SAXSdb — 6b21

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ammonia channel

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	;[(2R,5R,11R,14S,24E)-14-[(acetyloxy)methyl]-8-{[5-(3,5-dimethyl-1H-pyrrol-2-yl-kappaN)-5-(3,5-dimethyl-2H-pyrrol-2-ylidene-kappaN)pentanoyl]oxy}-5,11-dihydroxy-2-{[(9E)-octadec-9-enoyl]oxy}-5,11,16-trioxo-4,6,10,12,15-pentaoxa-5lambda~5~,11lambda~5~-diphosphatritriacont-24-en-1-yl (9E)-octadec-9-enoatato](difluoro)boron ; × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMTB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–406； UniProt 26–428

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6b21
沉积日期 deposition_date	2017-09-19
结构标题 title	Crystal structure of AmtB from E. coli bound to TopFluor cardiolipin
关键词 keywords	ammonia channel, AmtB, cardiolipin, transporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6b21__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6b21__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6b21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.09 Å
Rg（电子密度）	28.34 Å
总 Rg	29.34 Å
原子数	8265
残基数	1107
排除体积	152030 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6b21__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ammonia channel
分子量 formula_weight	42303.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2832

GASVADKADNAFMMICTALVLFMTIPGIALFYGGLIRGKNVLSMLTQVTVTFALVCILWVVYGYSLAFGEGNNFFGNINWLMLKNIELTAVMGSIYQYIHVAFQGSFACITVGLIVGALAERIRFSAVLIFVVVWLTLSYIPIAHMVWGGGLLASHGALDFAGGTVVHINAAIAGLVGAYLIGKRVGFGKEAFKPHNLPMVFTGTAILYIGWFGFNAGSAGTANEIAALAFVNTVVATAAAILGWIFGEWALRGKPSLLGACSGAIAGLVGVTPACGYIGVGGALIIGVVAGLAGLWGVTMLKRLLRVDDPCDVFGVHGVCGIVGCIMTGIFAASSLGGVGFAEGVTMGHQLLVQLESIAITIVWSGVVAFIGYKLADLTVGLRVPEEQEREGLDVNSHGENAYNA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2R,5R,11R,14S,24E)-14-[(acetyloxy)methyl]-8-{[5-(3,5-dimethyl-1H-pyrrol-2-yl-kappaN)-5-(3,5-dimethyl-2H-pyrrol-2-ylidene-kappaN)pentanoyl]oxy}-5,11-dihydroxy-2-{[(9E)-octadec-9-enoyl]oxy}-5,11,16-trioxo-4,6,10,12,15-pentaoxa-5lambda~5~,11lambda~5~-diphosphatritriacont-24-en-1-yl (9E)-octadec-9-enoatato](difluoro)boron ;
分子量 formula_weight	1551.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	77

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6b21a1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.44 — Ammonium transporter
超家族 Superfamily superfamily	f.44.1 — Ammonium transporter
家族 Family family	f.44.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6b21a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6b21A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3430 — Ammonium transporter fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonium transporter AmtB like domains

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晶胞边长 a length_a	138.780 Å
晶胞边长 b length_b	138.780 Å
晶胞边长 c length_c	159.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	56.219 Å
R 因子 r_factor	0.1719
R_work r_work	0.1699
R_free r_free	0.2125

Crystal structure of AmtB from E. coli bound to TopFluor cardiolipin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ammonia channel

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6b21__assembly_1__model_1

6b21__assembly_1__model_1 | I(q)

6b21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of AmtB from E. coli bound to TopFluor cardiolipin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ammonia channel

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6b21__assembly_1__model_1

6b21__assembly_1__model_1 | I(q)

6b21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)