6alz

Crystal structure of Protein Phosphatase 1 bound to the natural inhibitor Tautomycetin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–300 片段:residues 7-300 MN MANGANESE (II) ION × 2 BKM (2Z)-2-[(1R)-3-{[(2R,3S,4R,7S,8S,11S,13R,16E)-17-ethyl-4,8-dihydroxy-3,7,11,13-tetramethyl-6,15-dioxononadeca-16,18-dien-2-yl]oxy}-1-hydroxy-3-oxopropyl]-3-methylbut-2-enedioic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;20% PEG 6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0 分辨率 2.21 Å R-free 0.216
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 7–300 片段:residues 7-300 MN MANGANESE (II) ION × 2 BKM (2Z)-2-[(1R)-3-{[(2R,3S,4R,7S,8S,11S,13R,16E)-17-ethyl-4,8-dihydroxy-3,7,11,13-tetramethyl-6,15-dioxononadeca-16,18-dien-2-yl]oxy}-1-hydroxy-3-oxopropyl]-3-methylbut-2-enedioic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;20% PEG 6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0 分辨率 2.21 Å R-free 0.216
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–300 链 B; UniProt 7–300 片段:residues 7-300 MN MANGANESE (II) ION × 4 BKM (2Z)-2-[(1R)-3-{[(2R,3S,4R,7S,8S,11S,13R,16E)-17-ethyl-4,8-dihydroxy-3,7,11,13-tetramethyl-6,15-dioxononadeca-16,18-dien-2-yl]oxy}-1-hydroxy-3-oxopropyl]-3-methylbut-2-enedioic acid × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;20% PEG 6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0 分辨率 2.21 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、86 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–299; UniProt 7–300 作者链 B; PDB构建体 6–299; UniProt 7–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6alz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6alz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6alz
沉积日期 deposition_date2017-08-08
结构标题 titleCrystal structure of Protein Phosphatase 1 bound to the natural inhibitor Tautomycetin
关键词 keywordsInhibitor, complex, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.75
零角强度 I(0) i072997800.00
分子量 molecular_weight68007.0 kDa
排除体积 excluded_volume85400 ų
包络体积 envelope_volume98698 ų
水化壳体积 shell_volume30961 ų
包络直径 envelope_diameter92.1
壳层 Rg shell_rg33.91
包络 Rg envelope_rg26.75
形状 Rg shape_rg26.73
总 Rg total_rg27.54
总原子数 total_atoms4764
残基数 n_residues587
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.5
Rg (实空间) rg_real27.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real7.3000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal73000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8964
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary86.0
偏度 Skewness skewness0.348
峰度 Kurtosis kurtosis-0.534
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29640000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.973

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd6alza_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd6alzb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd6alzb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6alzA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id6alzB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)