SAXSdb — 5yvy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

Dengue virus 4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1393–1439	未记录	Genome polyprotein × 1 （F8TEL4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.4, 10% PEG 6000	分辨率 3.20 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F8J1V3_9FLAV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–47； UniProt 1393–1439

Genome polyprotein

Dengue virus 4

UniProt F8TEL4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1475–2092	突变：L30S,F31S	Genome polyprotein × 1 （F8J1V3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.4, 10% PEG 6000	分辨率 3.20 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5YVY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5YVJ Crystal structure of full length NS2B47-NS3 (gD4NS2BNS3) from Dengue virus 4 in open conformation 提交 2017-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1475–2092（618 aa）片段：UNP residues 1475-2092	突变：S135A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；0.1M MES pH7.5, 15% PEG 6000	分辨率 2.51 Å R-free 0.246
5YVU Crystal structures of unlinked full length NS3 from Dengue virus provide insights into dynamics of protease domain 提交 2017-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1393–1439（47 aa）片段：UNP residues 1393-1439 链 B 1475–2092（618 aa）片段：UNP residues 1475-2092	突变：S135A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES pH 6.4, 12% PEG6000	分辨率 2.49 Å R-free 0.266
5YVV Crystal structure of full length NS3 protein (gD4NS2BNS3) from DENV4 in closed conformation 提交 2017-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1393–1439（47 aa）片段：UNP residues 1393-1439 链 B 1494–2092（599 aa）片段：UNP residues 1494-2092	突变：L30S,F31S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES pH 6.5, 12% PEG6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.279
5YVW Crystal structure of full length NS3 protein (eD4NS2BNS3) from DENV4 in closed conformation 提交 2017-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1393–1439（47 aa）链 B 1494–2092（599 aa）	突变：S135A	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.251
5YW1 Crystal structure of full length NS3 protein (eD4NS2BNS3) in complex with Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor 提交 2017-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1475–2092（618 aa）片段：UNP residues 1475-2092	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES pH 6.0, 12% PEG4000	分辨率 2.60 Å R-free 0.240

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F8TEL4_9FLAV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–618； UniProt 1475–2092

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5yvy
沉积日期 deposition_date	2017-11-27
结构标题 title	Crystal structure of unlinked full length NS3 protein (eD4NS2BNS3) from DENV4 in closed conformation
关键词 keywords	SERINE PROTEASE, NON-STRUCTURAL PROTEIN 3, DEAH HELICASE, ATPASE, DENGUE VIRUS, FLAVIVIRUS, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.35 Å
零角强度 I(0) i0	74084100.00
分子量 molecular_weight	66482.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82719 Å³
包络体积 envelope_volume	109560 Å³
水化壳体积 shell_volume	32576 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.98 Å
包络 Rg envelope_rg	29.61 Å
形状 Rg shape_rg	29.37 Å
总 Rg total_rg	29.83 Å
总原子数 total_atoms	4687
残基数 n_residues	618
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.1 Å
Rg (实空间) rg_real	30.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	74080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8532
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.529
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.136
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	35350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.842

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	5816.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4687

ADLSLEKAANVQWDEMADITGSSPIIEVKQDEDGSFSIRDVEETNMIVKTQR

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11070
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	69431.1 kDa
突变 mutation	L30S,F31S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SGALWDVPSPAATQKATLSEGVYRIMQRGSSGKTQVGVGIHMEGVFHTMWHVTRGSVICHETGRLEPSWADVRNDMISYGGGWRLGDKWDKEEDVQVLAIEPGKNPKHVQTKPGLFKTLTGEIGAVTLDFKPGTSGSPIINKKGKVIGLYGNGVVTKSGDYVSAITQAERIGEPDYEVDEDIFRKKRLTIMDLHPGAGKTKRILPSIVREALKRRLRTLILAPTRVVAAEMEEALRGLPIRYQTPAVKSEHTGREIVDLMCHATFTTRLLSSTRVPNYNLIVMDEAHFTDPCSVAARGYISTRVEMGEAAAIFMTATPPGSIDPFPQSNSPIEDIEREIPERSWNTGFDWITDYQGKTVWFVPSIKAGNDIANCLRKSGKKVIQLSRKTFDTEYPKTKLTDWDFVVTTDISEMGANFRAGRVIDPRRCLKPVILTDGPERVILAGPIPVTPASAAQRRGRIGRNPAQEDDQYVFSGDPLKNDEDHAHWTEAKMLLDNIYTPEGIIPTLFGPEREKTQAIDGEFRLRGEQRKTFVELMRRGDLPVWLSYKVASAGISYKDREWCFTGERNNQILEENMEVEIWTREGEKKKLRPKWLDARVYADPMALKDFKEFASGRK

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11070
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.900 Å
晶胞边长 b length_b	88.770 Å
晶胞边长 c length_c	81.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	42.966 Å
R 因子 r_factor	0.2081
R_work r_work	0.2054
R_free r_free	0.2570

fit	/app/data/saxs_computation/yv/5yvy/5yvy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/5yvy/5yvy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/5yvy/5yvy.dat

Crystal structure of unlinked full length NS3 protein (eD4NS2BNS3) from DENV4 in closed conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Genome polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)