6bhj

Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a 38-mer Hairpin Template-Primer RNA-DNA Aptamer

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 152.5 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 subunit

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 1 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）计数不一致，待复核	链 A； UniProt 166–722 链 B； UniProt 168–595	突变：C280S, D498N 突变：C280S	38-MER RNA-DNA Aptamer × 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；278 K；10% PEG 8000, 25 mM BisTris-Propane pH 6.8, 75 mM BisTris-Propane pH 7.4, 50 mM Ammonium Sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose	分辨率 2.81 Å R-free 0.244
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 1 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）计数不一致，待复核	链 C； UniProt 166–722 链 D； UniProt 168–595	突变：C280S, D498N 突变：C280S	38-MER RNA-DNA Aptamer × 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；278 K；10% PEG 8000, 25 mM BisTris-Propane pH 6.8, 75 mM BisTris-Propane pH 7.4, 50 mM Ammonium Sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose	分辨率 2.81 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6BHJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6BSG Structure of HIV-1 RT complexed with RNA/DNA hybrid in an RNA hydrolysis-off mode 提交 2017-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 168–607（440 aa）	未记录	EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400	分辨率 2.44 Å R-free 0.224
6BSH Structure of HIV-1 RT complexed with RNA/DNA hybrid in the RNA hydrolysis mode 提交 2017-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 168–607（440 aa）	未记录	EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400	分辨率 2.65 Å R-free 0.227
6BSI Structure of HIV-1 RT complexed with an RNA/DNA hybrid containing the polypurine-tract sequence 提交 2017-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 168–607（440 aa）	未记录	EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400	分辨率 3.25 Å R-free 0.241
6BSJ Structure of HIV-1 RT complexed with an RNA/DNA hybrid sequence non-preferred for RNA hydrolysis 提交 2017-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 168–607（440 aa）	未记录	EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400	分辨率 2.89 Å R-free 0.251
6VUG Diabody bound to a Reverse Transcriptase Aptamer Complex 提交 2020-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 B 168–595（428 aa）片段：P51 subunit, residues 168-595	未记录	SO4 SULFATE ION × 11 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.4 M Ammonium Sulfate 0.1 M HEPES pH 7.8 0.1 M NaCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.255

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A076Q3N8_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–557； UniProt 166–722 作者链 C； PDB构建体 1–557； UniProt 166–722 作者链 B； PDB构建体 17–444； UniProt 168–595 作者链 D； PDB构建体 17–444； UniProt 168–595

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bhj
沉积日期 deposition_date	2017-10-30
结构标题 title	Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a 38-mer Hairpin Template-Primer RNA-DNA Aptamer
关键词 keywords	Human immunodeficiency virus 1, RNA-directed DNA polymerase, Protein/RNA/DNA, Aptamer, TRANSFERASE, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.70 Å
零角强度 I(0) i0	913015000.00
分子量 molecular_weight	247260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	307820 Å³
包络体积 envelope_volume	428510 Å³
水化壳体积 shell_volume	75462 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.6 Å
壳层 Rg shell_rg	51.65 Å
包络 Rg envelope_rg	45.98 Å
形状 Rg shape_rg	46.67 Å
总 Rg total_rg	47.00 Å
总原子数 total_atoms	17387
残基数 n_residues	2003
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.5 Å
Rg (实空间) rg_real	46.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	913100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9014
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.201
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.709
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	123100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.931

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 subunit
分子量 formula_weight	64135.4 kDa
突变 mutation	C280S, D498N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17498

NFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTNSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAG

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 subunit
分子量 formula_weight	51928.6 kDa
突变 mutation	C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAHHHHHHALEVLFQGPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQ

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	38-MER RNA-DNA Aptamer
分子量 formula_weight	11896.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	E,F

UAAUACCCCCCCUUCGGUGCUUUGCACCGAAGGGGGGG

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	6bhjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bhjA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	6bhjB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bhjB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bhjC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjC05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	6bhjD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bhjD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	6bhjD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.055 Å
晶胞边长 b length_b	127.463 Å
晶胞边长 c length_c	132.125 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	47.692 Å
R 因子 r_factor	0.2048
R_work r_work	0.2031
R_free r_free	0.2444

fit	/app/data/saxs_computation/bh/6bhj/6bhj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bh/6bhj/6bhj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bh/6bhj/6bhj.dat

Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a 38-mer Hairpin Template-Primer RNA-DNA Aptamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)