRMSTLNVGPDEWKNNRFSCVVEHQDKTIRKTEDDIITNFD

来源 Source

来源生物 organism	Ctenopharyngodon idella
通用名 common_name	Grass carp
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7959
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	13215.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRALVSFALFCVLYISVQGKVSSPKIQVYSHYPGEYGKENTLICYVSGFHPPDISIELLKNGEVIADAQQTDLAFEKGWQFHLTKSVSFKPEKSDEYSCSVRHMSKTKKIVWESNM

来源 Source

来源生物 organism	Ctenopharyngodon idella
通用名 common_name	Grass carp
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7959
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PEPTIDE PHE-ALA-ASN-PHE-CYS-LEU-MET-MET-ILE
分子量 formula_weight	1089.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

FANFCLMMI

来源 Source

来源生物 organism	Spring viraemia of carp virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	696863
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	342

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5y91b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5y91A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	5y91A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5y91B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	119.280 Å
晶胞边长 b length_b	50.413 Å
晶胞边长 c length_c	86.077 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	124.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.901 Å
最低分辨率 resolution_low	32.883 Å
R 因子 r_factor	0.1918
R_work r_work	0.1902
R_free r_free	0.2235

The structure of the MHC class I molecule of bony fishes provides insights into the conserved nature of the antigen-presenting system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5y91__assembly_1__model_1

5y91__assembly_1__model_1 | I(q)

5y91__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of the MHC class I molecule of bony fishes provides insights into the conserved nature of the antigen-presenting system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5y91__assembly_1__model_1

5y91__assembly_1__model_1 | I(q)

5y91__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)