SAXSdb — 5ybd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulator ERG

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 317–406	片段：ETS domain, UNP residues 317-406	;DNA (5'-D(PAPCPCPGPGPAPAPGPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPAPCPTPTPCPCPGPGP*T)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20%(w/v) PEG4000, 200mM MgCl2 as precipitant solution	分辨率 2.77 Å R-free 0.282
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 X； UniProt 317–406	片段：ETS domain, UNP residues 317-406	;DNA (5'-D(PAPCPCPGPGPAPAPGPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPAPCPTPTPCPCPGPGP*T)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20%(w/v) PEG4000, 200mM MgCl2 as precipitant solution	分辨率 2.77 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5YBD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SXE The solution structure of the Pointed (PNT) domain from the transcrition factor Erg 提交 2004-03-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–208（94 aa）片段：PNT domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）70 mM；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）70 mM；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）70 mM；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）70 mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM Erg U-15N,13C, 20mM phosphate buffer pH 7.0, 50mM NaCl, 2mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM Erg 100%15N,10%13C, 20mM phosphate buffer pH 7.0, 50mM NaCl, 2mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2mM Erg 100%15N, 20mM phosphate buffer pH 7.0, 50mM NaCl, 2mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2mM Erg 100%15N, 20mM phosphate buffer pH 7.0, 50mM NaCl, 2mM DTT, 1% H2O, 99% D2O \| 1% H2O, 99% D2O	分辨率未提供
4IRG Uninhibited DNA-binding domain of the Ets transcription factor ERG 提交 2013-01-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 313–412（100 aa）片段：Ets Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；290 K；1.4M Sodium Citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
4IRH Auto-inhibited ERG Ets domain 提交 2013-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 287–412（126 aa）片段：Ets Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；290 K；1.4M Sodium Citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.215
4IRI Auto-inhibited ERG Ets Domain-DNA Complex 提交 2013-01-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 287–412（126 aa）片段：Ets Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.2M ammonium chloride, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.77 Å R-free 0.210
5YBC X-ray structure of native ETS-domain domain of Ergp55 提交 2017-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 317–408（92 aa）片段：ETS domain, UNP residues 317-408 链 C 317–408（92 aa）片段：ETS domain, UNP residues 317-408	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；20%(w/v) PEG400, 130mM NaCl, 60mM MgCl2, 100mM sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.257
6VGE Crystal structure of the DNA binding domains of human transcription factor ERG, human Runx2 bound to core binding factor beta (Cbfb), in complex with 16mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 313–426（114 aa）片段：DNA binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.6 M K/Na Tartrate, 0.1 M Hepes, pH7.0	分辨率 4.25 Å R-free 0.317
6VGG Crystal structure of the DNA binding domains of human transcription factor ERG, human Runx2 bound to core binding factor beta (Cbfb), and mithramycin, in complex with 16mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 313–426（114 aa）片段：DNA binding domain	未记录	QWP mithramycin × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.3 M K/Na Tartrate, 50 mM Hepes, pH 7.0, soaked in 1 mM mithramycin-Mg	分辨率 4.31 Å R-free 0.285

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–90； UniProt 317–406 作者链 X； PDB构建体 1–90； UniProt 317–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ybd
沉积日期 deposition_date	2017-09-04
结构标题 title	X-ray structure of ETS domain of Ergp55 in complex with E74DNA
关键词 keywords	ETS transcription factor, human Ergp55, ETS-E74DNA complex, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.19 Å
零角强度 I(0) i0	30583300.00
分子量 molecular_weight	34431.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39502 Å³
包络体积 envelope_volume	51084 Å³
水化壳体积 shell_volume	19758 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.6 Å
壳层 Rg shell_rg	28.09 Å
包络 Rg envelope_rg	22.58 Å
形状 Rg shape_rg	22.18 Å
总 Rg total_rg	22.82 Å
总原子数 total_atoms	2379
残基数 n_residues	228
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7047
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.379
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.362
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3708000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcriptional regulator ERG
分子量 formula_weight	11651.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,X
原子数 atom_count	2379

QIQLWQFLLELLSDSSNSSCITWEGTNGEFKMTDPDEVARRWGERKSKPNMNYDKLSRALRYYYDKNIMTKVHGKRYAYKFDFHGIAQALLEHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Enterobacteria phage L1

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCPCPGPGPAPAPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	2764.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,Y

ACCGGAAGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPCPTPTPCPCPGPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	2996.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,Z

CACTTCCGGT

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5ybdA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	5ybdX00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.279 Å
晶胞边长 b length_b	233.871 Å
晶胞边长 c length_c	80.524 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.769 Å
最低分辨率 resolution_low	38.978 Å
R 因子 r_factor	0.2081
R_work r_work	0.2044
R_free r_free	0.2816

fit	/app/data/saxs_computation/yb/5ybd/5ybd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yb/5ybd/5ybd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yb/5ybd/5ybd.dat

X-ray structure of ETS domain of Ergp55 in complex with E74DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulator ERG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)