SAXSdb — 6bba

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 58–277 链 B； UniProt 58–277 链 C； UniProt 58–277 链 D； UniProt 58–277 链 E； UniProt 58–277 链 F； UniProt 58–277 链 G； UniProt 58–277	片段：residues 58-277	Acyldepsipeptide ADEP-28 × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；294 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 4% w/v polyethylene glycol 4,000	分辨率 2.80 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6BBA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TG6 Crystallography and mutagenesis point to an essential role for the N-terminus of human mitochondrial ClpP 提交 2004-05-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–277（277 aa）链 B 1–277（277 aa）链 C 1–277（277 aa）链 D 1–277（277 aa）链 E 1–277（277 aa）链 F 1–277（277 aa）链 G 1–277（277 aa）	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 6 FME N-FORMYLMETHIONINE × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；100 mM MES pH 6.5, 10 % (V/V) dioxane, 10% glycerol, 1.5-1.8 M (NH4)2SO4 with 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.262
1TG6 Crystallography and mutagenesis point to an essential role for the N-terminus of human mitochondrial ClpP 提交 2004-05-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–277（277 aa）链 B 1–277（277 aa）链 C 1–277（277 aa）链 D 1–277（277 aa）链 E 1–277（277 aa）链 F 1–277（277 aa）链 G 1–277（277 aa）	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 GOL GLYCEROL × 12 FME N-FORMYLMETHIONINE × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；100 mM MES pH 6.5, 10 % (V/V) dioxane, 10% glycerol, 1.5-1.8 M (NH4)2SO4 with 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.262
6DL7 Human mitochondrial ClpP in complex with ONC201 (TIC10) 提交 2018-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）	未记录	ONC 7-benzyl-4-[(2-methylphenyl)methyl]-6,7,8,9-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyrido[3,4-e]pyrimidin-5(4H)-one × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；5%(w/v) PEG 4,000, 100mM KCl, 100mM NaAc (pH5.2)	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
6H23 Crystal structure of the hClpP Y118A mutant with an activating small molecule 提交 2018-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 57–277（221 aa）链 B 57–277（221 aa）链 C 57–277（221 aa）链 D 57–277（221 aa）链 E 57–277（221 aa）链 F 57–277（221 aa）链 G 57–277（221 aa）链 H 57–277（221 aa）链 I 57–277（221 aa）链 J 57–277（221 aa）链 K 57–277（221 aa）链 L 57–277（221 aa）链 M 57–277（221 aa）链 N 57–277（221 aa）	突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A 突变：Y118A	FJT ~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-5-[(2-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)methyl]-1,3,4-oxadiazole-2-carboxamide × 14 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；magnesium chloride, MES, PEG4000	分辨率 3.09 Å R-free 0.261
7UVM Crystal structure of human ClpP protease in complex with TR-27 提交 2022-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）	未记录	OX0 (10R)-4-[(4-chlorophenyl)methyl]-7-[(3-ethynylphenyl)methyl]-2,4,6,7,8,9-hexahydroimidazo[1,2-a]pyrido[3,4-e]pyrimidin-5(1H)-one × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6 to 5.2, 5 % PEG 4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.237
7UVN Crystal structure of human ClpP protease in complex with TR-57 提交 2022-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）	未记录	P3O 3-({3-[(4-chlorophenyl)methyl]-1-methyl-2,4-dioxo-1,3,4,5,7,8-hexahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-6(2H)-yl}methyl)benzonitrile × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6 to 5.2, 5 % PEG 4000	分辨率 3.11 Å R-free 0.283
7UVR Crystal structure of human ClpP protease in complex with TR-65 提交 2022-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）	未记录	PJF 3-{[(10R)-4-[(4-chlorophenyl)methyl]-5-oxo-1,2,4,5,8,9-hexahydroimidazo[1,2-a]pyrido[3,4-e]pyrimidin-7(6H)-yl]methyl}benzonitrile × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6 to 5.2, 5% PEG 4000	分辨率 2.86 Å R-free 0.253
7UVU Crystal structure of human ClpP protease in complex with TR-107 提交 2022-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）	未记录	OY9 3-({3-[(4-chlorophenyl)methyl]-4-oxo-3,5,7,8-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-6(4H)-yl}methyl)benzonitrile × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate, 5% PEG 4000	分辨率 3.24 Å R-free 0.261
7UW0 Crystal structure of human ClpP protease in complex with TR-133 提交 2022-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）	未记录	P4I 3-({3-[(4-bromophenyl)methyl]-4-oxo-3,5,7,8-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-6(4H)-yl}methyl)benzonitrile × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 sodium acetate, pH 4.6 to 5.2, 5% PEG 4000	分辨率 2.80 Å R-free 0.309
7VP9 Crystal structure of human ClpP in complex with ZG111 提交 2021-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 57–277（221 aa）链 B 57–277（221 aa）链 C 57–277（221 aa）链 D 57–277（221 aa）链 E 57–277（221 aa）链 F 57–277（221 aa）链 G 57–277（221 aa）链 H 57–277（221 aa）链 I 57–277（221 aa）链 J 57–277（221 aa）链 K 57–277（221 aa）链 L 57–277（221 aa）链 M 57–277（221 aa）链 N 57–277（221 aa）	未记录	7SR (6S,9aS)-N-[(4-bromophenyl)methyl]-6-[(2S)-butan-2-yl]-8-(naphthalen-1-ylmethyl)-4,7-bis(oxidanylidene)-3,6,9,9a-tetrahydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyrimidine-1-carboxamide × 14 MG MAGNESIUM ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2M sodium bromide, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.55 Å R-free 0.232
