SAXSdb — 6b09

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U8 snoRNA-decapping enzyme

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–195 链 B； UniProt 1–195	突变：A22V	C7G [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；PEG 8000, CHES	分辨率 3.20 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6B09	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2XSQ Crystal structure of human Nudix motif 16 (NUDT16) in complex with IMP and magnesium 提交 2010-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS MIXED WITH 5MM MGCL2 AND 2MM IDP PRIOR SETTING-UP THE PLATES. THEN IT WAS CRYSTALLIZED FROM 20MM MGCL2, 22% W/V POLYACRYLIC ACID 5100 AND 0.1M HEPES PH 7.5.	分辨率 1.72 Å R-free 0.181
3COU Crystal structure of human Nudix motif 16 (NUDT16) 提交 2008-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–195（195 aa）	突变：A22V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；0.1M CHES pH 9.5, 20% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
3COU Crystal structure of human Nudix motif 16 (NUDT16) 提交 2008-03-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）	突变：A22V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；0.1M CHES pH 9.5, 20% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
3MGM Crystal structure of human NUDT16 提交 2010-04-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1M imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.201
5VY2 Crystal structure of the F36A mutant of HsNUDT16 提交 2017-05-24	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	突变：A22V, F36A 突变：A22V, F36A	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；PEG 8000, CHES	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
5W6X Crystal structure of the HsNUDT16 in complex with Mg+2 and ADP-ribose 提交 2017-06-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	突变：A22V 突变：A22V	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；PEG 8000, CHES	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
5W6Z Crystal structure of the H24W mutant of HsNUDT16 提交 2017-06-18	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	突变：A22V, H24W 突变：A22V, H24W	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；PEG 8000, CHES	分辨率 2.61 Å R-free 0.303
5W6Z Crystal structure of the H24W mutant of HsNUDT16 提交 2017-06-18	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–195（195 aa）链 E 1–195（195 aa）	突变：A22V, H24W 突变：A22V, H24W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；PEG 8000, CHES	分辨率 2.61 Å R-free 0.303
5WJI Crystal structure of the F61S mutant of HsNUDT16 提交 2017-07-23	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	突变：A22V, F61S 突变：A22V, F61S	CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；PEG 8000, CHES	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
6CO2 Structure of an engineered protein (NUDT16TI) in complex with 53BP1 Tudor domains 提交 2018-03-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 10% PEG 4,000	分辨率 2.49 Å R-free 0.270
6X7U Crystal Structure of the Human Nudix Hydrolase Nudt16 in complex with FAD 提交 2020-05-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 C 1–184（184 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium chloride and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.231
6X7V Crystal Structure of the Human Nudix Hydrolase Nudt16 提交 2020-05-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M ammonium chloride, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M MES pH 5.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.287
6X7V Crystal Structure of the Human Nudix Hydrolase Nudt16 提交 2020-05-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M ammonium chloride, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M MES pH 5.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.287

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUD16_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 B； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6b09
沉积日期 deposition_date	2017-09-14
结构标题 title	Crystal structure of HsNUDT16 in complex with diADPR (soaked)
关键词 keywords	nudix hydrolase, decapping enzyme, demodification of parylation, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.01 Å
零角强度 I(0) i0	30651400.00
分子量 molecular_weight	40931.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50592 Å³
包络体积 envelope_volume	60366 Å³
水化壳体积 shell_volume	23875 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.6 Å
壳层 Rg shell_rg	28.14 Å
包络 Rg envelope_rg	21.36 Å
形状 Rg shape_rg	21.01 Å
总 Rg total_rg	21.90 Å
总原子数 total_atoms	2871
残基数 n_residues	351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.6 Å
Rg (实空间) rg_real	22.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8003
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.382
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.192
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9898000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	U8 snoRNA-decapping enzyme
分子量 formula_weight	21330.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.62,3.6.1.64
突变 mutation	A22V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2874

MAGARRLELGEALALGSGWRHVCHALLYAPDPGMLFGRIPLRYAILMQMRFDGRLGFPGGFVDTQDRSLEDGLNRELREELGEAAAAFRVERTDYRSSHVGSGPRVVAHFYAKRLTLEELLAVEAGATRAKDHGLEVLGLVRVPLYTLRDGVGGLPTFLENSFIGSAREQLLEALQDLGLLQSGSISGLKIPAHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	968.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6b09A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	6b09B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	113.395 Å
晶胞边长 b length_b	47.063 Å
晶胞边长 c length_c	75.792 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	37.620 Å
R 因子 r_factor	0.2566
R_work r_work	0.2555
R_free r_free	0.2791

fit	/app/data/saxs_computation/b0/6b09/6b09.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b0/6b09/6b09.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b0/6b09/6b09.dat

Crystal structure of HsNUDT16 in complex with diADPR (soaked)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U8 snoRNA-decapping enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction