5zop

Crystal structure of histone deacetylase 4 (HDAC4) in complex with a SMRT corepressor SP2 fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.4 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone deacetylase 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 652–1050	片段：UNP residues 652-1050 突变：H976Y	SMRT corepressor SP2 fragment × 1 K POTASSIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7.5；295 K；PEG 3350, iso-propanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5ZOP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2H8N Structure of a glutamine-rich domain from histone deacetylase 4 提交 2006-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 62–153（92 aa）片段：N-terminal glutamine-rich Domain, residues 62-129 链 B 62–153（92 aa）片段：N-terminal glutamine-rich Domain, residues 62-129 链 C 62–153（92 aa）片段：N-terminal glutamine-rich Domain, residues 62-129 链 D 62–153（92 aa）片段：N-terminal glutamine-rich Domain, residues 62-129	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；0.825M LITHIUM SULFATE, 55mM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 7.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.307
2O94 The 97H/F mutant Structure of a glutamine-rich domain from histone deacetylase 4 提交 2006-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 62–153（92 aa）片段：N-terminal glutamine-rich domain, residues 62-129 链 B 62–153（92 aa）片段：N-terminal glutamine-rich domain, residues 62-129 链 C 62–153（92 aa）片段：N-terminal glutamine-rich domain, residues 62-129 链 D 62–153（92 aa）片段：N-terminal glutamine-rich domain, residues 62-129	突变：H97F 突变：H97F 突变：H97F 突变：H97F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.540M LITHIUM SULFATE 55mM HEPES PH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.327
2VQJ Structure of HDAC4 catalytic domain bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 648–1057（410 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 K POTASSIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE 1MM DTT	分辨率 2.10 Å R-free 0.276
2VQM Structure of HDAC4 catalytic domain bound to a hydroxamic acid inhbitor 提交 2008-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 648–1057（410 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057	未记录	K POTASSIUM ION × 2 HA3 N-hydroxy-5-[(3-phenyl-5,6-dihydroimidazo[1,2-a]pyrazin-7(8H)-yl)carbonyl]thiophene-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；1.5M AMMONIUM SULPHATE 0.1M MES PH 6.4 10% DIOXANE 1MM DTT	分辨率 1.80 Å R-free 0.256
2VQO Structure of HDAC4 catalytic domain with a gain-of-function muation bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 648–1057（410 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE, 1MM DTT	分辨率 2.15 Å R-free 0.250
2VQO Structure of HDAC4 catalytic domain with a gain-of-function muation bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 648–1057（410 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE, 1MM DTT	分辨率 2.15 Å R-free 0.250
2VQQ Structure of HDAC4 catalytic domain (a double cysteine-to-alanine mutant) bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 648–1057（410 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE 1MM DTT	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
2VQQ Structure of HDAC4 catalytic domain (a double cysteine-to-alanine mutant) bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 648–1057（410 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE 1MM DTT	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
2VQV Structure of HDAC4 catalytic domain with a gain-of-function mutation bound to a hydroxamic acid inhibitor 提交 2008-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 648–1057（410 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 HA3 N-hydroxy-5-[(3-phenyl-5,6-dihydroimidazo[1,2-a]pyrazin-7(8H)-yl)carbonyl]thiophene-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES PH 6.5, 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 10% DIOXANE 1MM DTT	分辨率 3.30 Å R-free 0.265
2VQV Structure of HDAC4 catalytic domain with a gain-of-function mutation bound to a hydroxamic acid inhibitor 提交 2008-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 648–1057（410 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 HA3 N-hydroxy-5-[(3-phenyl-5,6-dihydroimidazo[1,2-a]pyrazin-7(8H)-yl)carbonyl]thiophene-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES PH 6.5, 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 10% DIOXANE 1MM DTT	分辨率 3.30 Å R-free 0.265
2VQW Structure of inhibitor-free HDAC4 catalytic domain (with gain-of- function mutation His332Tyr) 提交 2008-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 648–1057（410 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057	突变：YES	K POTASSIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M HEPES PH 7.5, 18% PEG 10000, 1MM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.261
3UXG Crystal structure of RFXANK 提交 2011-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 343–359（17 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；25% PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.222
3UXG Crystal structure of RFXANK 提交 2011-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 343–359（17 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；25% PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.222
3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 343–359（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NO3 NITRATE ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.230
3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 343–359（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NO3 NITRATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.230
3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 343–359（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NO3 NITRATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.230
3V31 Crystal Structure of the Peptide Bound Complex of the Ankyrin Repeat Domains of Human ANKRA2 提交 2011-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 343–359（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2M NaCl, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.57 Å R-free 0.204
4CBT Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 648–1033（386 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033	未记录	9F4 (1R,2R,3R)-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M BISTRIS PH 6.5, 22% PEG MME 5000	分辨率 3.03 Å R-free 0.273
4CBT Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 648–1033（386 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033	未记录	9F4 (1R,2R,3R)-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M BISTRIS PH 6.5, 22% PEG MME 5000	分辨率 3.03 Å R-free 0.273
4CBT Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 648–1033（386 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033	未记录	9F4 (1R,2R,3R)-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M BISTRIS PH 6.5, 22% PEG MME 5000	分辨率 3.03 Å R-free 0.273
4CBY Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 648–1033（386 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033	突变：YES	KEE (1R,2R,3R)-2-[4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；18-24% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NACL AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.72 Å R-free 0.246
4CBY Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 648–1033（386 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033	突变：YES	KEE (1R,2R,3R)-2-[4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；18-24% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NACL AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.72 Å R-free 0.246
4CBY Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 648–1033（386 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033	突变：YES	KEE (1R,2R,3R)-2-[4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；18-24% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NACL AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.72 Å R-free 0.246
4CBY Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 648–1033（386 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033	突变：YES	KEE (1R,2R,3R)-2-[4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；18-24% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NACL AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.72 Å R-free 0.246
5A2S Potent, selective and CNS-penetrant tetrasubstituted cyclopropane class IIa histone deacetylase (HDAC) inhibitors 提交 2015-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 648–1033（386 aa）片段：HISTONE DEACETYLASE DOMAIN, RESIDUES 648-1033	突变：YES	OTF (1S,2S,3S)-1-fluoranyl-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 24% W/V PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 10 MM PROLINE	分辨率 2.65 Å R-free 0.256
5A2S Potent, selective and CNS-penetrant tetrasubstituted cyclopropane class IIa histone deacetylase (HDAC) inhibitors 提交 2015-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 648–1033（386 aa）片段：HISTONE DEACETYLASE DOMAIN, RESIDUES 648-1033	突变：YES	OTF (1S,2S,3S)-1-fluoranyl-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 24% W/V PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 10 MM PROLINE	分辨率 2.65 Å R-free 0.256
5ZOO Crystal structure of histone deacetylase 4 (HDAC4) in complex with a SMRT corepressor SP1 fragment 提交 2018-04-13	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 652–1053（402 aa）片段：UNP residues 652-1052	突变：H976Y	K POTASSIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；295 K；PEG 3350, iso-propanol	分辨率 1.85 Å R-free 0.175
6FYZ Development and characterization of a CNS-penetrant benzhydryl hydroxamic acid class IIa histone deacetylase inhibitor 提交 2018-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 648–1033（386 aa）	未记录	EBE (2~{S})-2-(2-fluorophenyl)-2-[4-(2-methylpyrimidin-5-yl)phenyl]-~{N}-oxidanyl-ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M BisTris, 18 to 24% PEG MME 5000	分辨率 2.15 Å R-free 0.228
6FYZ Development and characterization of a CNS-penetrant benzhydryl hydroxamic acid class IIa histone deacetylase inhibitor 提交 2018-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 648–1033（386 aa）	未记录	EBE (2~{S})-2-(2-fluorophenyl)-2-[4-(2-methylpyrimidin-5-yl)phenyl]-~{N}-oxidanyl-ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M BisTris, 18 to 24% PEG MME 5000	分辨率 2.15 Å R-free 0.228
6FYZ Development and characterization of a CNS-penetrant benzhydryl hydroxamic acid class IIa histone deacetylase inhibitor 提交 2018-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 648–1033（386 aa）	未记录	EBE (2~{S})-2-(2-fluorophenyl)-2-[4-(2-methylpyrimidin-5-yl)phenyl]-~{N}-oxidanyl-ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M BisTris, 18 to 24% PEG MME 5000	分辨率 2.15 Å R-free 0.228
7XUZ Crystal structure of a HDAC4-MEF2A-DNA ternary complex 提交 2022-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 62–192（131 aa）链 B 62–192（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0 mM HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 3% (v/v) PEG 4000	分辨率 3.59 Å R-free 0.298

