SAXSdb — 6adg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 6-(6-chloropyridin-2-yl)-N2,N4-bis[(2R)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	6-(6-chloropyridin-2-yl)-N2,N4-bis[(2R)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IDHC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–414； UniProt 1–414 作者链 B； PDB构建体 1–414； UniProt 1–414 作者链 C； PDB构建体 1–414； UniProt 1–414

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6adg
沉积日期 deposition_date	2018-08-01
结构标题 title	Crystal Structures of IDH1 R132H in complex with AG-881
关键词 keywords	IDH1, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6adg__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6adg__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6adg__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.76 Å
Rg（电子密度）	28.92 Å
总 Rg	29.52 Å
原子数	5644
残基数	780
排除体积	98228 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6adg__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6adg__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
分子量 formula_weight	48135.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.42
突变 mutation	R132H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9612

MSKKISGGSVVEMQGDEMTRIIWELIKEKLIFPYVELDLHSYDLGIENRDATNDQVTKDAAEAIKKHNVGVKCATITPDEKRVEEFKLKQMWKSPNGTIRNILGGTVFREAIICKNIPRLVSGWVKPIIIGHHAYGDQYRATDFVVPGPGKVEITYTPSDGTQKVTYLVHNFEEGGGVAMGMYNQDKSIEDFAHSSFQMALSKGWPLYLSTKNTILKKYDGRFKDIFQEIYDKQYKSQFEAQKIWYEHRLIDDMVAQAMKSEGGFIWACKNYDGDVQSDSVAQGYGSLGMMTSVLVCPDGKTVEAEAAHGTVTRHYRMYQKGQETSTNPIASIFAWTRGLAHRAKLDNNKELAFFANALEEVSIETIEAGFMTKDLAACIKGLPNVQRSDYLNTFEFMDKLGENLKIKLAQAKLSLEHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	6-(6-chloropyridin-2-yl)-N2,N4-bis[(2R)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine
分子量 formula_weight	414.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	121

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6adga_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.1 — Dimeric isocitrate & isopropylmalate dehydrogenases

结构域编号 domain_id	d6adgb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.1 — Dimeric isocitrate & isopropylmalate dehydrogenases

结构域编号 domain_id	d6adgc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.1 — Dimeric isocitrate & isopropylmalate dehydrogenases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6adgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6adgB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6adgC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	87.965 Å
晶胞边长 b length_b	197.253 Å
晶胞边长 c length_c	85.828 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	43.015 Å
R 因子 r_factor	0.2219
R_work r_work	0.2207
R_free r_free	0.2436

Crystal Structures of IDH1 R132H in complex with AG-881

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6adg__assembly_2__model_1

6adg__assembly_2__model_1 | I(q)

6adg__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structures of IDH1 R132H in complex with AG-881

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6adg__assembly_2__model_1

6adg__assembly_2__model_1 | I(q)

6adg__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)