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5yc1

TRAF4_GPIb complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 139.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF receptor-associated factor 4

Homo sapiens

UniProt Q9BUZ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 290–470 链 B； UniProt 290–470 链 C； UniProt 290–470 片段：UNP residues 290-470 GPIb peptide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；magnesium formate dehydrate, polyethylene glycol 3350 分辨率 2.51 Å R-free 0.265
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 290–470 链 E； UniProt 290–470 链 F； UniProt 290–470 片段：UNP residues 290-470 GPIb peptide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；magnesium formate dehydrate, polyethylene glycol 3350 分辨率 2.51 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5YC1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2EOD Solution structure of TRAF-type zinc finger domains (190- 248) from human TNF receptor-associated factor 4 提交 2007-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 190–248（59 aa） 片段：zf-TRAF, UNP residues 190-248
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.13mM uniformly 13C,15N-labeled protein; 20mM TrisHCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 1mM IDA; 10% D2O, 90% H2O | 10% D2O, 90% H2O
分辨率未提供
2YUC Solution structure of the TRAF-type zinc finger domains (102-164) from human TNF receptor associated factor 4 提交 2007-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 102–164（63 aa） 片段：TRAF-type zinc finger domains
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.24mM U-15N, 13C-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 1mM IDA, 90% H2O, 10%D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3ZJB The structure of the TRAF domain of human TRAF4 提交 2013-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 283–470（188 aa） 片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470
链 B 283–470（188 aa） 片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470
链 C 283–470（188 aa） 片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；15% PEG 4000, 0.1M HEPES PH 7.0
分辨率 1.84 Å R-free 0.200
4K8U Crystal structure of TRAF4 TRAF domain 提交 2013-04-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 281–470（190 aa） 片段：UNP residues 281-470
链 B 281–470（190 aa） 片段：UNP residues 281-470
链 C 281–470（190 aa） 片段：UNP residues 281-470
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；13% PEG 3350, 0.14M Magnessium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.281
4M4E TRAF domain of human TRAF4 提交 2013-08-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 292–466（175 aa）
链 B 292–466（175 aa）
链 C 292–466（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；0.2M Ammonium fluoride, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.60 Å R-free 0.277
9OGV Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 292–466（175 aa）
链 B 292–466（175 aa）
链 C 292–466（175 aa）
未记录 A1CA9 N-(1,3-thiazol-2-yl)quinoxaline-6-carboxamide × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 292–466（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5
分辨率 2.62 Å R-free 0.276
9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 292–466（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5
分辨率 2.62 Å R-free 0.276
9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 292–466（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5
分辨率 2.62 Å R-free 0.276

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRAF4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 290–470 作者链 B； PDB构建体 1–181； UniProt 290–470 作者链 C； PDB构建体 1–181； UniProt 290–470 作者链 D； PDB构建体 1–181； UniProt 290–470 作者链 E； PDB构建体 1–181； UniProt 290–470 作者链 F； PDB构建体 1–181； UniProt 290–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5yc1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5yc1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5yc1
沉积日期 deposition_date2017-09-06
结构标题 titleTRAF4_GPIb complex
关键词 keywordsComplex, Platelet receptor, TRAF4, interaction, SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE complex; SIGNALING PROTEIN/PEPTIDE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.82 Å
零角强度 I(0) i0173523000.00
分子量 molecular_weight109880.0 kDa
排除体积 excluded_volume138600 ų
包络体积 envelope_volume198790 ų
水化壳体积 shell_volume41745 ų
包络直径 envelope_diameter140.9 Å
壳层 Rg shell_rg44.13 Å
包络 Rg envelope_rg40.76 Å
形状 Rg shape_rg41.80 Å
总 Rg total_rg42.03 Å
总原子数 total_atoms7805
残基数 n_residues964
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax139.3 Å
Rg (实空间) rg_real42.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal173500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8419
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.7 Å
偏度 Skewness skewness0.436
峰度 Kurtosis kurtosis-0.474
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12920000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.428
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5yc1A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id5yc1B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id5yc1C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id5yc1D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id5yc1E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id5yc1F00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)