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5yz0

Cryo-EM Structure of human ATR-ATRIP complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 211.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase ATR

Homo sapiens

UniProt Q13535

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–2644 链 B； UniProt 1–2644 未记录 ATR-interacting protein × 2 （Q8WXE1） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5YZ0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
23FC Cryo-EM structure of human ATR-ATRIP complex with ATPgammaS and Chk1 提交 2026-02-04 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–2644（2644 aa）
链 B 1–2644（2644 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9L40 kinase of ATR bound VE-822 state 提交 2024-12-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–2644（2644 aa）
链 B 1–2644（2644 aa）
未记录 A1EIE VE-822 × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
9L43 ATR Spiral -ATRIP bound with VE-822 提交 2024-12-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–2644（2644 aa）
链 B 1–2644（2644 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
9L45 ATR-ATRIP bound with VE-822 提交 2024-12-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–2644（2644 aa）
链 B 1–2644（2644 aa）
未记录 A1EIE VE-822 × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
9L46 ATR-ATRIP-bound with AMP-PNP 提交 2024-12-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–2644（2644 aa）
链 B 1–2644（2644 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.29 Å
9L4B Kinase domain of ATR bound with RP-3500 提交 2024-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–2644（2644 aa）
链 B 1–2644（2644 aa）
未记录 A1EIK Camonsertib × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9L4C ATR Spiral -ATRIP bound with RP-3500 提交 2024-12-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–2644（2644 aa）
链 B 1–2644（2644 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.06 Å
9L4D ATR-ATRIP bound with RP-3500 提交 2024-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 8–2644（2637 aa）
链 B 8–2644（2637 aa）
未记录 A1EIK Camonsertib × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
9L4F ATR-ATRIP bound with ATPgammaS 提交 2024-12-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–2644（2644 aa）
链 B 1–2644（2644 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.22 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–2644； UniProt 1–2644 作者链 B； PDB构建体 1–2644； UniProt 1–2644

ATR-interacting protein

Homo sapiens

UniProt Q8WXE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–791 链 D； UniProt 1–791 未记录 Serine/threonine-protein kinase ATR × 2 （Q13535） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5YZ0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
23FC Cryo-EM structure of human ATR-ATRIP complex with ATPgammaS and Chk1 提交 2026-02-04 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–791（791 aa）
链 D 1–791（791 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
4IGK Structure of human BRCA1 BRCT in complex with ATRIP peptide 提交 2012-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 237–243（7 aa） 片段：UNP residues 237-243
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 8% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.204
4IGK Structure of human BRCA1 BRCT in complex with ATRIP peptide 提交 2012-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 237–243（7 aa） 片段：UNP residues 237-243
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 8% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.204
7XV4 Crystal structure of RPA70N-ATRIP fusion 提交 2022-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 53–69（17 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；2400 mM ammonium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
9L43 ATR Spiral -ATRIP bound with VE-822 提交 2024-12-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–791（791 aa）
链 D 1–791（791 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
9L45 ATR-ATRIP bound with VE-822 提交 2024-12-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–791（791 aa）
链 D 1–791（791 aa）
未记录 A1EIE VE-822 × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
9L46 ATR-ATRIP-bound with AMP-PNP 提交 2024-12-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–791（791 aa）
链 D 1–791（791 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.29 Å
9L4C ATR Spiral -ATRIP bound with RP-3500 提交 2024-12-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–791（791 aa）
链 D 1–791（791 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.06 Å
9L4D ATR-ATRIP bound with RP-3500 提交 2024-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 301–791（491 aa）
链 D 301–791（491 aa）
未记录 A1EIK Camonsertib × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
9L4F ATR-ATRIP bound with ATPgammaS 提交 2024-12-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–791（791 aa）
链 D 1–791（791 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.22 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATRIP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–791； UniProt 1–791 作者链 D； PDB构建体 1–791； UniProt 1–791

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5yz0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5yz0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5yz0
沉积日期 deposition_date2017-12-11
结构标题 titleCryo-EM Structure of human ATR-ATRIP complex
关键词 keywordscryo-EM, ATR-ATRIP, DNA damnage response, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier65.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron64.37 Å
零角强度 I(0) i03757730000.00
分子量 molecular_weight471120.0 kDa
排除体积 excluded_volume568830 ų
包络体积 envelope_volume1105200 ų
水化壳体积 shell_volume139300 ų
包络直径 envelope_diameter197.5 Å
壳层 Rg shell_rg68.24 Å
包络 Rg envelope_rg62.56 Å
形状 Rg shape_rg64.50 Å
总 Rg total_rg64.05 Å
总原子数 total_atoms33371
残基数 n_residues5404
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax211.7 Å
Rg (实空间) rg_real65.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal65.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3761000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8825
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary70.6 Å
偏度 Skewness skewness0.081
峰度 Kurtosis kurtosis-0.732
角度范围 angular_range— – 0.1200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha309600000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.707
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)