SAXSdb — 6bef

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Scaffold protein D13

Vaccinia virus WR

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	;(2S,12Z,14E,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-8-formyl-5,6,9,17,19-pentahydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptam ethyl-1,11-dioxo-1,2-dihydro-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)naphtho[2,1-b]furan-21-yl acetate ; × 1 FORMIC ACID × 8 1,2-ETHANEDIOL × 6 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D13_VACCW
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–553； UniProt 1–551 作者链 B； PDB构建体 3–553； UniProt 1–551 作者链 C； PDB构建体 3–553； UniProt 1–551

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bef
沉积日期 deposition_date	2017-10-25
结构标题 title	Crystal structure of VACV D13 in complex with 3-formyl rifamycin SV
关键词 keywords	poxvirus, assembly, scaffolding protein, Rifampicin resistance protein, immature virion, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6bef__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6bef__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6bef__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.87 Å
Rg（电子密度）	34.53 Å
总 Rg	35.31 Å
原子数	12724
残基数	1612
排除体积	227470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6bef__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Scaffold protein D13
分子量 formula_weight	62076.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	13075

GAMNNTIINSLIGGDDSIKRSNVFAVDSQIPTLYMPQYISLSGVMTNDGPDNQAIASFEIRDQYITALNHLVLSLELPEVKGMGRFGYVPYVGYKCINHVSISSCNGVIWEIEGEELYNNCINNTIALKHSGYSSELNDISIGLTPNDTIKEPSTVYVYIKTPFDVEDTFSSLKLSDSKITVTVTFNPVSDIVIRDSSFDFETFNKEFVYVPELSFIGYMVKNVQIKPSFIEKPRRVIGQINQPTATVTEVHAATSLSVYTKPYYGNTDNKFISYPGYSQDEKDYIDAYVSRLLDDLVIVSDGPPTGYPESAEIVEVPEDGIVSIQDADVYVKIDNVPDNMSVYLHTNLLMFGTRKNSFIYNISKKFSAITGTYSDATKRTIFAHISHSINIIDTSIPVSLWTSQRNVYNGDNRSAESKAKDLFINDPFIKGIDFKNKTDIISRLEVRFGNDVLYSENGPISRIYNELLTKSNNGTRTLTFNFTPKIFFRPTTITANVSRGKDKLSVRVVYSTMDVNHPIYYVQKQLVVVCNDLYKVSYDQGVSITKIMGDNN

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus WR
通用名 common_name	VACV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2S,12Z,14E,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-8-formyl-5,6,9,17,19-pentahydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptam ethyl-1,11-dioxo-1,2-dihydro-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)naphtho[2,1-b]furan-21-yl acetate ;
分子量 formula_weight	725.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	256

▶

晶胞边长 a length_a	191.060 Å
晶胞边长 b length_b	191.060 Å
晶胞边长 c length_c	254.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.210 Å
最低分辨率 resolution_low	19.960 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2210

Crystal structure of VACV D13 in complex with 3-formyl rifamycin SV

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Scaffold protein D13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6bef__assembly_1__model_1

6bef__assembly_1__model_1 | I(q)

6bef__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of VACV D13 in complex with 3-formyl rifamycin SV

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Scaffold protein D13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6bef__assembly_1__model_1

6bef__assembly_1__model_1 | I(q)

6bef__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)