5ylv

Crystal structure of the gastric proton pump complexed with SCH28080

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium-transporting ATPase alpha chain 1

Sus scrofa

UniProt P19156

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Potassium-transporting ATPase subunit beta × 1 （P18434） 2-(2-methyl-8-phenylmethoxy-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl)ethanenitrile × 1 MAGNESIUM ION × 1 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 2 RUBIDIUM ION × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATP4A_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1034； UniProt 1–1034

Potassium-transporting ATPase subunit beta

Sus scrofa

UniProt P18434

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Potassium-transporting ATPase alpha chain 1 × 1 （P19156） 2-(2-methyl-8-phenylmethoxy-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl)ethanenitrile × 1 MAGNESIUM ION × 1 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 2 RUBIDIUM ION × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATP4B_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–289； UniProt 2–290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ylv
沉积日期 deposition_date	2017-10-19
结构标题 title	Crystal structure of the gastric proton pump complexed with SCH28080
关键词 keywords	gastric, proton pump, H+, K+-ATPase, P-type ATPase, transporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ylv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ylv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ylv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.36 Å
Rg（电子密度）	46.69 Å
总 Rg	46.42 Å
原子数	9908
残基数	1247
排除体积	178440 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ylv__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
分子量 formula_weight	114456.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.10
突变 mutation	R220C, S593C, G1005S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9937

MGKAENYELYQVELGPGPSGDMAAKMSKKKAGRGGGKRKEKLENMKKEMEINDHQLSVAELEQKYQTSATKGLSASLAAELLLRDGPNALRPPRGTPEYVKFARQLAGGLQCLMWVAAAICLIAFAIQASEGDLTTDDNLYLALALIAVVVVTGCFGYYQEFKSTNIIASFKNLVPQQATVIRDGDKFQINADQLVVGDLVEMKGGDRVPADIRILQAQGCKVDNSSLTGESEPQTRSPECTHESPLETRNIAFFSTMCLEGTAQGLVVNTGDRTIIGRIASLASGVENEKTPIAIEIEHFVDIIAGLAILFGATFFIVAMCIGYTFLRAMVFFMAIVVAYVPEGLLATVTVCLSLTAKRLASKNCVVKNLEAVETLGSTSVICSDKTGTLTQNRMTVSHLWFDNHIHSADTTEDQSGQTFDQSSETWRALCRVLTLCNRAAFKSGQDAVPVPKRIVIGDASETALLKFSELTLGNAMGYRERFPKVCEIPFNSTNKFQLSIHTLEDPRDPRHVLVMKGAPERVLERCSSILIKGQELPLDEQWREAFQTAYLSLGGLGERVLGFCQLYLSEKDYPPGYAFDVEAMNFPTSGLCFAGLVSMIDPPRATVPDAVLKCRTAGIRVIMVTGDHPITAKAIAASVGIISEGSETVEDIAARLRVPVDQVNRKDARACVINGMQLKDMDPSELVEALRTHPEMVFARTSPQQKLVIVESCQRLGAIVAVTGDGVNDSPALKKADIGVAMGIAGSDAAKNAADMILLDDNFASIVTGVEQGRLIFDNLKKSIAYTLTKNIPELTPYLIYITVSVPLPLGCITILFIELCTDIFPSVSLAYEKAESDIMHLRPRNPKRDRLVNEPLAAYSYFQIGAIQSFAGFTDYFTAMAQEGWFPLLCVGLRPQWENHHLQDLQDSYGQEWTFGQRLYQQYTCYTVFFISIEMCQIADVLIRKTRRLSAFQQGFFRNRILVIAIVFQVCIGCFLCYCPGMPNIFNFMPIRFQWWLVPMPFSLLIFVYDEIRKLGVRCCPGSWWDQELYY

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	Pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Potassium-transporting ATPase subunit beta
分子量 formula_weight	32982.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AALQEKKSCSQRMEEFQRYCWNPDTGQMLGRTLSRWVWISLYYVAFYVVMSGIFALCIYVLMRTIDPYTPDYQDQLKSPGVTLRPDVYGEKGLDISYNVSDSTTWAGLAHTLHRFLAGYSPAAQEGSINCTSEKYFFQESFLAPNHTKFSCKFTADMLQNCSGRPDPTFGFAEGKPCFIIKMNRIVKFLPGNSTAPRVDCAFLDQPRDGPPLQVEYFPANGTYSLHYFPYYGKKAQPHYSNPLVAAKLLNVPRNRDVVIVCKILAEHVSFDNPHDPYEGKVEFKLKIQK

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	Pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(2-methyl-8-phenylmethoxy-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl)ethanenitrile
分子量 formula_weight	277.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	538.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	RUBIDIUM ION
分子量 formula_weight	85.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	787.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5ylvA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	150 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A

结构域编号 domain_id	5ylvA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	5ylvA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	5ylvA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

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晶胞边长 a length_a	105.050 Å
晶胞边长 b length_b	105.050 Å
晶胞边长 c length_c	368.540 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.296 Å
R 因子 r_factor	0.2423
R_work r_work	0.2396
R_free r_free	0.2921

Crystal structure of the gastric proton pump complexed with SCH28080

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium-transporting ATPase alpha chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Potassium-transporting ATPase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ylv__assembly_1__model_1

5ylv__assembly_1__model_1 | I(q)

5ylv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the gastric proton pump complexed with SCH28080

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium-transporting ATPase alpha chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Potassium-transporting ATPase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ylv__assembly_1__model_1

5ylv__assembly_1__model_1 | I(q)

5ylv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)