SAXSdb — 6atk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminopeptidase N

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 66–967	片段：UNP residues 68-967	Spike glycoprotein × 1 （P15423） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 66–967	片段：UNP residues 68-967	Spike glycoprotein × 1 （P15423） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
3	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 66–967	片段：UNP residues 68-967	Spike glycoprotein × 1 （P15423） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ATK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4FYQ Human aminopeptidase N (CD13) 提交 2012-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：UNP residues 66-967	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 22 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
4FYR Human aminopeptidase N (CD13) in complex with bestatin 提交 2012-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 ZN ZINC ION × 2 BES 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 20 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 1.91 Å R-free 0.190
4FYS Human aminopeptidase N (CD13) in complex with angiotensin IV 提交 2012-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：UNP residues 66-967	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 2.01 Å R-free 0.198
4FYT Human aminopeptidase N (CD13) in complex with amastatin 提交 2012-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 66–967（902 aa）片段：UNP residues 66-967	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.183
5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–967（932 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–967（932 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 36–967（932 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 36–967（932 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
6U7E HCoV-229E RBD Class III in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
6U7E HCoV-229E RBD Class III in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
6U7F HCoV-229E RBD Class IV in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.225
6U7F HCoV-229E RBD Class IV in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.225
6U7G HCoV-229E RBD Class V in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.218
6U7G HCoV-229E RBD Class V in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.218
7AEW 14-3-3 sigma bound to bis-phosphorylated aminopeptidase N (APN, CD13) via canonical and non-canonical binding motifs 提交 2020-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 BBB 36–73（38 aa）链 CCC 36–73（38 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 27 % PEG400	分辨率 1.20 Å R-free 0.184
7VPQ Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans 提交 2021-10-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–963（902 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
7VPQ Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans 提交 2021-10-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 62–963（902 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
7VPQ Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans 提交 2021-10-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 62–963（902 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
8WDE CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map) 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 66–967（902 aa）链 E 66–967（902 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9CAM Aminopeptidase N close state 提交 2024-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–967（967 aa）链 B 1–967（967 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
9CAO Aminopeptidase N open state 提交 2024-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–967（967 aa）链 B 1–967（967 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å

共 13 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMPN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–905； UniProt 66–967 作者链 B； PDB构建体 4–905； UniProt 66–967 作者链 C； PDB构建体 4–905； UniProt 66–967

Spike glycoprotein

Human coronavirus 229E

UniProt P15423

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 293–435	片段：UNP residues 294-432	Aminopeptidase N × 1 （P15144） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 293–435	片段：UNP residues 294-432	Aminopeptidase N × 1 （P15144） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
3	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 293–435	片段：UNP residues 294-432	Aminopeptidase N × 1 （P15144） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ATK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5YL9 1.86 Angstrom crystal structure of human Coronavirus 229E fusion core 提交 2017-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 785–872（88 aa）片段：UNP residues 785-872 链 B 1052–1104（53 aa）片段：UNP residues 1052-1104	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；citric acid, BIS-TRIS propane, PEG3350	分辨率 1.86 Å R-free 0.206
5ZHY Structural characterization of the HCoV-229E fusion core 提交 2018-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 A 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 B 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 B 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 C 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 C 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.5 M Ammonium sulfate, 12% (v/v) Glycerol, 100 mM Tris/HCl, PH 8.5	分辨率 2.44 Å R-free 0.263
5ZHY Structural characterization of the HCoV-229E fusion core 提交 2018-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 D 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 E 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 E 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 F 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 F 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.5 M Ammonium sulfate, 12% (v/v) Glycerol, 100 mM Tris/HCl, PH 8.5	分辨率 2.44 Å R-free 0.263
5ZUV Crystal Structure of the Human Coronavirus 229E HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1 提交 2018-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 785–873（89 aa）片段：UNP residues 785-873 链 B 785–873（89 aa）片段：UNP residues 785-873 链 C 785–873（89 aa）片段：UNP residues 785-873	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；0.05M MgCl2, 0.1M HEPES, pH 7.5, 30% PEG550MME	分辨率 2.21 Å R-free 0.248
7CYC Cryo-EM structures of Alphacoronavirus spike glycoprotein 提交 2020-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1116（1116 aa）链 B 1–1116（1116 aa）链 C 1–1116（1116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
7CYD Cryo-EM structures of Alphacoronavirus spike glycoprotein 提交 2020-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1116（1116 aa）链 B 1–1116（1116 aa）链 C 1–1116（1116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
7VN9 Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with C04 Fab 提交 2021-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 294–435（142 aa）片段：receptor-binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.6M AmSO4, 0.1M Critic Acid pH 5.0	分辨率 4.49 Å R-free 0.288
7VN9 Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with C04 Fab 提交 2021-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 294–435（142 aa）片段：receptor-binding domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.6M AmSO4, 0.1M Critic Acid pH 5.0	分辨率 4.49 Å R-free 0.288
7VNG Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with S11 Fab 提交 2021-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 294–435（142 aa）片段：receptor binding domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；3.6M Sodium Formate, 10% Glycerol	分辨率 3.80 Å R-free 0.318
7YI6 bnAb 3D1 in complex with 6-mer HR1 peptide from HCoV-229E S protein 提交 2022-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 835–841（7 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS buffer at pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.28 Å R-free 0.220
7YI6 bnAb 3D1 in complex with 6-mer HR1 peptide from HCoV-229E S protein 提交 2022-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 835–841（7 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS buffer at pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.28 Å R-free 0.220

