SAXSdb — 6akf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Claudin-3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Heat-labile enterotoxin B chain × 1 （P01558）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Heat-labile enterotoxin B chain × 1 （P01558）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Heat-labile enterotoxin B chain × 1 （P01558）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Heat-labile enterotoxin B chain × 1 （P01558）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLD3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–190； UniProt 1–183 作者链 C； PDB构建体 8–190； UniProt 1–183 作者链 E； PDB构建体 8–190； UniProt 1–183 作者链 G； PDB构建体 8–190； UniProt 1–183

Heat-labile enterotoxin B chain

Clostridium perfringens

UniProt P01558

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Claudin-3 × 1 （Q9Z0G9）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Claudin-3 × 1 （Q9Z0G9）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Claudin-3 × 1 （Q9Z0G9）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Claudin-3 × 1 （Q9Z0G9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELTB_CLOPF
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–119； UniProt 203–319 作者链 D； PDB构建体 3–119； UniProt 203–319 作者链 F； PDB构建体 3–119； UniProt 203–319 作者链 H； PDB构建体 3–119； UniProt 203–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6akf
沉积日期 deposition_date	2018-08-31
结构标题 title	Crystal structure of mouse claudin-3 P134A mutant in complex with C-terminal fragment of Clostridium perfringens enterotoxin
关键词 keywords	Cell adhesion, Tight junction, MEMBRANE PROTEIN-TOXIN complex; MEMBRANE PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6akf__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6akf__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6akf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.37 Å
Rg（电子密度）	24.36 Å
总 Rg	24.98 Å
原子数	2282
残基数	303
排除体积	41226 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6akf__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6akf__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6akf__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6akf__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Claudin-3
分子量 formula_weight	19880.5 kDa
突变 mutation	P134A,C103A, C106A, C181A, C182A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	8888

GHMASGSMSMGLEITGTSLAVLGWLCTIVCCALPMWRVSAFIGSSIITAQITWEGLWMNCVVQSTGQMQCKMYDSLLALPQDLQAARALIVVSILLAAFGLLVALVGAQATNAVQDETAKAKITIVAGVLFLLAALLTLVAVSWSANTIIRDFYNPLVPEAQKREMGAGLYVGWAAAALQLLGGALLAAS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heat-labile enterotoxin B chain
分子量 formula_weight	13329.8 kDa
突变 mutation	S313A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GSAAATERLNLTDALNSNPAGNLYDWRSSNSYPWTQKLNLHLTITATGQKYRILASKIVDFNIYSNNFNNLVKLEQSLGDGVKDHYVDISLDAGQYVLVMKANSSYSGNYPYAILFQKF

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium perfringens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6akfA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	6akfB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	6akfC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	6akfD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	6akfE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	6akfF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	6akfG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	6akfH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

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晶胞边长 a length_a	69.540 Å
晶胞边长 b length_b	127.450 Å
晶胞边长 c length_c	165.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.900 Å
最低分辨率 resolution_low	46.660 Å
R 因子 r_factor	0.2758
R_work r_work	0.2737
R_free r_free	0.3120

Crystal structure of mouse claudin-3 P134A mutant in complex with C-terminal fragment of Clostridium perfringens enterotoxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Claudin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Heat-labile enterotoxin B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6akf__assembly_2__model_1

6akf__assembly_2__model_1 | I(q)

6akf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of mouse claudin-3 P134A mutant in complex with C-terminal fragment of Clostridium perfringens enterotoxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Claudin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Heat-labile enterotoxin B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6akf__assembly_2__model_1

6akf__assembly_2__model_1 | I(q)

6akf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)