共 17 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HDAC4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–399； UniProt 652–1050

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5zop
沉积日期 deposition_date	2018-04-13
结构标题 title	Crystal structure of histone deacetylase 4 (HDAC4) in complex with a SMRT corepressor SP2 fragment
关键词 keywords	protein-peptide complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.69 Å
零角强度 I(0) i0	31664300.00
分子量 molecular_weight	42645.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52953 Å³
包络体积 envelope_volume	59551 Å³
水化壳体积 shell_volume	24293 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.5 Å
壳层 Rg shell_rg	27.21 Å
包络 Rg envelope_rg	20.06 Å
形状 Rg shape_rg	19.66 Å
总 Rg total_rg	20.65 Å
总原子数 total_atoms	2983
残基数 n_residues	395
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.4 Å
Rg (实空间) rg_real	20.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8738
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8226000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.984

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone deacetylase 4
分子量 formula_weight	42998.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.98
突变 mutation	H976Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	3101

FTTGLVYDTLMLKHQCTCGSSSSHPEHAGRIQSIWSRLQETGLRGKCECIRGRKATLEELQTVHSEAHTLLYGTNPLNRQKLDSKKLLGSLASVFVRLPCGGVGVDSDTIWNEVHSAGAARLAVGCVVELVFKVATGELKNGFAVVRPPGHHAEESTPMGFCYFNSVAVAAKLLQQRLSVSKILIVDWDVHHGNGTQQAFYSDPSVLYMSLHRYDDGNFFPGSGAPDEVGTGPGVGFNVNMAFTGGLDPPMGDAEYLAAFRTVVMPIASEFAPDVVLVSSGFDAVEGHPTPLGGYNLSARCFGYLTKQLMGLAGGRIVLALEGGYDLTAICDASEACVSALLGNELDPLPEKVLQQRPNANAVRSMEKVMEIHSKYWRCLQRTTSTAGRSLIEAQTCEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SMRT corepressor SP2 fragment
分子量 formula_weight	1294.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EGSITQGTPLKY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	118

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5zopG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Histone deacetylase domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	131.998 Å
晶胞边长 b length_b	131.998 Å
晶胞边长 c length_c	67.786 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.698 Å
最低分辨率 resolution_low	36.435 Å
R 因子 r_factor	0.2171
R_work r_work	0.2161
R_free r_free	0.2354

fit	/app/data/saxs_computation/zo/5zop/5zop.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zo/5zop/5zop.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zo/5zop/5zop.dat

Crystal structure of histone deacetylase 4 (HDAC4) in complex with a SMRT corepressor SP2 fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone deacetylase 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)