6atu

Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elafin

Homo sapiens

UniProt P19957

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
13	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
14	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
15	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
16	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
17	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
18	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
19	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 18	water × 18	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELAF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 B； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 C； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 D； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 E； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 F； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 G； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 H； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 I； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 J； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 K； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 L； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 M； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 N； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 O； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 P； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 Q； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117 作者链 R； PDB构建体 3–59； UniProt 61–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6atu
沉积日期 deposition_date	2017-08-29
结构标题 title	Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox
关键词 keywords	Knottins, Cystine knot, Toxins, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6atu__assembly_13__model_1

Assembly 13 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6atu__assembly_13__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6atu__assembly_13__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	11.55 Å
Rg（电子密度）	11.11 Å
总 Rg	12.39 Å
原子数	355
残基数	50
排除体积	6446 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6atu__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6atu__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6atu__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6atu__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6atu__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6atu__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`6atu__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`6atu__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`6atu__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`6atu__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`6atu__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`6atu__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`6atu__assembly_13__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`6atu__assembly_14__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
15	1	`6atu__assembly_15__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
16	1	`6atu__assembly_16__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
17	1	`6atu__assembly_17__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
18	1	`6atu__assembly_18__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
19	1	`6atu__assembly_19__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d6atua_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atub_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atuc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atud_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atue_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atuf_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atug_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atuh_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atui_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atuj_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atuk_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atul_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atum_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atun_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atuo_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atup_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atuq_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	d6atur_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.14 — Elafin-like
家族 Family family	g.3.14.1 — Elafin-like

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	6atuA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuC00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuE00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuF00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuG00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuH00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuI00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuJ00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuK00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuL00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuM00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuN00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuO00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuP00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuQ00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

结构域编号 domain_id	6atuR00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	75 — R-elafin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Elafin-like

▶

晶胞边长 a length_a	71.333 Å
晶胞边长 b length_b	71.333 Å
晶胞边长 c length_c	214.444 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	71.330 Å
R 因子 r_factor	0.1991
R_work r_work	0.1965
R_free r_free	0.2482

描述 description	Elafin
分子量 formula_weight	6158.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	6617

Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elafin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6atu__assembly_13__model_1

6atu__assembly_13__model_1 | I(q)

6atu__assembly_13__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	312

Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elafin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6atu__assembly_13__model_1

6atu__assembly_13__model_1 | I(q)

6atu__assembly_13__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)