5zis

Crystal structure of Mn-ProtoporphyrinIX-reconstituted P450BM3

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

Bacillus megaterium (strain ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512)

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–456 链 B; UniProt 2–456 链 C; UniProt 2–456 链 D; UniProt 2–456 未记录 MNH MANGANESE PROTOPORPHYRIN IX × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;297 K;0.1 M magnesium chloride, 12% PEG 3350, 0.1 M MES buffer (pH 6.0) 分辨率 3.10 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、311 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACMB
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–455; UniProt 2–456 作者链 B; PDB构建体 1–455; UniProt 2–456 作者链 C; PDB构建体 1–455; UniProt 2–456 作者链 D; PDB构建体 1–455; UniProt 2–456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5zis

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5zis
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5zis
沉积日期 deposition_date2018-03-17
结构标题 titleCrystal structure of Mn-ProtoporphyrinIX-reconstituted P450BM3
关键词 keywordsCytochrome P450, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.07
零角强度 I(0) i0625907000.00
分子量 molecular_weight208870.0 kDa
排除体积 excluded_volume262770 ų
包络体积 envelope_volume334400 ų
水化壳体积 shell_volume68916 ų
包络直径 envelope_diameter135.1
壳层 Rg shell_rg46.77
包络 Rg envelope_rg38.50
形状 Rg shape_rg39.06
总 Rg total_rg39.49
总原子数 total_atoms14722
残基数 n_residues1804
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.0
Rg (实空间) rg_real39.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real6.2590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.9500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal626000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8951
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.6
偏度 Skewness skewness0.177
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha201400000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.901

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5zisa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5zisb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5zisc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5zisd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5zisA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5zisB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5zisC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5zisD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)