5yqh

The crystal structure of CYP199A4 binding with 4-n-Propyl benzoic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome P450

Rhodopseudomonas palustris (strain HaA2)

UniProt Q2IU02

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–410 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 8ZX 4-methoxybenzamide × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;0.25M NaCl, 1.5M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris, pH 8.0 分辨率 2.30 Å R-free 0.237
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–410 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 8ZX 4-methoxybenzamide × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;0.25M NaCl, 1.5M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris, pH 8.0 分辨率 2.30 Å R-free 0.237
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–410 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 8ZX 4-methoxybenzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;0.25M NaCl, 1.5M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris, pH 8.0 分辨率 2.30 Å R-free 0.237
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–410 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 8ZX 4-methoxybenzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;0.25M NaCl, 1.5M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris, pH 8.0 分辨率 2.30 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 98 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q2IU02_RHOP2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–410; UniProt 1–410 作者链 B; PDB构建体 1–410; UniProt 1–410 作者链 C; PDB构建体 1–410; UniProt 1–410 作者链 D; PDB构建体 1–410; UniProt 1–410

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5yqh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5yqh
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5yqh
沉积日期 deposition_date2017-11-06
结构标题 titleThe crystal structure of CYP199A4 binding with 4-n-Propyl benzoic acid
关键词 keywordsCytochrome P450; metabolites biosynthesis; catabolism Cytoplasm, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.49
零角强度 I(0) i0475569000.00
分子量 molecular_weight177170.0 kDa
排除体积 excluded_volume220960 ų
包络体积 envelope_volume279980 ų
水化壳体积 shell_volume57752 ų
包络直径 envelope_diameter126.4
壳层 Rg shell_rg46.64
包络 Rg envelope_rg38.58
形状 Rg shape_rg39.45
总 Rg total_rg39.99
总原子数 total_atoms12460
残基数 n_residues1572
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.7
Rg (实空间) rg_real40.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81
I(0) (实空间) i0_real4.7560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.22
I(0) (倒空间) i0_reciprocal475600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9058
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.8
偏度 Skewness skewness0.057
峰度 Kurtosis kurtosis-0.756
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha168200000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.941

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5yqha_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5yqhb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5yqhc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5yqhd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5yqhA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5yqhB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5yqhC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5yqhD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)