6ap1

Vps4p-Vta1p complex with peptide binding to the central pore of Vps4p

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 4,Protein hcp1

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 19	ACE-ASP-GLU-ILE-VAL-ASN-LYS-VAL-LEU-NH2 × 1 Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 × 12 （Q06263） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–338； UniProt 101–437 作者链 B； PDB构建体 2–338； UniProt 101–437 作者链 C； PDB构建体 2–338； UniProt 101–437 作者链 D； PDB构建体 2–338； UniProt 101–437 作者链 E； PDB构建体 2–338； UniProt 101–437 作者链 F； PDB构建体 2–338； UniProt 101–437

Vacuolar protein sorting-associated protein 4,Protein hcp1

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

UniProt Q9I747

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 19	ACE-ASP-GLU-ILE-VAL-ASN-LYS-VAL-LEU-NH2 × 1 Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 × 12 （Q06263） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HCP1_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 357–518； UniProt 1–162 作者链 B； PDB构建体 357–518； UniProt 1–162 作者链 C； PDB构建体 357–518； UniProt 1–162 作者链 D； PDB构建体 357–518； UniProt 1–162 作者链 E； PDB构建体 357–518； UniProt 1–162 作者链 F； PDB构建体 357–518； UniProt 1–162

Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q06263

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 19	Vacuolar protein sorting-associated protein 4,Protein hcp1 × 6 （P52917,Q9I747） ACE-ASP-GLU-ILE-VAL-ASN-LYS-VAL-LEU-NH2 × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VTA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 I； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 J； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 K； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 L； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 M； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 N； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 O； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 P； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 Q； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 R； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 S； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ap1
沉积日期 deposition_date	2017-08-16
结构标题 title	Vps4p-Vta1p complex with peptide binding to the central pore of Vps4p
关键词 keywords	Vps4, ESCRT, Vta1, AAA ATPase, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ap1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ap1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ap1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.37 Å
Rg（电子密度）	49.19 Å
总 Rg	49.44 Å
原子数	18838
残基数	2404
排除体积	336630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ap1__assembly_1__model_1`	nonadecameric （19）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 4,Protein hcp1
分子量 formula_weight	55768.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18838

GQEEGEDNGGEDNKKLRGALSSAILSEKPNVKWEDVAGLEGAKEALKEAVILPVKFPHLFKGNRKPTSGILLYGPPGTGKSYLAKAVATEANSTFFSVSSSDLVSKWMGESEKLVKQLFAMARENKPSIIFIDEVDALTGTRGEGESEASRRIKTELLVQMNGVGNDSQGVLVLGATNIPWQLDSAIRRRFERRIYIPLPDLAARTTMFEINVGDTPCVLTKEDYRTLGAMTEGYSGSDIAVVVKDALMQPIRKIQSATHFKDVSTEDDETRKLTPCSPGDDGAIEMSWTDIEADELKEPDLTIKDFLKAIKSTRPTVNEDDLLKQEQFTRDFGQEGNGGGGSGGGGSGGGGSGGGMAVDMFIKIGDVKGESKDKTHAEEIDVLAWSWGMSQSGSMHMGGGGGAGKVNVQDLSFTKYIDKSTPNLMMACSSGKHYPQAKLTIRKAGGENQVEYLIITLKEVLVSSVSTGGSGGEDRLTENVTLNFAQVQVDYQPQKADGAKDGGPVKYGWNIRQNVQAG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ACE-ASP-GLU-ILE-VAL-ASN-LYS-VAL-LEU-NH2
分子量 formula_weight	954.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

XDEIVNKVLX

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
分子量 formula_weight	37359.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S

MASNAARVVATAKDFDKVGLGIIGYYLQLYAVELILSEEDRSQEMTALATELLDTIEAFKKEIGGESEAEDSDKSLHVMNTLIHDQEKAKIYMLNFTMSLYNEKLKQLKDGPWDVMLKRSLWCCIDLFSCILHLWKENISETSTNSLQKRIKYCKIYLSKLAKGEIGSSDEKTLDYADFADDSEEIKDEDVDHQTSDLENNNNDKVEGLAPKDQTTSYEPVDEVPEFIDDADSVNEEEQTVDKNEDAITKDEQQVVKKEVDLTRPSAPSEPAAAEHKSYTKDELTKIMDRASKIEQIQKLAKYAISALNYEDLPTAKDELTKALDLLNSI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	6ap1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6ap1A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6ap1B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6ap1B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6ap1C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6ap1C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6ap1D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6ap1D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6ap1E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6ap1E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6ap1F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6ap1F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6ap1H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1I00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1M00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1N00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1O00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1P00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1Q00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1R00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6ap1S00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	82225

Vps4p-Vta1p complex with peptide binding to the central pore of Vps4p

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 4,Protein hcp1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vacuolar protein sorting-associated protein 4,Protein hcp1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ap1__assembly_1__model_1

6ap1__assembly_1__model_1 | I(q)

6ap1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Vps4p-Vta1p complex with peptide binding to the central pore of Vps4p

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 4,Protein hcp1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar protein sorting-associated protein 4,Protein hcp1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ap1__assembly_1__model_1

6ap1__assembly_1__model_1 | I(q)

6ap1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)