7WH5 Crystal structure of human ClpP in complex with ZG180 提交 2021-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 57–277（221 aa）链 B 57–277（221 aa）链 C 57–277（221 aa）链 D 57–277（221 aa）链 E 57–277（221 aa）链 F 57–277（221 aa）链 G 57–277（221 aa）链 H 57–277（221 aa）链 I 57–277（221 aa）链 J 57–277（221 aa）链 K 57–277（221 aa）链 L 57–277（221 aa）链 M 57–277（221 aa）链 N 57–277（221 aa）	未记录	9DF (6S,9aS)-6-[(2S)-butan-2-yl]-8-(naphthalen-1-ylmethyl)-4,7-bis(oxidanylidene)-N-[4,4,4-tris(fluoranyl)butyl]-3,6,9,9a-tetrahydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyrimidine-1-carboxamide × 14 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2M Sodium malonate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.13 Å R-free 0.249
8HGK Crystal structure of human ClpP in complex with ZK53 提交 2022-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 57–277（221 aa）链 B 57–277（221 aa）链 C 57–277（221 aa）链 D 57–277（221 aa）链 E 57–277（221 aa）链 F 57–277（221 aa）链 G 57–277（221 aa）链 H 57–277（221 aa）链 I 57–277（221 aa）链 J 57–277（221 aa）链 K 57–277（221 aa）链 L 57–277（221 aa）链 M 57–277（221 aa）链 N 57–277（221 aa）	未记录	ZLL 4-[[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-N-[(4-bromophenyl)methyl]piperazine-1-carboxamide × 14 MG MAGNESIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2M Magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH7.9	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
8I7X Crystal structure of human ClpP in complex with ZG36 提交 2023-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 57–277（221 aa）链 B 57–277（221 aa）链 C 57–277（221 aa）链 D 57–277（221 aa）链 E 57–277（221 aa）链 F 57–277（221 aa）链 G 57–277（221 aa）链 H 57–277（221 aa）链 I 57–277（221 aa）链 J 57–277（221 aa）链 K 57–277（221 aa）链 L 57–277（221 aa）链 M 57–277（221 aa）链 N 57–277（221 aa）	未记录	OSR (6S,9aS)-N-[(4-bromophenyl)methyl]-6-[(2S)-butan-2-yl]-8-[(4-methoxynaphthalen-1-yl)methyl]-4,7-bis(oxidanylidene)-3,6,9,9a-tetrahydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyrimidine-1-carboxamide × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M sodium bromide, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.99 Å R-free 0.260
8W7C Activation of mitochondrial Caseinolytic Protease P (ClpP) induces selective cancer cell lethality 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）	未记录	R89 11-[(3-chlorophenyl)methyl]-7-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-2,5,7,11-tetrazatricyclo[7.4.0.0^{2,6}]trideca-1(9),3,5-trien-8-one × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；200 mM KCl, 100 mM MES, 12%PEG4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
8W7E Design, synthesis and biological evaluations of novel small molecular hyper-activators of human caseinolytic peptidase P (hClpP) 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）链 H 58–277（220 aa）链 I 58–277（220 aa）链 J 58–277（220 aa）链 K 58–277（220 aa）链 L 58–277（220 aa）链 M 58–277（220 aa）链 N 58–277（220 aa）	未记录	9I3 3-[(3-chlorophenyl)methyl]-6-[(4-chlorophenyl)methyl]-2,4-dihydro-1H-pyrido[2,3-c][2,7]naphthyridin-5-one × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；6% (w/v) PEG 3350, 200 mM KCl, and 100 mM NaAc (pH 6.0)	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
8WUZ Development of 2-imino-2,3,5,6,7,8-hexahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-4(1H)-one derivatives as human caseinolytic peptidase P (hClpP) activators 提交 2023-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）	未记录	XFU 5-[(3-fluorophenyl)methyl]-9-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-1,5,9,11-tetrazatricyclo[8.4.0.0^{2,7}]tetradeca-2(7),10-dien-8-one × 14 BR BROMIDE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298.15 K；0.2 M NaBr, 16% PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
8YLB Cocrystal structures of agonists compound 1 with HsClpP 提交 2024-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）链 H 58–277（220 aa）链 I 58–277（220 aa）链 J 58–277（220 aa）链 K 58–277（220 aa）链 L 58–277（220 aa）链 M 58–277（220 aa）链 N 58–277（220 aa）	未记录	A1LZA 5-[(2-methylphenyl)methyl]-11-(phenylmethyl)-2,5,7,11-tetrazatricyclo[7.4.0.0^{2,6}]trideca-1(9),6-dien-8-one × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；1.6 M Li2SO4 and 0.1 M Tris, pH 8.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.260
8YPA Human mitochondrial ClpP in complex with TR89 提交 2024-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）	未记录	A1LZN (6~{R})-2-[[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-(hydroxymethyl)-5-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-7,8-dihydro-6~{H}-pyrazolo[1,5-a][1,4]diazepin-4-one × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289.15 K；0.1 M sodium acetate ph 6.2, 8% PEG 4000	分辨率 2.67 Å R-free 0.258
