SAXSdb — 6b72

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Nef

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 57–207 链 B； UniProt 57–207	片段：UNP residues 57-207	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；18%-20% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.0, 5% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.251
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 57–207 链 E； UniProt 57–207	片段：UNP residues 57-207	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；18%-20% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.0, 5% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.251
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 57–207 链 F； UniProt 57–207	片段：UNP residues 57-207	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；18%-20% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.0, 5% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6B72	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3RBB HIV-1 NEF protein in complex with engineered HCK SH3 domain 提交 2011-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–210（166 aa）	突变：I47M, T48A, C59S, C210A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes, 8% ethylene glycol, 22% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.245
3RBB HIV-1 NEF protein in complex with engineered HCK SH3 domain 提交 2011-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 45–210（166 aa）	突变：I47M, T48A, C59S, C210A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes, 8% ethylene glycol, 22% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.245
3REA HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–210（166 aa）	突变：I47M, T48A, C59S, C210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Tris buffer, 5% ethylne glycol, 10% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 15 mM MnCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 2.00 Å R-free 0.205
3REA HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 45–210（166 aa）	突变：I47M, T48A, C59S, C210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Tris buffer, 5% ethylne glycol, 10% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 15 mM MnCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 2.00 Å R-free 0.205
3REB HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–210（166 aa）	突变：I47M, T48A, C59S, C210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Hepes, 0.05 M sodium citrate, 15% isopropanol, 30% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 3.45 Å R-free 0.243
3REB HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 45–210（166 aa）	突变：I47M, T48A, C59S, C210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Hepes, 0.05 M sodium citrate, 15% isopropanol, 30% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 3.45 Å R-free 0.243
4ORZ HIV-1 Nef protein in complex with single domain antibody sdAb19 and an engineered Hck SH3 domain 提交 2014-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 45–210（166 aa）片段：Nef protein, UNP residues 45-210	突变：I47M, T48A, C59S, C210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；About 0.1 micro L of protein solution at 10 mg/ml concentration was mixed with 0.1 micro L of reservoir solution from a 70 L reservoir in 96-well Hampton 3553 crystallization plates. Initial crystals of NefSF2 sdAb19 SH3B6 could be obtained in 0.2 M potassium formate and 20% polyethylene glycol (PEG) 3350. Crystal conditions were optimized to 0.2 M potassium formate, 17.5% polyethylene glycol (PEG) 3350 and 0.35 M ammonium chloride grown by hanging-drop vapor diffusion in Linbro crystallization plates. , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
4U5W Crystal Structure of HIV-1 Nef-SF2 Core Domain in Complex with the Src Family Kinase Hck SH3-SH2 Tandem Regulatory Domains 提交 2014-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 62–209（148 aa）片段：UNP residues 62-209 链 C 62–209（148 aa）片段：UNP residues 62-209	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 IOD IODIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.09 M ADA, pH 6.5, 10.8% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM NaI	分辨率 1.86 Å R-free 0.195
7D7S HIV-1 SF2 Nef in complex with the Fyn SH3 R96I mutant 提交 2020-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–209（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000	分辨率 3.32 Å R-free 0.300
7D7S HIV-1 SF2 Nef in complex with the Fyn SH3 R96I mutant 提交 2020-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–209（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000	分辨率 3.32 Å R-free 0.300
8F2P Nef SF2 dimerization mutant bound to Hck SH3 提交 2022-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–209（148 aa）片段：Nef SF2 core domain (UNP residues 62-209)	突变：L116D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 12% v/v MPD	分辨率 2.63 Å R-free 0.252

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEF_HV1A2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–151； UniProt 57–207 作者链 B； PDB构建体 1–151； UniProt 57–207 作者链 C； PDB构建体 1–151； UniProt 57–207 作者链 D； PDB构建体 1–151； UniProt 57–207 作者链 E； PDB构建体 1–151； UniProt 57–207 作者链 F； PDB构建体 1–151； UniProt 57–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6b72
沉积日期 deposition_date	2017-10-03
结构标题 title	A novel HIV-1 Nef dimer interface induced by a single octyl-glucoside molecule
关键词 keywords	HIV-1 Nef, Dimer, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.09 Å
零角强度 I(0) i0	107050000.00
分子量 molecular_weight	87861.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111650 Å³
包络体积 envelope_volume	159800 Å³
水化壳体积 shell_volume	37077 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.6 Å
壳层 Rg shell_rg	42.24 Å
包络 Rg envelope_rg	35.61 Å
形状 Rg shape_rg	37.08 Å
总 Rg total_rg	37.54 Å
总原子数 total_atoms	6243
残基数 n_residues	729
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	107100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8147
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.134
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.693
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6b72A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	6b72B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	6b72C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	6b72D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	6b72E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	6b72F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.577 Å
晶胞边长 b length_b	109.577 Å
晶胞边长 c length_c	247.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	94.900 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2331
R_free r_free	0.2511

描述 description	Protein Nef
分子量 formula_weight	17764.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	6243

A novel HIV-1 Nef dimer interface induced by a single octyl-glucoside molecule

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B
通用名 common_name	isolate ARV2/SF2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11685
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

fit	/app/data/saxs_computation/b7/6b72/6b72.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b7/6b72/6b72.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b7/6b72/6b72.dat