6biz

HLA-DRB1 in complex with citrullinated Histone 2B peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01903

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–206 未记录 HLA class II DR-beta (HLA-DR B) × 1 (Q29890) Histone2B_73,81cit68-82 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.3;294 K;22-28% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3 分辨率 2.10 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 139 个其他 PDB 条目、219 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–181; UniProt 26–206

HLA class II DR-beta (HLA-DR B)

Homo sapiens

UniProt Q29890

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–219 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) Histone2B_73,81cit68-82 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.3;294 K;22-28% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3 分辨率 2.10 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q29890_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–192; UniProt 30–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6biz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6biz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6biz
沉积日期 deposition_date2017-11-03
结构标题 titleHLA-DRB1 in complex with citrullinated Histone 2B peptide
关键词 keywordsHLA, MHC, citrulline, Rheumatoid Arthritis, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.78
零角强度 I(0) i032804600.00
分子量 molecular_weight44480.0 kDa
排除体积 excluded_volume55650 ų
包络体积 envelope_volume67004 ų
水化壳体积 shell_volume23883 ų
包络直径 envelope_diameter83.7
壳层 Rg shell_rg30.43
包络 Rg envelope_rg24.10
形状 Rg shape_rg23.74
总 Rg total_rg24.66
总原子数 total_atoms3149
残基数 n_residues379
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.7
Rg (实空间) rg_real24.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89
I(0) (实空间) i0_real3.2800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7910
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary77.6
偏度 Skewness skewness0.372
峰度 Kurtosis kurtosis-0.372
角度范围 angular_range— – 0.3200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7820000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.880; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6bizA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id6bizA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6bizB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id6bizB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)