9DKV Human mitochondrial ClpP in Apo state 提交 2024-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）链 H 58–277（220 aa）链 I 58–277（220 aa）链 J 58–277（220 aa）链 K 58–277（220 aa）链 L 58–277（220 aa）链 M 58–277（220 aa）链 N 58–277（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9DKW Human mitochondrial ClpP in complex with Bortezomib 提交 2024-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）链 H 58–277（220 aa）链 I 58–277（220 aa）链 J 58–277（220 aa）链 K 58–277（220 aa）链 L 58–277（220 aa）链 M 58–277（220 aa）链 N 58–277（220 aa）	未记录	BO2 N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
9DQK human ClpP - Apo - A192E / E196R 提交 2024-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 A 1–277（277 aa）链 B 1–277（277 aa）链 C 1–277（277 aa）链 D 1–277（277 aa）链 E 1–277（277 aa）链 F 1–277（277 aa）链 G 1–277（277 aa）链 H 1–277（277 aa）链 I 1–277（277 aa）链 J 1–277（277 aa）链 K 1–277（277 aa）链 L 1–277（277 aa）链 M 1–277（277 aa）链 N 1–277（277 aa）	突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R	CL CHLORIDE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM potassium acetate, 35% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)	分辨率 2.75 Å R-free 0.250
9DQL human ClpP - Bortezomib - A192E / E196R 提交 2024-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 A 1–277（277 aa）链 B 1–277（277 aa）链 C 1–277（277 aa）链 D 1–277（277 aa）链 E 1–277（277 aa）链 F 1–277（277 aa）链 G 1–277（277 aa）链 H 1–277（277 aa）链 I 1–277（277 aa）链 J 1–277（277 aa）链 K 1–277（277 aa）链 L 1–277（277 aa）链 M 1–277（277 aa）链 N 1–277（277 aa）	突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R 突变：A192E, E196R	BO2 N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE × 14 CL CHLORIDE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM potassium acetate, 35% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)	分辨率 3.20 Å R-free 0.237
9DW0 Human ClpX-bound ClpP 提交 2024-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 58–249（192 aa）链 I 58–249（192 aa）链 J 58–249（192 aa）链 K 58–249（192 aa）链 L 58–249（192 aa）链 M 58–249（192 aa）链 N 58–249（192 aa）链 O 58–249（192 aa）链 P 58–249（192 aa）链 Q 58–249（192 aa）链 R 58–249（192 aa）链 S 58–249（192 aa）链 T 58–249（192 aa）链 U 58–249（192 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was prepared using manual blot-and-plunge freezing method in cold room (4 celsius)	分辨率 2.80 Å
9DW1 Human mitochondrial ClpP protease 提交 2024-10-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 58–277（220 aa）链 I 58–277（220 aa）链 J 58–277（220 aa）链 K 58–277（220 aa）链 L 58–277（220 aa）链 M 58–277（220 aa）链 N 58–277（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was prepared using manual blot-and-plunge freezing method in cold room (4 celsius)	分辨率 3.40 Å
9DW3 Human mitochondrial ClpP in complex with Bortezomib 提交 2024-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–277（220 aa）链 B 58–277（220 aa）链 C 58–277（220 aa）链 D 58–277（220 aa）链 E 58–277（220 aa）链 F 58–277（220 aa）链 G 58–277（220 aa）链 H 58–277（220 aa）链 I 58–277（220 aa）链 J 58–277（220 aa）链 K 58–277（220 aa）链 L 58–277（220 aa）链 M 58–277（220 aa）链 N 58–277（220 aa）	未记录	BO2 N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was prepared using manual blot-and-plunge freezing method in cold room (4 celsius)	分辨率 2.40 Å
9KUF Cryo-EM structure of HsClpP bound to CLPP-2068 提交 2024-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 59–277（219 aa）链 B 59–277（219 aa）链 C 59–277（219 aa）链 D 59–277（219 aa）链 E 59–277（219 aa）链 F 59–277（219 aa）链 G 59–277（219 aa）链 H 59–277（219 aa）链 I 59–277（219 aa）链 J 59–277（219 aa）链 K 59–277（219 aa）链 L 59–277（219 aa）链 M 59–277（219 aa）链 N 59–277（219 aa）	未记录	A1EG3 3-[[(7~{R})-2-[(4-bromophenyl)methylamino]-7-methyl-4-oxidanylidene-3,5,7,8-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-6-yl]methyl]benzenecarbonitrile × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；30 mM Tris-HCl (pH 8.0), 150 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.45 Å
9PB1 Human ClpP initial assembly 提交 2025-06-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 58–277（220 aa）链 I 58–277（220 aa）链 J 58–277（220 aa）链 K 58–277（220 aa）链 L 58–277（220 aa）链 M 58–277（220 aa）链 N 58–277（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was prepared using manual blot-and-plunge freezing method in cold room (4 degrees Celsius).	分辨率 3.70 Å
9WAS Human mitochondrial ClpP in complex with LZL25 提交 2025-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 58–250（193 aa）链 B 58–250（193 aa）链 C 58–250（193 aa）链 D 58–250（193 aa）链 E 58–250（193 aa）链 F 58–250（193 aa）链 G 58–250（193 aa）	未记录	A1EVT (3~{R})-7-[(4-fluorophenyl)methyl]-3-(2-methoxyethoxymethyl)-2-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1-one × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M sodium acetate trihydrate pH4.6 8% w/v Polyethylene Glycol 4000	分辨率 3.52 Å R-free 0.247
9YKZ Un-crosslinked hClpP 提交 2025-10-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–277（277 aa）链 I 1–277（277 aa）链 J 1–277（277 aa）链 K 1–277（277 aa）链 L 1–277（277 aa）链 M 1–277（277 aa）链 N 1–277（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was prepared using manual blot-and-plunge freezing method in cold room (4 degrees Celsius)	分辨率 3.50 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–221； UniProt 58–277 作者链 B； PDB构建体 2–221； UniProt 58–277 作者链 C； PDB构建体 2–221； UniProt 58–277 作者链 D； PDB构建体 2–221； UniProt 58–277 作者链 E； PDB构建体 2–221； UniProt 58–277 作者链 F； PDB构建体 2–221； UniProt 58–277 作者链 G； PDB构建体 2–221； UniProt 58–277

