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5yu7

CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.4 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exportin-5

Homo sapiens

UniProt Q9HAV4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1204 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；PEG3350, Tacsimate, MPD, MgCl2, DTT 分辨率 3.30 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5YU7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3A6P Crystal structure of Exportin-5:RanGTP:pre-miRNA complex 提交 2009-09-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1204（1204 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.92 Å R-free 0.312
3A6P Crystal structure of Exportin-5:RanGTP:pre-miRNA complex 提交 2009-09-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 1–1204（1204 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.92 Å R-free 0.312
5YU6 CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX 提交 2017-11-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1204（1204 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DTT, MgCl2, spermine tetrahydrochloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.269
5YU6 CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX 提交 2017-11-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–1204（1204 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DTT, MgCl2, spermine tetrahydrochloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.269

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPO5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1204； UniProt 1–1204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5yu7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5yu7
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5yu7
沉积日期 deposition_date2017-11-20
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5
关键词 keywordsRNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.77 Å
零角强度 I(0) i0240002000.00
分子量 molecular_weight127530.0 kDa
排除体积 excluded_volume160940 ų
包络体积 envelope_volume226470 ų
水化壳体积 shell_volume52026 ų
包络直径 envelope_diameter115.2 Å
壳层 Rg shell_rg43.35 Å
包络 Rg envelope_rg34.60 Å
形状 Rg shape_rg35.77 Å
总 Rg total_rg36.34 Å
总原子数 total_atoms8937
残基数 n_residues1118
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.4 Å
Rg (实空间) rg_real36.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real2.4000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal240000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9075
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.9 Å
偏度 Skewness skewness0.147
峰度 Kurtosis kurtosis-0.571
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35880000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.957
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5yu7A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)