5yrt

Diol dehydratase, AdoCbl/substrate-free, anaerobically-prepared crystal

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diol dehydrase alpha subunit

Klebsiella oxytoca

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Diol dehydrase beta subunit × 2 （Q59471） Diol dehydrase gamma subunit × 2 （Q59472） CALCIUM ION × 2 POTASSIUM ION × 4 5'-DEOXYADENOSINE × 2 CHLORIDE ION × 6 COBALAMIN × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Diol dehydrase beta subunit × 2 （Q59471） Diol dehydrase gamma subunit × 2 （Q59472） CALCIUM ION × 2 POTASSIUM ION × 4 5'-DEOXYADENOSINE × 2 CHLORIDE ION × 6 COBALAMIN × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q59470_KLEOX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–554； UniProt 1–554 作者链 D； PDB构建体 1–554； UniProt 1–554 作者链 G； PDB构建体 1–554； UniProt 1–554 作者链 J； PDB构建体 1–554； UniProt 1–554

Diol dehydrase beta subunit

Klebsiella oxytoca

UniProt Q59471

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Diol dehydrase alpha subunit × 2 （Q59470） Diol dehydrase gamma subunit × 2 （Q59472） CALCIUM ION × 2 POTASSIUM ION × 4 5'-DEOXYADENOSINE × 2 CHLORIDE ION × 6 COBALAMIN × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Diol dehydrase alpha subunit × 2 （Q59470） Diol dehydrase gamma subunit × 2 （Q59472） CALCIUM ION × 2 POTASSIUM ION × 4 5'-DEOXYADENOSINE × 2 CHLORIDE ION × 6 COBALAMIN × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q59471_KLEOX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 22–200； UniProt 46–224 作者链 E； PDB构建体 22–200； UniProt 46–224 作者链 H； PDB构建体 22–200； UniProt 46–224 作者链 K； PDB构建体 22–200； UniProt 46–224

Diol dehydrase gamma subunit

Klebsiella oxytoca

UniProt Q59472

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Diol dehydrase alpha subunit × 2 （Q59470） Diol dehydrase beta subunit × 2 （Q59471） CALCIUM ION × 2 POTASSIUM ION × 4 5'-DEOXYADENOSINE × 2 CHLORIDE ION × 6 COBALAMIN × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Diol dehydrase alpha subunit × 2 （Q59470） Diol dehydrase beta subunit × 2 （Q59471） CALCIUM ION × 2 POTASSIUM ION × 4 5'-DEOXYADENOSINE × 2 CHLORIDE ION × 6 COBALAMIN × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q59472_KLEOX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–137； UniProt 38–173 作者链 F； PDB构建体 2–137； UniProt 38–173 作者链 I； PDB构建体 2–137； UniProt 38–173 作者链 L； PDB构建体 2–137； UniProt 38–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5yrt
沉积日期 deposition_date	2017-11-10
结构标题 title	Diol dehydratase, AdoCbl/substrate-free, anaerobically-prepared crystal
关键词 keywords	Adenosylcobalamin, Radical enzyme, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5yrt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5yrt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5yrt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.15 Å
Rg（电子密度）	36.90 Å
总 Rg	37.22 Å
原子数	13548
残基数	1734
排除体积	241010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5yrt__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5yrt__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Diol dehydrase alpha subunit
分子量 formula_weight	60408.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.28
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	30305

MRSKRFEALAKRPVNQDGFVKEWIEEGFIAMESPNDPKPSIKIVNGAVTELDGKPVSDFDLIDHFIARYGINLNRAEEVMAMDSVKLANMLCDPNVKRSEIVPLTTAMTPAKIVEVVSHMNVVEMMMAMQKMRARRTPSQQAHVTNVKDNPVQIAADAAEGAWRGFDEQETTVAVARYAPFNAIALLVGSQVGRPGVLTQCSLEEATELKLGMLGHTCYAETISVYGTEPVFTDGDDTPWSKGFLASSYASRGLKMRFTSGSGSEVQMGYAEGKSMLYLEARCIYITKAAGVQGLQNGSVSCIGVPSAVPSGIRAVLAENLICSSLDLECASSNDQTFTHSDMRRTARLLMQFLPGTDFISSGYSAVPNYDNMFAGSNEDAEDFDDYNVIQRDLKVDGGLRPVREEDVIAIRNKAARALQAVFAGMGLPPITDEEVEAATYAHGSKDMPERNIVEDIKFAQEIINKNRNGLEVVKALAQGGFTDVAQDMLNIQKAKLTGDYLHTSAIIVGDGQVLSAVNDVNDYAGPATGYRLQGERWEEIKNIPGALDPNEID