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bba
沉积日期 deposition_date	2017-10-17
结构标题 title	Crystal structure of human mitochondrial ClpP complex with acyldepsipeptide ADEP-28
关键词 keywords	Protease, proteostasis, protein quality control, mitochondria, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.37 Å
零角强度 I(0) i0	335156000.00
分子量 molecular_weight	151900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191930 Å³
包络体积 envelope_volume	248690 Å³
水化壳体积 shell_volume	56040 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.50 Å
包络 Rg envelope_rg	34.17 Å
形状 Rg shape_rg	35.36 Å
总 Rg total_rg	36.00 Å
总原子数 total_atoms	10625
残基数 n_residues	1339
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	335200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9093
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.1 Å
偏度 Skewness skewness	-0.043
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.763
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	94450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	24179.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	10836

SLIPIVVEQTGRGERAYDIYSRLLRERIVCVMGPIDDSVASLVIAQLLFLQSESNKKPIHMYINSPGGVVTAGLAIYDTMQYILNPICTWCVGQAASMGSLLLAAGTPGMRHSLPNSRIMIHQPSGGARGQATDIAIQAEEIMKLKKQLYNIYAKHTKQSLQVIESAMERDRYMSPMEAQEFGILDKVLVHPPQDGEDEPTLVQKEPVEAAPAAEPVPAST

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Acyldepsipeptide ADEP-28
分子量 formula_weight	804.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K,L,M,N

XXTPXAP

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	208

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	6bbaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bbaB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bbaC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bbaD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bbaE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bbaF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bbaG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	172.399 Å
晶胞边长 b length_b	172.399 Å
晶胞边长 c length_c	135.963 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	42

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.796 Å
最低分辨率 resolution_low	46.735 Å
R 因子 r_factor	0.1883
R_work r_work	0.1866
R_free r_free	0.2346

fit	/app/data/saxs_computation/bb/6bba/6bba.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bb/6bba/6bba.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bb/6bba/6bba.dat

Crystal structure of human mitochondrial ClpP complex with acyldepsipeptide ADEP-28

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)