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5ysk

SdeA mART-C domain EE/AA apo

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA

Legionella pneumophila subsp. pneumophila

UniProt Q5ZTK4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 756–905 突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris 分辨率 2.40 Å R-free 0.261
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 756–905 突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris 分辨率 2.40 Å R-free 0.261
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 756–905 突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris 分辨率 2.40 Å R-free 0.261
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 756–905 突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris 分辨率 2.40 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5YSK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 756–905（150 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
分辨率 2.06 Å R-free 0.269
5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 756–905（150 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
分辨率 2.06 Å R-free 0.269
5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 756–905（150 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
分辨率 2.06 Å R-free 0.269
5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 756–905（150 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
分辨率 2.06 Å R-free 0.269
6G0C Crystal structure of SdeA catalytic core 提交 2018-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 213–907（695 aa）
未记录 1PS 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；100mM Bis Tris Propane pH 7.0-8.0, 0.1-0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 20-30% PEG 3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
6WTG SdeA DUB Domain in complex with Ubiquitin 提交 2020-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–193（193 aa）
突变：C118A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1 M bicine pH 9.0, 65% (v/v) MPD
分辨率 2.63 Å R-free 0.243
7MIR Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 231–1190（960 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7PPO Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in pre-glutamylation state 提交 2021-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 231–1190（960 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
7PQE Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in post-catalysis state 提交 2021-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 231–1190（960 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9R3T C-terminal domain of SdeA Legionella effector 提交 2025-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1158–1499（342 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium/ potassium phosphate pH-7.5, 50% PEG 200
分辨率 1.98 Å R-free 0.250
9R3T C-terminal domain of SdeA Legionella effector 提交 2025-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1158–1499（342 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium/ potassium phosphate pH-7.5, 50% PEG 200
分辨率 1.98 Å R-free 0.250

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDEA_LEGPH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–152； UniProt 756–905 作者链 B； PDB构建体 3–152； UniProt 756–905 作者链 C； PDB构建体 3–152； UniProt 756–905 作者链 D； PDB构建体 3–152； UniProt 756–905

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ysk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ysk
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ysk
沉积日期 deposition_date2017-11-14
结构标题 titleSdeA mART-C domain EE/AA apo
关键词 keywordsE3 ligase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.71 Å
零角强度 I(0) i061967500.00
分子量 molecular_weight61721.0 kDa
排除体积 excluded_volume77269 ų
包络体积 envelope_volume95529 ų
水化壳体积 shell_volume30050 ų
包络直径 envelope_diameter88.9 Å
壳层 Rg shell_rg34.11 Å
包络 Rg envelope_rg26.44 Å
形状 Rg shape_rg26.72 Å
总 Rg total_rg27.47 Å
总原子数 total_atoms8451
残基数 n_residues538
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.9 Å
Rg (实空间) rg_real27.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61970000.0000
解质量估计 total_estimate0.9005
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.3 Å
偏度 Skewness skewness0.313
峰度 Kurtosis kurtosis-0.491
角度范围 angular_range— – 0.2850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6653000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.840
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)