SAXSdb — 6aad

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyrrolysine--tRNA ligase

Methanosarcina mazei JCM 9314

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 6 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 N6-[({3-[3-(trifluoromethyl)-3H-diaziren-3-yl]phenyl}methoxy)carbonyl]-L-lysine × 2 POTASSIUM ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYLS_METMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–274； UniProt 185–454

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6aad
沉积日期 deposition_date	2018-07-18
结构标题 title	Crystal structure of Methanosarcina mazei PylRS(Y306A/Y384F) complexed with mTmdZLys
关键词 keywords	aminoacyl-tRNA synthetase, non-natural amino acids, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6aad__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6aad__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6aad__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.21 Å
Rg（电子密度）	24.17 Å
总 Rg	25.00 Å
原子数	4390
残基数	528
排除体积	78511 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6aad__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pyrrolysine--tRNA ligase
分子量 formula_weight	31347.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.26
突变 mutation	Y306A,Y384F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2573

GSHMASAPALTKSQTDRLEVLLNPKDEISLNSGKPFRELESELLSRRKKDLQQIYAEERENYLGKLEREITRFFVDRGFLEIKSPILIPLEYIERMGIDNDTELSKQIFRVDKNFCLRPMLAPNLANYLRKLDRALPDPIKIFEIGPCYRKESDGKEHLEEFTMLNFCQMGSGCTRENLESIITDFLNHLGIDFKIVGDSCMVFGDTLDVMHGDLELSSAVVGPIPLDREWGIDKPWIGAGFGLERLLKVKHDFKNIKRAARSGSYYNGISTNL

来源 Source

来源生物 organism	Methanosarcina mazei JCM 9314
通用名 common_name	Methanosarcina frisia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1293038
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N6-[({3-[3-(trifluoromethyl)-3H-diaziren-3-yl]phenyl}methoxy)carbonyl]-L-lysine
分子量 formula_weight	388.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	283

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6aadA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	6aadA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

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晶胞边长 a length_a	100.917 Å
晶胞边长 b length_b	43.782 Å
晶胞边长 c length_c	72.475 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.444 Å
最低分辨率 resolution_low	35.019 Å
R 因子 r_factor	0.1716
R_work r_work	0.1706
R_free r_free	0.1954

Crystal structure of Methanosarcina mazei PylRS(Y306A/Y384F) complexed with mTmdZLys

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyrrolysine--tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6aad__assembly_1__model_1

6aad__assembly_1__model_1 | I(q)

6aad__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Methanosarcina mazei PylRS(Y306A/Y384F) complexed with mTmdZLys

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyrrolysine--tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6aad__assembly_1__model_1

6aad__assembly_1__model_1 | I(q)

6aad__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)