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella oxytoca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	571
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Diol dehydrase beta subunit
分子量 formula_weight	21721.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.28
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MSSHHHHHHSAALEVLFQGPGGFLTEVGEARQGTQQDEVIIAVGPAFGLAQTVNIVGIPHKSILREVIAGIEEEGIKARVIRCFKSSDVAFVAVEGNRLSGSGISIGIQSKGTTVIHQQGLPPLSNLELFPQAPLLTLETYRQIGKNAARYAKRESPQPVPTLNDQMARPKYQAKSAILHIKETKYVVTGKNPQELRVAL

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella oxytoca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	571
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Diol dehydrase gamma subunit
分子量 formula_weight	15611.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.28
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

MARVSDYPLANKHPEWVKTATNKTLDDFTLENVLSNKVTAQDMRITPETLRLQASIAKDAGRDRLAMNFERAAELTAVPDDRILEIYNALRPYRSTKEELLAIADDLESRYQAKICAAFVREAATLYVERKKLKGDD

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella oxytoca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	571
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	5'-DEOXYADENOSINE
分子量 formula_weight	251.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	COBALAMIN
分子量 formula_weight	1330.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2950

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d5yrta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family family	c.1.19.3 — Diol dehydratase, alpha subunit

结构域编号 domain_id	d5yrtb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.3 — B12-dependent dehydatase associated subunit
家族 Family family	c.51.3.1 — Diol dehydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	d5yrtb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5yrtc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.23.2 — Diol dehydratase, gamma subunit
家族 Family family	a.23.2.1 — Diol dehydratase, gamma subunit

结构域编号 domain_id	d5yrtd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family family	c.1.19.3 — Diol dehydratase, alpha subunit

结构域编号 domain_id	d5yrte_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.3 — B12-dependent dehydatase associated subunit
家族 Family family	c.51.3.1 — Diol dehydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	d5yrtf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.23.2 — Diol dehydratase, gamma subunit
家族 Family family	a.23.2.1 — Diol dehydratase, gamma subunit

结构域编号 domain_id	d5yrtg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family family	c.1.19.3 — Diol dehydratase, alpha subunit

结构域编号 domain_id	d5yrth_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.3 — B12-dependent dehydatase associated subunit
家族 Family family	c.51.3.1 — Diol dehydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	d5yrti_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.23.2 — Diol dehydratase, gamma subunit
家族 Family family	a.23.2.1 — Diol dehydratase, gamma subunit

结构域编号 domain_id	d5yrtj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family family	c.1.19.3 — Diol dehydratase, alpha subunit

结构域编号 domain_id	d5yrtk1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.3 — B12-dependent dehydatase associated subunit
家族 Family family	c.51.3.1 — Diol dehydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	d5yrtk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5yrtl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.23.2 — Diol dehydratase, gamma subunit
家族 Family family	a.23.2.1 — Diol dehydratase, gamma subunit

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5yrtA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Diol/glycerol dehydratase, large subunit

结构域编号 domain_id	5yrtB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10150 — B12-dependent dehydatase associated subunit

结构域编号 domain_id	5yrtC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1510 — Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit

结构域编号 domain_id	5yrtD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Diol/glycerol dehydratase, large subunit

结构域编号 domain_id	5yrtE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10150 — B12-dependent dehydatase associated subunit

结构域编号 domain_id	5yrtF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1510 — Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit

结构域编号 domain_id	5yrtG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Diol/glycerol dehydratase, large subunit

结构域编号 domain_id	5yrtH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10150 — B12-dependent dehydatase associated subunit

结构域编号 domain_id	5yrtI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1510 — Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit

结构域编号 domain_id	5yrtJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Diol/glycerol dehydratase, large subunit

结构域编号 domain_id	5yrtK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10150 — B12-dependent dehydatase associated subunit

结构域编号 domain_id	5yrtL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1510 — Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit

▶

晶胞边长 a length_a	72.687 Å
晶胞边长 b length_b	95.459 Å
晶胞边长 c length_c	114.567 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	80.78 °
晶胞夹角 β angle_beta	87.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	81.10 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	47.000 Å
R 因子 r_factor	0.1498
R_work r_work	0.1495
R_free r_free	0.1867

Diol dehydratase, AdoCbl/substrate-free, anaerobically-prepared crystal

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diol dehydrase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Diol dehydrase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Diol dehydrase gamma subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5yrt__assembly_1__model_1

5yrt__assembly_1__model_1 | I(q)

5yrt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)