6a3v

Complex structure of human 4-1BB and 4-1BBL

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 × 1 （Q07011） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNFL9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 C； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 E； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 G； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 I； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 K； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 M； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 O； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 Q； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 S； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 U； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254 作者链 W； PDB构建体 1–197； UniProt 58–254

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

Homo sapiens

UniProt Q07011

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 × 1 （P41273） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNR9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 D； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 F； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 H； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 J； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 L； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 N； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 P； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 R； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 T； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 V； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180 作者链 X； PDB构建体 1–157； UniProt 24–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6a3v
沉积日期 deposition_date	2018-06-17
结构标题 title	Complex structure of human 4-1BB and 4-1BBL
关键词 keywords	complex structure, agonist monoclonal antibody, cross-linking, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6a3v__assembly_9__model_1

Assembly 9 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6a3v__assembly_9__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6a3v__assembly_9__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.83 Å
Rg（电子密度）	25.01 Å
总 Rg	25.56 Å
原子数	1988
残基数	266
排除体积	35083 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6a3v__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6a3v__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6a3v__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6a3v__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6a3v__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6a3v__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`6a3v__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`6a3v__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`6a3v__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`6a3v__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`6a3v__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`6a3v__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
分子量 formula_weight	21517.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W
原子数 atom_count	25073

ARASPGSAASPRLREGPELSPDDPAGLLDLRQGMFAQLVAQNVLLIDGPLSWYSDPGLAGVSLTGGLSYKEDTKELVVAKAGVYYVFFQLELRRVVAGEGSGSVSLALHLQPLRSAAGAAALALTVDLPPASSEARNSAFGFQGRLLHLSAGQRLGVHLHTEARARHAWQLTQGATVLGLFRVTPEIPAGLPSPRSEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus transfer vector pFASTBAC1

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
分子量 formula_weight	17523.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X

LQDPCSNCPAGTFCDNNRNQICSPCPPNSFSSAGGQRTCDICRQCKGVFRTRKECSSTSNAECDCTPGFHCLGAGCSMCEQDCKQGQELTKKGCKDCCFGTFNDQKRGICRPWTNCSLDGKSVLVNGTKERDVVCGPSPADLSPGASSVTPPAPAREHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus transfer vector pFASTBAC1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

CATH v4.4 (23 domains)

结构域编号 domain_id	6a3vA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vP02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vT02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vU00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vV02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	6a3vW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6a3vX02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	126.091 Å
晶胞边长 b length_b	137.195 Å
晶胞边长 c length_c	140.318 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.391 Å
最低分辨率 resolution_low	44.666 Å
R 因子 r_factor	0.2650
R_work r_work	0.2635
R_free r_free	0.2930

Complex structure of human 4-1BB and 4-1BBL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6a3v__assembly_9__model_1

6a3v__assembly_9__model_1 | I(q)

6a3v__assembly_9__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

CATH v4.4 (23 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex structure of human 4-1BB and 4-1BBL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6a3v__assembly_9__model_1

6a3v__assembly_9__model_1 | I(q)

6a3v__assembly_9__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

CATH v4.4 (23 domains)

7. 引用文献 (1)