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_CVH22
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 4–146； UniProt 293–435 作者链 E； PDB构建体 4–146； UniProt 293–435 作者链 F； PDB构建体 4–146； UniProt 293–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6atk
沉积日期 deposition_date	2017-08-29
结构标题 title	Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N
关键词 keywords	coronavirus, spike, receptor, Hydrolase-Viral protein complex; Hydrolase/Viral protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.54 Å
零角强度 I(0) i0	1569950000.00
分子量 molecular_weight	335260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	419660 Å³
包络体积 envelope_volume	597400 Å³
水化壳体积 shell_volume	85204 Å³
包络直径 envelope_diameter	218.1 Å
壳层 Rg shell_rg	61.04 Å
包络 Rg envelope_rg	57.70 Å
形状 Rg shape_rg	58.52 Å
总 Rg total_rg	58.67 Å
总原子数 total_atoms	23660
残基数 n_residues	2898
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.2 Å
Rg (实空间) rg_real	58.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5700e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1569000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8511
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	45.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.351
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.391
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	227600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.849; Smooth: 0.903

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aminopeptidase N
分子量 formula_weight	103465.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	23660

GRPDQSKAWNRYRLPNTLKPDSYRVTLRPYLTPNDRGLYVFKGSSTVRFTCKEATDVIIIHSKKLNYTLSQGHRVVLRGVGGSQPPDIDKTELVEPTEYLVVHLKGSLVKDSQYEMDSEFEGELADDLAGFYRSEYMEGNVRKVVATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKAEFNITLIHPKDLTALSNMLPKGPSTPLPEDPNWNVTEFHTTPKMSTYLLAFIVSEFDYVEKQASNGVLIRIWARPSAIAAGHGDYALNVTGPILNFFAGHYDTPYPLPKSDQIGLPDFNAGAMENWGLVTYRENSLLFDPLSSSSSNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTIEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINTPAQISELFDAISYSKGASVLRMLSSFLSEDVFKQGLASYLHTFAYQNTIYLNLWDHLQEAVNNRSIQLPTTVRDIMNRWTLQMGFPVITVDTSTGTLSQEHFLLDPDSNVTRPSEFNYVWIVPITSIRDGRQQQDYWLIDVRAQNDLFSTSGNEWVLLNLNVTGYYRVNYDEENWRKIQTQLQRDHSAIPVINRAQIINDAFNLASAHKVPVTLALNNTLFLIEERQYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLKKQVTPLFIHFRNNTNNWREIPENLMDQYSEVNAISTACSNGVPECEEMVSGLFKQWMENPNNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWDFAWEQFRNATLVNEADKLRAALACSKELWILNRYLSYTLNPDLIRKQDATSTIISITNNVIGQGLVWDFVQSNWKKLFNDYGGGSFSFSNLIQAVTRRFSTEYELQQLEQFKKDNEETGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLQWFTENSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	15868.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,D,F

GRPLPVYHKHMFIVLYVDFKPQSGGGKCFNCYPAGVNITLANFNETKGPLCVDTSHFTTKYVAVYANVGRWSASINTGNCPFSFGKVNNFVKFGSVCFSLKDIPGGCAMPIVANWAYSKYYTIGTLYVSWSDGDGITGVPQPVEGV

来源 Source

来源生物 organism	Human coronavirus 229E
通用名 common_name	HCoV-229E
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11137
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	15

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6atkA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1730 — tricorn interacting facor f3 domain

结构域编号 domain_id	6atkA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neutral Protease Domain 2

结构域编号 domain_id	6atkA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 —

结构域编号 domain_id	6atkA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	50 — Zincin-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6atkB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1730 — tricorn interacting facor f3 domain

结构域编号 domain_id	6atkB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neutral Protease Domain 2

结构域编号 domain_id	6atkB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 —

结构域编号 domain_id	6atkB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	50 — Zincin-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6atkC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1730 — tricorn interacting facor f3 domain

结构域编号 domain_id	6atkC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neutral Protease Domain 2

结构域编号 domain_id	6atkC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 —

结构域编号 domain_id	6atkC04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	50 — Zincin-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	153.820 Å
晶胞边长 b length_b	153.820 Å
晶胞边长 c length_c	322.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.505 Å
最低分辨率 resolution_low	49.795 Å
R 因子 r_factor	0.2452
R_work r_work	0.2444
R_free r_free	0.2668

fit	/app/data/saxs_computation/at/6atk/6atk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/at/6atk/6atk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/at/6atk/6atk.dat

Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminopeptidase N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Spike glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)